千万级数据查询对比

上周接到一个功能开发需求，需要对数据库中一个数据达千万条的表中查询数据，并根据配置表中的配置取得数据，且要对比两条数据的金额等字段作相等对比。
如果全部用代码实现会出现内存与CPU大量被占用（内存最大峰值达到1.3G）。
由于此项目为B/S结构，多用户可能会同时使用此功能，故需对代码进行优化或重构！
我现在拿不定主意的是：查询与对比功能是否要使用存储过程编写？
开发环境为VS.NET 2003 ＋ SQL SERVER。B/S  五层架构。