生物竞赛错题本2
生物竞赛错题本2
细胞生物学
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不要把IP和CoIP搞混了。
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zyg-DNA和P-DNA。zyg-DNA【偶线期】有助于形成联会复合体。P-DNA【粗线期】和交叉重组与DNA的剪切、修复有关。
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交换重组在粗线期，自由组合在中期。
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红细胞膜的膜骨架。包括肌动蛋白、血影蛋白、带4.1蛋白、锚蛋白。它们都不是跨膜蛋白。
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哺乳动物受精时卵母细胞的减数分裂进入MII中期。
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lap被用于显示核膜。
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注意这种图的读法
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MPF：爪蟾p45+p32；裂殖酵母Cdc13+Cdc2；哺乳动物CyclinB+Cdk1。
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G1-Cdk:CyclinD+Cdk4/6。G1/S-Cdk:CyclinE+Cdk2。S-Cdk:CyclinA+Cdk2/1。M-Cdk:CyclinB+Cdk1
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Cdk1=Cdc2=Cdc28
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Cdk1的激活涉及Thr3的磷酸化，Tyr15,Tyr14的先磷酸化后去磷酸化。Wee1和Myt1磷酸化Tyr14,Tyr15具有抑制作用。Cdc25去磷酸化Tyr14,Tyr15具有激活作用。
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DNA复制完成的检查点位于G2期。而S期检查点功能是检查DNA是否有断裂等问题。
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果蝇胚胎。bicoid，裂隙基因、成对规则基因、体节极性基因。Bicoid产物位于体细胞前极。注意他们的空间分布。
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癌细胞总是完全不利用酮体，只利用葡萄糖。因此有所谓生酮疗法。
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细胞衰老的形态学变化。细胞核增大、染色深、核内有包含物。染色质凝缩、溶解、碎裂。核膜内陷。质膜粘度增加，流动性增加。内质网弥散。细胞质色素聚集，空泡形成。线粒体数目减少，体积增大。高尔基体碎裂。尼氏体消失。包含物糖原减少，脂肪聚集。
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caspase活性位点包括Cys，切割Asp后的肽键。凋亡起始：2/8/9/10，同型活化。凋亡执行：3/6/7，异型活化。切割白介素前体引发炎症：1/4/5/11/12。
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Bcl2蛋白家族控制线粒体膜透性。bcl抑制凋亡。bax,bak,bok,bad,bid,bik促进凋亡。
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细胞凋亡、细胞坏死性凋亡、细胞焦亡的比较。
细胞凋亡 细胞坏死性凋亡 细胞焦亡 不 细胞破裂、肿胀、穿孔 细胞破裂、肿胀、穿孔 质膜出芽 不 质膜出芽 DNA片段化 DNA片段化 DNA片段化 不 不 细胞核完整 不 不 caspase-1激活 caspase-3激活 不 caspase-3激活 没有炎症反应 有 有
生物化学
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七大酶类。
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蛋白酶。蛋白酶包括丝氨酸蛋白酶【活性中心包括Ser,DIPF不可逆抑制】、巯基蛋白酶【活性中心包括Cys，巯基试剂不可逆抑制】、天冬氨酸蛋白酶【两个重要的Asp，碱性抑制】、金属蛋白酶【活性中心结合金属离子，EDTA抑制】。丝氨酸蛋白酶包括胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、弹性蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶、凝血酶、纤溶酶、tPA。具有催化三元体——Ser,His,Asp。Ser195作为亲核试剂和广义酸，His57作为广义碱，Asp102定向辅助His。巯基蛋白酶包括木瓜蛋白酶。丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶都需要两次亲核进攻。天冬氨酸蛋白酶和金属蛋白酶需要一次亲核进攻。天冬氨酸蛋白酶包括胃蛋白酶、凝乳酶、肾素、HIV-1蛋白酶。都具有两叶组成的三级结构，基本对称。
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溶菌酶。溶菌酶的作用是水解细菌细胞壁上的肽聚糖。活性中心是一个长而深的缝隙，容纳六个单糖单位。特异性的切开NAM-NAG之间的键。被切开的键是C1-O。Glu35作为广义酸。Asp52负电荷屏蔽。途径半椅式构象过渡态。(NAG)4内酯类似物类似半椅式构象，是抑制剂。
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双硫仑样反应。双硫仑是一种不可逆抑制剂，共价结合到乙醛脱氢酶上。头孢类药物存在双硫仑样反应，因此吃头孢不能喝酒。头孢类药物是beta-内酰胺抗生素，可以一直细菌肽聚糖的合成。某种意义上来说，不是双硫仑有毒，而是它阻断产生的乙醛有毒。
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呼吸链中递电子体不一定是递氢体。
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呼吸链和光合链。呼吸链NADH——CoQ——Cyt b——Cyt c1——Cyt c——Cyt(a+a3)。
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抑制剂专题。
- 蛋白酶：DIPF——丝氨酸蛋白酶。巯基试剂——巯基蛋白酶。碱性——天冬氨酸蛋白酶。EDTA——金属蛋白酶。
- 特殊化学结构：硼氢化钠——希夫碱是否参与酶的共价催化。
- 糖代谢：2DG——磷酸己糖异构酶不能形成烯醇中间体。砷酸——作为“解偶联剂”形成1-砷酸-3-磷酸甘油酸后自发水解，刺激糖酵解更快进行。氟化物——和烯醇化酶的Mg++络合。碘代乙酸、有机汞——GAPDH的巯基形成半缩硫醛中间体。
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酶动力学和抑制剂。怎么真正理解米氏方程？定义Km=(k-1+k2)/k1根据稳态有
\[\frac{[ES]}{[E]}=\frac{[S]}{K_m} \]也就是
\[\frac{[ES]}{[E_{total}]}=\frac{[ES]}{[ES]+[E]}=\frac{[S]}{[S]+K_m} \]接下来理解抑制剂的作用。定义
\[K_I=\frac{[E][I]}{[EI]} \]那么
\[\frac{1}{\alpha}=\frac{[E]}{[E_{total}]}=\frac{[E]}{[E]+[EI]}=\frac{1}{1+\frac{[I]}{K_I}} \]接下来抑制剂和谁结合，对应状态的酶就只有1/alpha能“自由活动”。在对应的项上乘上1/alpha。不过要注意的是能催化反应的只有能 “自由活动” 的ES_free。比如对于反竞争性抑制剂。
\[\frac{[ES]_{free}}{[E]}=\frac{[ES]/\alpha}{[E]}=\frac{[S]}{K_m} \]对应的就有
\[\frac{[ES]_{free}}{[E_{total}]}=\frac{[ES]/\alpha}{[ES]+[E]}=\frac{[S]}{\alpha[S]+K_m} \] -
糖酵解醛缩酶产生的两个GPAld是从F-1,6-BP中间切开产生的，相当于是“中心对称”的。3，4号的醛基变为羧基后续脱去。
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氨在组织间转运的主要形式是氨基酸和酰胺。尿素不是，只在肝脏中。
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糖类的呈色反应。
- Molish反应。鉴定糖或非糖。浓硫酸。紫红色环。
- Seliwanoff反应。鉴定酮糖或者醛糖。浓酸-间苯二酚。鲜红色或淡红色。
- 盐酸-间苯三酚反应。鉴定戊糖或者其他单糖。朱红色或黄色。
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糖脎和糠醛。所有还原糖的C1和C2都可以和苯肼反应产生糖脎，产生黄色结晶。糠醛就是Molish反应。
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鞘糖脂。中性-脑苷脂。酸性-神经节苷脂。脑磷脂是PE。
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脂质的过氧化是多不饱和脂肪酸的氧化变质。是活性氧参与的自由基链式反应。
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茚三酮反应实际上可以和大多数伯胺反应，而不只是氨基酸。因此它也可以和PS,PE反应。
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DNA双螺旋参数：B型。0.33nm,2.00nm,3.32nm,10bp,36度。alpha螺旋参数：0.15nm,0.23nm,0.54nm,(-57,-47),100度。
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DNA的其他结构：G四连体，I基序【两个C】，三链DNA，十字架DNA。
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层析。分配系数K。Rf值是组分移动的距离/溶剂前端移动的距离=1/(1+aK)。极性越大，K越大，Rf越小。
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低温有机溶剂不会导致蛋白质变性。有机溶剂会导致蛋白质变性。
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柠檬酸循环的调控机制：
- Ca++作为肌肉收缩的信号。激活以3，4，丙酮酸脱氢酶。
- 被NADH抑制：1，4，丙酮酸脱氢酶。【4和丙酮酸脱氢酶系很像，可以一块记忆】
- 丙酮酸脱氢酶还可以被共价调节。通过丙酮酸脱氢酶激酶和磷蛋白磷酸酶。
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喝酒低血糖是因为消耗了NAD+。糖异生是指机体将非糖物质转变为糖。在糖异生的过程中，丙酮酸生成磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）的过程中，草酰乙酸被还原为苹果酸，苹果酸离开线粒体进入胞浆，重新被氧化为草酰乙酸，相当于把线粒体内的NADH转移到了胞浆。通常NADH/NAD+的比例线粒体远高于胞浆，但在胞浆中进行的糖酵解又需要NADH的参与，因此必须要有一套机制保证胞浆中NADH的浓度供应，糖异生的这一步反应就在此处起到了作用1。
当细胞中NADH/NAD+的比例增大时，即分解代谢过于旺盛的时候（分解代谢通常会生成NADH），该反应也会受到抑制2。因此，当大量喝酒后，由于酒精在肝内氧化，使NAD+过多地还原为NADH，造成乳酸转变为丙酮酸的反应受到抑制，糖异生作用减弱3。
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生物能学：
\[\Delta G=\Delta G^\theta +RT\ln K \]\[\Delta E=\Delta E^\theta -\frac{2.3RT}{nF}\lg K \]特别注意nEF中的n。代表电子数。
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维生素B1主要影响神经组织的能量供应。脚气病不是有脚气，而是手足麻木、四肢乏力等外周神经炎症状。还可以抑制AchE，增强神经组织兴奋性。维生素B12还可能导致神经系统受损。生物素缺乏导致鳞状皮炎。
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作为辅基的维生素有维生素B2【核黄素】和维生素H或B7【生物素】。
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丙酮酸脱氢酶系的详解。分为丙酮酸脱氢酶E1，二氢硫辛酸转乙酰基酶E2，二氢硫辛酸还原酶E3。辅因子包括TPP【辅基】;硫辛酸【辅基】，CoA;核黄素【辅基】、NAD+。在E1形成羟乙基TPP，具有碳负离子。
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维生素A是维持一切上皮组织完整性的必需物质，也可以抵抗眼干燥症，可以促进各种细胞分化。维生素B6还会参与Cys的脱巯基、糖原磷酸化，5-HT、NE、鞘磷脂、血红素的合成。
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1kcal=4.18kJ.
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细胞质的3磷酸甘油脱氢酶产生NADH，参与甘油进入糖酵解【不过也要先经过甘油激酶】。线粒体的3磷酸甘油脱氢酶产生FADH2，参与NADH的穿梭系统。因此甘油进入糖酵解将会产生10+2.5+2.5+2+2.5-1=18.5ATP。
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注意计算脂肪酸氧化的ATP时，一开始脂肪酸活化为脂酰CoA，因为是焦磷酸供能，所以要-2ATP。
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奇数碳FFA可以补充TCA循环生糖，而偶数碳FFA不能生糖。
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磺胺类药物可以抑制嘌呤和T的合成。
植物形态解剖
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虽说对于松叶整体来说，要降低S/V。但是对于叶肉细胞，则是充当了类似传递细胞的功能。要区分整体和部分。
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管胞兼具支持和输导的功能。后来特化为导管分子专营输导和木纤维专营支持。要体会特化的意味。
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世代交替要搞清楚。
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落花生的果实长在地下是通过雌蕊柄基部的居间分生组织实现的。
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保卫细胞在藓类中为单个保卫细胞，双核。表皮细胞通常不含叶绿体。
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大多数单子叶植物和少数双子叶植物的老根没有凯氏带，而是形成五面增厚。此时没有加厚的壁朝向皮层。
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沉水植物的茎，地下茎和松针具有内皮层。
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注意到根部的维管柱为辐射式排列。因此不能区分原生木质部、后生木质部、原生韧皮部、后生韧皮部的内外。这和茎有所不同。也和初生维管束和次生维管束有所不同。注意区分。
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木质部脊，单子叶植物少见少于6个的。双子叶植物木质部脊少见多于7个的。
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根的木栓形成层由中柱鞘形成。茎的由表皮、皮层或韧皮部产生。它们最后都内移至由次生韧皮部产生。根的髓由原形成层产生，茎的髓由基本分生组织产生【因为茎中髓和皮层连接，而根中髓完全被维管柱包围】。
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不要把次生木质部、初生木质部和原生木质部、后生木质部搞混。茎的初生木质部为内始式。但是它的次生木质部仍然在初生木质部外面产生。这是由维管形成层的位置决定的。
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常见的维管束类型：
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外韧维管束：大多数植物。
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双韧维管束：葫芦科、旋花科(番薯)、茄科、夹竹桃科。【葫芦科+茄类】
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周韧维管束：蕨类植物。大黄、酸膜
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周木维管束：单子叶如香蒲、鸢尾、莎草、铃兰；双子叶如蓼科、胡椒科。
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龙血树：初生为外韧维管束、次生为周木维管束
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棕榈虽然高大，但是这是初生性质的。它没有次生生长。但是椰子树具有次生生长。
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等面叶也有可能有栅栏组织和海绵组织的分化，只要背腹面情况一样。
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马蹄莲有总苞，这是一种叶的特化。
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茎 叶 卷须 葫芦科侧芽、葡萄顶芽 豌豆、菝契 刺 山楂酸橙单刺；皂荚分支刺 小檗、刺槐 假叶 假叶树、竹节蓼 台湾相思树、金合欢 -
子叶出土和留土：
- 子叶出土：大豆、绿豆、蓖麻、瓜类、棉花、花生、菜豆、油菜、洋葱
- 子叶留土：蚕豆、豌豆、玉米、水稻(野豌豆属和禾本科)
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双子叶有胚乳种子：大戟科【蓖麻】，桑，莲花，苋菜，蓼科【荞麦】，伞形科【胡萝卜】，木兰科【木兰】、石竹科【石竹】，柿子，茄科【番茄、烟草】。
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单子叶无胚乳：眼子菜，慈姑，泽泻。兰科、川苔草科，姜科不产生胚乳。
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花托、花柄属于茎的变态，而不是叶的变态。
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蝶形花和假蝶形花的区别：蝶形花下降覆瓦式排列，旗瓣位于外方，龙骨瓣位于内方；假蝶形花上升覆瓦式排列，旗瓣位于内方，龙骨瓣位于外放，如苏木亚科金凤花。
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标志性的花和花序：杯伞花序(形似一朵花，包以杯状总苞，有一个雌花和多个雄花)——大戟科、头状花序——菊科、轮伞花序(对生的两个二歧聚伞花序)——唇形科、玄参科。管状花、舌状花、假舌状花(舌状花五个裂片向一边；假舌状花三个裂片向一边，两个裂片退化)——菊科。唇形花冠——唇形科。十字形花冠——十字花科。
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心皮、胎座：
- 边缘胎座：豆科、梧桐、樱花。
- 中轴胎座：扶桑、金鱼草、百合、橙
- 特立中央胎座：石竹、报春花、马齿苋
- 侧膜胎座：罂粟、三色堇
- 基生胎座：菊科、小檗
- 顶生胎座：桑、莲
- 胎座框：角果中着生种子的框架，有透明的假种皮。
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非花鲜艳结构：
- 一品红：萼片
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榕-蜂演化概要：薜荔雄株有不育雌花(瘿花)，只给榕小蜂食用。雌蜂寻找雄株产卵，误入雌株为雌株传粉而死。寄生关系演化为共生关系；雌雄同株演化为雌雄异株；雄花分散演化为雄花集中在口部；雄峰退化；雌蜂特化进入花序的削扁头部。非专一共生演化为专一共生。
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花的 ABCDE 模型。
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胚囊发育类型：单孢型、双孢型、四孢型。注意四孢型的三个核位于合点端，一个核位于珠孔端。
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卵细胞和助细胞的区别：
- 卵细胞在合点端有细胞核和细胞器，在珠孔端有大液泡；助细胞在合点端有大液泡，在珠孔端有细胞核和细胞器。
- 成熟的卵细胞细胞器很少，代谢不旺盛；助细胞细胞器多，代谢旺盛。
- 助细胞具有丝状器，将营养(而不是精子)转运给卵细胞。
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水媒传粉：如金鱼藻、黑藻、水鳖、浮萍、苦草。
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具有自交不亲和现象的植物有一个独特的柱头结构——S-糖蛋白：
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裂生多胚现象在胚胎选择阶段(而不是原胚阶段)发生。
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孤雌生殖属于有性生殖。
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无融合生殖包括无配子生殖、孤雌生殖、无孢子生殖、不定胚和二倍体无孢子生殖、二倍体孤雌生殖。
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常见的聚合果和聚花果：
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聚合果：莲、草莓、悬钩子、蛇莓
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聚花果：无花果、凤梨、桑
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食用部位：
- 花托（花筒）与外、中果皮为主要食用部分 :这一类果实称梨果，为一种假果（并非由单一果皮和种子组成的果实），由5 个合生心皮、下位子房与花筒一起发育形成，是蔷薇科苹果亚科特有的果实，代表有苹果、梨、山楂等
- 内果皮毛（汁囊）为主要食用部分:柑橘等柑橘属果实。这一类果实称作柑果
- 假种皮（珠柄或胎座特化而来）为主要食用部分：荔枝、龙眼、山竹、榴莲
- 种皮的外表皮为主要食用部分：石榴
- 膨大的花托为主要食用部分：草莓
- 膨大的花序轴为主要食用部分：凤梨、无花果
- 肉质胎座为主要食用部分：番茄、西瓜、香蕉（南瓜、冬瓜食用部分主要为果皮）
- 胚乳为主要食用部分：椰肉和椰汁（液态胚乳）
- 花被为主要食用部分:桑葚（瘦果包于肉质化的花被片内组成的聚花果）
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荚果和角果：
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荚果：豆科特有。单心皮、上位子房。
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角果：十字花科特有。2心皮，1室，被假隔膜分隔为假二室。
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柑果的结构：中果皮内层为橘络，内果皮的表皮毛特化为汁囊，是食用部分。
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最常见的类型：倒生胚珠、单孢型胚囊、草酸钙晶体、珠孔受精、核型胚乳、油脂种子。
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假种皮：苦瓜——胎座、龙眼——珠柄、罗汉松——套被、红豆杉——珠托、买麻藤——盖被。
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番茄种子休眠是由于果实抑制物的存在。
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外胚乳由珠心发育而来。
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双子叶植物蓖麻有糊粉层，也有胚乳。
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种子传播的结构：
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菊科：花萼——冠毛
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榆科：果皮翅状
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苍耳(菊科)：总苞外生
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绣线莲：花柱——羽状
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酸浆：花萼——气囊
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毛状结构：
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柳絮：种皮——毛状结构
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白头翁：宿存柱头——羽状结构。
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松柏类没有典型的木纤维和韧皮纤维，但是在晚材种有纤维管胞的存在。
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贮藏器官的贮藏部位和三生形成层：
- 胡萝卜——次生韧皮部，萝卜——次生木质部
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五面型加厚不加厚的壁是朝向皮层一边的外切向壁。
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次生结构形成后、根和茎的初生结构残留哪些——一般初生木质部保留，但初生韧皮部消失。
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各种刺：
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茎刺：柑橘、山楂、皂荚（可分支）、构桔、贴梗海棠、木瓜海棠、木瓜、枣，石榴、梨中可看到由生叶和花的小枝逐渐过渡到茎刺的情况。
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皮刺：月季、悬钩子、腊梅（叶表面细小倒钩刺）、苍耳、荨麻
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托叶刺：刺槐、酸枣、秦椒、紫叶小蘖
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根刺：根刺棕（棕榈科根刺棕属，根系似针刺）
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叶刺： 仙人掌属、小檗属（长枝上的叶变态成三叉状的刺，腋间长出短枝，生有寻常叶）、刺槐属（植物复叶基部的刺则由托叶变成，亦属叶刺）、红花和飞廉（叶片一部分变成叶刺），刺叶柄棘豆的整个羽状复叶的小叶脱落后，叶轴变成刺。叶刺和茎刺一样，都有维管束和茎相通。
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棉花的下部单轴分枝、上部合轴分枝；营养枝单轴分枝；果枝合轴分枝。
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攀援结构：
- 爬山虎——吸盘
- 常春藤——气生根
- 丝瓜——卷须
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原生中柱没有髓，包括单中柱、编织中柱、星状中柱。网状中柱和管状中柱有髓，不属于原生中柱。
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气孔的排列形式：
- 无规则型——大部分
- 不等型——十字花科、景天科
- 平列型——茜草科、豆科。
- 横列型——石竹科、爵床科。
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叶内木质部为近轴面，上表面；韧皮部为远轴面，下表面。
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原丝体和原叶体：原丝体是苔藓植物幼小的配子体。原叶体是蕨类植物的配子体。它们都是配子体。
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中柱鞘可以产生乳汁管和不定芽(?)
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榨菜具有瘤茎，这是一种茎变态。
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子房下位的都是假果。
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成熟的松树种子外面有顶生的翅、这个翅来自珠鳞。
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禾本科植物的浆片、稃片、颖片：
- 颖片：每个 小穗 的基部有两个大的苞片——颖片。
- 稃片：每个 小花 的基部有两个鳞片——稃片。其中外稃是苞片；内稃是退化的两片联合的花被。
- 颖片：退化的花被片。
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厚角组织一般是长棱柱形、没有细胞间隙。虽然名字里有角，但是和角质化没有关系——它的壁是初生性加厚的。
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伞形科特有双悬果。
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藕断丝连的丝是螺纹导管；玉兰的蓇葖果种子悬挂也是靠螺纹导管。
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壳斗是中轴胎座的下位子房总苞。十字花科是侧模胎座而不是中轴胎座——角果。
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乳汁管和漆汁道大多位于次生韧皮部、而松柏类的树脂道则广泛分布。
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早期落叶致芽类休眠解除的过程并非主要受顶端组织调控，而受叶片影响，难以用传统的顶端优势理论进行解释。
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根状茎是匍匐在 地下 的茎。地上、地下也可能是考点。
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我国一级保护植物：水韭属（所有种）、荷叶铁线蕨、光叶蕨、苏铁属（所有种）、银杏、巨柏、西藏柏树、水松、水杉、崖柏、红豆杉属（所有种）、百山祖冷杉、资源冷杉、焚净山冷杉、元宝山冷杉、银杉、大别山五针松、巧家五针松、毛枝五针松、华盖木、峨眉拟单性木兰、焕锵木（单性木兰）、大黄花虾脊兰、美花兰、文山红柱兰、暖地杓兰、曲茎石斛、霍山石斛、兜兰属（所有种，被列为二级保护的带叶兜兰和硬叶兜兰除外）、象鼻兰、铁竹、华山新麦草、卵叶牡丹、紫斑牡丹、银缕梅、百花山葡萄、绒毛皂荚、小叶红豆、普陀鹅耳枥、天目铁木、膝柄木、萼翅藤、红榄李、广西火桐、东京龙脑香、坡垒、望天树、云南裟罗双、广西青梅、貉藻、珙桐、云南蓝果树、猪血木、滇藏榄、杜鹃红山茶、辐花苣苔、珍珠麒麟菜、发菜。
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第一批我国一级保护植物：金花茶、银杉、桫椤、珙桐、水杉、人参、望天树、秃杉。
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药室内壁(纤维层)的内切向壁和横向壁加厚，有助于花药开裂、花粉散发。
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贮藏结构总结：胡萝卜没有三生形成层、次生韧皮部有丰富的薄壁组织；萝卜次生木质部中有三生形成层分散次生生长，有丰富的薄壁组织；甜菜有三生形成层，三生维管束圈层之间有丰富的薄壁组织。甘薯三生形成层产生多薄壁组织的木质部和韧皮部，还能在韧皮部中产生乳汁管。
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禾本科内的比较——水稻、小麦、大麦、玉米：
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维管束类型
- 外韧维管束：大多数，包括梨子、向日葵、蓖麻
- 双韧维管束：葫芦科南瓜、旋花科甘薯、茄科番茄、夹竹桃科夹竹桃。
- 周韧维管束：大黄、酸膜、蕨类植物
- 周木维管束：香蒲、鸢尾、铃兰、蓼科、胡椒科。
- 龙血树的茎：初生维管束为外韧维管束，次生维管束为周木维管束。
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营养器官的变态：
- 根的变态：
- 肉质直根：胡萝卜、萝卜、甜菜(中柱鞘和其子细胞形成的额外形成层)
- 块根：甘薯(山芋)、木薯、大丽花
- 支柱根：玉米、榕树
- 攀缘根：常春藤、络石、凌霄
- 呼吸根：红树、木榄、水松
- 寄生根：菟丝子为全寄生、槲寄生为半寄生。
- 茎的变态：
- 茎刺：山楂、酸橙、皂荚，蔷薇皮刺。
- 茎卷须：葡萄、南瓜、黄瓜
- 叶状茎：假叶树、天门冬
- 小鳞茎：蒜、百合
- 小块茎：薯蓣、秋海棠
- 根状茎：莲花、竹子、芦苇、狗牙根、马兰，白茅。
- 马铃薯、菊芋、甘露子
- 鳞茎：百合、蒜、洋葱
- 球茎：马蹄、慈姑、芋头
- 叶的变态：
- 苞片和总苞：
- 鳞叶：洋葱、百合、马蹄、慈姑、藕、竹鞭
- 叶卷须：豌豆、菝契。
- 捕虫叶：狸藻、茅膏草、猪笼草
- 叶状柄：台湾相思树
- 叶刺：刺槐、小檗。
- 根的变态：
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有的裸子植物叶虽然有内皮层，但没有凯氏带——比如油松、鸡毛松。
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苔纲和藓纲的比较：
苔纲 藓纲 叶状体有背腹之分 茎叶体 假根单细胞 假根单列多细胞，具有分支 有中肋 有或无 原丝体不发达，只产生一个配子体 原丝体发达，产生多个配子体 孢子体包括孢蒴、蒴柄、基足 孢蒴还可以分为蒴盖、蒴壶、蒴台 孢蒴成熟后蒴柄伸长 孢蒴成熟前蒴柄伸长 孢蒴没有中轴 孢蒴具有中轴 孢蒴纵裂 孢蒴盖裂 有弹丝 无弹丝
植物分类学
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营养繁殖和无性生殖的区别？
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植物的系统发育：注意子房下位、心皮离生、中轴胎座以外的胎座。
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红藻没有鞭毛，特有 3 个世代的多细胞世代交替。
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有些隐藻和甲藻也有藻胆素。
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虫黄藻为珊瑚提供油脂而不是糖。
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硅藻的分裂方式特殊，产生一个等大的子代和一个略小的子代，分别继承上下细胞壁。通过有性生殖产生复大孢子，使子代恢复母代的大小。
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褐藻的细胞壁为纤维素和 褐藻糖酸， 而不是果胶酸。
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原绿藻是原核生物，要注意其原核细胞的性质。
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类囊体：红藻单条成束、绿藻两条，甲藻金藻三条。
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担孢子和子囊孢子是有性生殖产生的孢子，和无性生殖产生的孢子有根本区别。
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大多数真菌有丝分裂核膜 不 崩解，在核膜内产生纺锤体。
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地衣的颜色主要由上皮层决定。
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孢粉素的本质是脂质，为胡萝卜素和其酯的衍生物。
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轮藻和高等植物的共同点：
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藓门假根为单列细胞；苔门和角苔门为单细胞假根。苔藓植物的气孔和孢子散发有关。
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区分孢蒴、蒴苞、假蒴苞：
- 蒴苞：颈卵器的薄膜状结构 n
- 假蒴苞：颈卵器基部细胞分裂形成的结构 n
- 孢蒴：孢子体结构 2n
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蒴帽：颈卵器残留，n
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原丝体从轮藻就开始具有了
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白蛋白细胞功能上类似于伴胞，但和筛胞并没有共同起源。
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水韭科有的种类具有 CAM 途径。
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木贼为内始式木质部，有地下块茎和根状茎。
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买麻藤也有 “双受精” 但胚乳不受精发育。
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现代分类中没有杉科，只有柏科。
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松科和杉科的种类：水松是杉科。油杉、云杉、银杉、铁杉、黄衫、红衫属于松科。
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裸子植物的雄配子体：
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买麻藤也具有导管。
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莲科不是睡莲科，属于真双子叶植物。
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常见科的特征：
- 兰科
- 菊科
- 十字花科
- 茄科
- 蔷薇科各个亚科
- 禾本科和莎草科
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玫瑰和月季
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常见的长日花和短日花
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独特的分类特征：
- 节膨大、托叶大——石竹、蓼
- 托叶环——木兰、榕、无花果
- 花盘——杨柳、芸香、伞形科、唇形科
- 多体雄蕊——山茶科、藤黄科
- 二强雄蕊——唇形科、玄参科
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洋紫荆和紫荆
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植物学坑人种名：
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叫杉不是杉：松科的：银、冷、云、油、黄、铁、红（注意：红杉也有杉科的，就是北美那种特别高的）；南洋杉科的：南洋杉；红豆杉纲的：红豆杉，三尖杉、紫杉、白豆杉、穗花杉
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叫松不是松：杉科：金松，水松（注意：金钱松是松科的！而且金钱松和落叶松一样，是落叶的）；红豆杉纲的：罗汉松、陆均松、鸡毛松
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叫杨不是杨：胡桃科：枫杨；桦木科：赤杨；黄杨科：黄杨
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叫柳不是柳：胡桃科：麻柳（就是枫杨，也叫元宝树）、青钱柳（枫杨属）。还有：山柳、杠柳、水曲柳（木犀科）。此外，朝鲜柳是杨柳科朝鲜柳属的
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叫柏不是柏：百合科的石刁柏，蕨类的卷柏，红豆杉纲罗汉松科的竹柏
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不是苹果属的海棠：木瓜属的贴梗海棠，秋海棠科的秋海棠
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不是禾本科的麦：蓼科的荞麦，石竹科的瞿麦
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不是荷花的芙蓉：锦葵科的木芙蓉(山芙蓉)
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落叶的松柏纲植物：金钱松、落叶松、水杉
10.被子植物的“藻”： 最常见的是水鳖科（单子叶）的黑藻和金鱼藻科（双子叶）的金鱼藻，除此之外常见的还有狸藻、芡藻。不常见的有：休氏藻、川蔓藻、杉叶藻、丝粉藻、甘藻、角果藻、角藻
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藻类植物的生活史：
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常见的植物分类：蝶形花亚科——槐树。唇形科——薄荷。伞形科——胡萝卜、芹菜。十字花科——芥菜、萝卜。
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菊科管状花亚科和舌状花亚科的区别：管状花亚科不含有乳汁，头状花序周边可能有舌状花。舌状花亚科含有乳汁，并且绝对不含有管状花。
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莲不是睡莲。莲属于莲科莲属，睡莲属于睡莲目睡莲科睡莲属。
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种子植物具有花粉管。
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裸子植物大孢子叶的特化：苏铁——羽状大孢子叶、银杏——珠领、松柏——珠鳞、红豆杉——珠托、罗汉松——套被。【罗汉松的种托并不是大孢子叶而是苞片特化而来的。这一点需要注意。】买麻藤纲具有盖被，作为假花被和假种皮。
植物生理学
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植物形成大液泡前主要通过吸胀作用吸水，比如根分生细胞。
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原生质体被视为半透膜
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永久萎蔫点不是土壤的固有属性而是取决于不同的植物体。
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水孔蛋白有打开和关闭两种状态
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弱风促进蒸腾作用，强风抑制蒸腾作用。
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苔门没有真正的气孔。藓门和角苔门气孔具有一个双核的保卫细胞。
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双子叶植物保卫细胞微纤丝扇形排列，而禾本科植物纵行排列。
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pH对离子可得性的影响：酸性条件下Zn,Fe,B,Cu,Mn被冲走；碱性条件下K,S,Mg,Ca,N,P沉淀。
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虽然固氮作用是厌氧条件下才能进行的，但是大多数的固氮细菌都是好氧菌。固氮酶的金属离子：铁、钼、钒两两组合。
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红降，降的是对应的量子产额。
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暗反应对应的ATP和NADPH：C3为1:3:2，C4为1:5:2，CAM为1:6.5:2。
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每个PS消耗一个光子～一个电子。
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暗反应受到光通过Fd-Trx系统调节的酶：Rubisco,GAPDH,Ru5PK,FBPase1,景天庚酮糖-1,7-二磷酸磷酸酶。【二硫键】
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末端氧化酶。包括细胞色素氧化酶，抗氰氧化酶，酚氧化酶，乙醇酸氧化酶，抗坏血酸氧化酶。
细胞色素氧化酶 交替氧化酶 酚氧化酶 抗坏血酸氧化酶 乙醇酸氧化酶 Fe,Cu 非血红素Fe Cu Cu FMN 线粒体 线粒体 质体、微体 细胞质或者细胞壁结合 过氧化物酶体 极高亲和氧气 高 中 低 极低 产ATP多 产ATP少 不 不 不 被氰化物抑制 不 被氰化物抑制 被氰化物抑制 不 被CO抑制 不 被CO抑制 不 不 -
缺素导致缺绿的元素：Mo,Mn,Mg,Fe,Cl,Zn【铁木真美梦旅行】。不缺绿：Cu,Ca,B,P【林鹏痛改前非】。
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向光素有phot1,phot2。phot1主要感受弱光，phot2主要感受强光。本质是丝苏氨酸激酶，在蓝光下自磷酸化被活化。向光素诱导PIN3在背光侧表达，使得背侧AUX浓度上升。
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生长素的运输涉及AUX/IUX1输入，PIN输出，ABCB输出。
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GUS 是葡糖苷酸酶，催化X-gal可以生成蓝色显色。
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区分扩展蛋白和伸展蛋白。扩展蛋白，膨胀素Expansin和酸生长假说有关，伸展蛋白Extensin为细胞壁的固有成分。
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各植物激素：
AUX GA CTK ETH ABA 细胞质 质体、内质网、细胞质 质体、细胞质 液泡膜内表面 质体和细胞质 -
AUX抑制侧芽而不是抑制侧根。
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::表示用前者启动子表达后者基因。
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吲哚乙酸氧化酶需要两个辅基：酚和Mn++
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GA的合成中，GA3ox产生有活性的GA1,3,4，GA2ox失活它们产生GA8,34。
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AUX和ABA可以使得种子休眠。
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AUX和GA促进细胞生长的机制不同。AUX通过酸化细胞壁活化扩展蛋白Expansin【酸生长假说】。GA通过木葡聚糖内转糖基酶XET。
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AUX,GA,BR促进细胞伸长。ABA,ETH,JA抑制细胞伸长。ETH的生物合成和调控：ACC合酶被IAA,ETH激活，被AVG,AOA抑制。ACC氧化酶被Co++,解偶联剂，高温抑制。
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细胞中天然的ABA都是右旋的。
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根的形成。IAA,ETH双向。ABA,CTK,GA抑制。
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BR是逆境缓和激素，受体在细胞膜。可以促进木质部的分化。
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促进液泡扩大：GA,IAA,CTK。促进种子萌发：GA,IAA,CTK。抑制种子萌发：ABA。促进茎伸长：GA,IAA,BR。促进细胞增大：IAA,GA,CTK,ETH。细胞生长和分裂：IAA促进核分裂；CTK促进细胞质分裂；GA 缩短G1和S期。促进根瘤形成：IAA,GA。偏上性生长：IAA,CTK,ETH。偏下型生长：GA。促进伤口愈合：IAA,CTK。
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光敏色素广泛分布在自然界。真菌、藻类、裸子植物都具有光敏色素。
动物生理学
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影响神经-肌肉接头传递的因素
- 毒扁豆碱、新斯的明 AchE
- 箭毒 nAchR
- 肉毒杆菌毒素 抑制 Ca++ 进入突触前膜
- hemicholin 抑制胆碱摄取
- vesamicol 阻止 Ach 进入囊泡积聚
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MAchR的分类
- M2,M4：Gi。心脏窦房结、房室结、心室肌、心房肌；收缩力下降
- M1,M3,M5：Gq。胃肠道、输尿管的平滑肌和汗腺；收缩力增加；血管平滑肌舒张(促进 NO 合成，非直接)。
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GABA受体：
- GABAA：离子型，Cl-；超极化。
- GABAB：代谢性。G蛋白偶联 K+ 通道激活、超极化；降低突触前膜钙离子通道活性，减少神经递质释放。
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肾上腺素能受体：
- α1：Gq.平滑肌收缩；主要是血管平滑肌，存在于皮肤、胃肠道、肾动脉、立毛肌；细支气管、膀胱逼尿肌(比β2的松弛作用小)
- α2：Gi.小肠平滑肌舒张。
- β：Gs.
- β1：心脏组织，心肌正变力、正变时、正变传导。
- β2：胃肠道、支气管、膀胱平滑肌松弛，骨骼肌血管舒张。
- β3：脂肪组织脂肪分解、膀胱逼尿肌松弛。
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不同类型受体对 E 和 NE 的敏感性：
- α1：NE>E
- α2：NE=E
- β1：NE>E
- β2：NE<E
- β3：NE=E
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NE 和 E：
- NE：对 α 受体的作用强于 β1，对β2的作用很小。通过β1增强心脏的收缩力，加快心率；通过α1受体让血管收缩。
- E：对 α、β1、β2都有较强亲和力，通过β1增强心脏的收缩力，加快心率；通过 β2 舒张骨骼肌和肝脏血管。
生态学
- 内温动物才使用贝格曼法则
- 区分应激性和适应性：如天气和气候
- 变温动物不完全等于外温动物。如冰鱼处于恒温环境却是外温动物，行为适应对体温的影响。月亮鱼、大白鲨属于内温动物。
- 火可能会导致肥料的大量丢失
- 阴生植物叶绿素多
- 鱼类生殖洄游收到温度的影响。
- 种内竞争也可以套用利用型和干扰性竞争。
- 要考虑他感作用
- 共栖不一定要两者都收益。
- 区分关键种和建群
遗传学
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常见的基因病。
- 常染色体隐性：苯丙酮尿症、白化病、黑尿症、镰刀形红细胞贫血病、肝糖原贮积症、半乳糖血症、丙酮酸激酶缺乏症、黑蒙性痴呆【泰萨克病】、高雪氏病【Gaucher’s disease】
- 常染色体显性：家族性高脂蛋白血症、亨丁顿氏舞蹈病、椭圆形红细胞增多症、胱氨酸尿症
- 伴X染色体隐性遗传病：人类红绿色盲症、血友病、果蝇的白眼遗传、先天性夜盲症
- 伴X染色体显性遗传：
- 从性遗传：秃顶
- 致死基因：小鼠黄色AY。
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个体产生的雌雄配子总是不一样多的。因为向精卵投入的资源不一样。从同配生殖到异配生殖也是进化趋势。
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注意植物的果皮、胚乳和胚的核型是不同的。果皮是母本的。胚是二倍体。胚乳 是三倍体。
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互补突变：表型相同，但不在同一个基因中的突变。
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互补群：反式重组时、不能互补的一系列突变。
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有的时候还要考虑实际。比如：喷瓜有D,d1,d2三个基因，D为雄性，d1为雌雄同体，d2为雌性。因为不可能有携带D的雌体，所以子代不可能是DD纯合。喷瓜在这个基因座上就只可能有五种基因型而不是六种。
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秀丽隐杆线虫具有雄性和雌雄同体。
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考虑干涉系数。求出的不交换和双交换要减去干扰值，单交换要加上干扰值。这实际上是近似。
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从交换率计算重组率。最稳妥的方式是依次算出图距然后加起来。也可以找出所有 表面上 没有交换的情况算出。
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绿色荧光蛋白之所以能够显色是因为本身的AA侧链构成了生色团。
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LOD和似然值。
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瓶颈效应不是自然选择导致的，而是随机事件导致的。
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复杂遗传题的记号实例。W/w位于常染色体，IR/IY/i位于Z染色体。w=0.1。白色雄性占18.32%——
\[W\_ii+ww\_\_=\frac{0.99i^2}{2}+\frac{0.01}{2} \]红色雄性占22.275%——
\[W\_(I^RI^R+I^Ri)=\frac{0.99({I^R}^2+2I^Ri)}{2} \]橙色雄性占——
\[W\_I^RI^Y=\frac{0.99(2I^RI^Y)}{2} \] -
从这里开始是【突变和修复】
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核型分析技术。植物凝集素促进细胞分裂。秋水仙素使得细胞停留在中期。低渗处理技术可以得到细胞的染色质。
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染色技术。Q带富含AT的亮，荧光。G带富含AT的暗，天青+伊红。C带就是酸碱热处理后再G带染色。
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末端缺失的遗传学效应包括环状染色体、双着丝粒染色体、有丝分裂的桥和断片、假显性。属于倒位的遗传效应包括倒位环，交换抑制，减数分裂中的桥和断片，制作平衡致死系。
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平衡致死系。利用倒位的交换抑制，永久的以杂合状态同时保存两个隐性致死基因。为了保持一个平衡致死系，必须：
- 一对同源染色体的两个成员各带有一个座位不同的隐性致死基因
- 这两个隐性致死基因始终处于不同的同源染色体上。
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有丝分裂的桥和断片是缺失导致的。减数分裂的是倒位导致的。
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臂内倒位杂合体才具有交换抑制。臂内倒位纯合体不具有交换抑制，但大多死亡。
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易位的效应包括假连锁【不完全假连锁】，半不育性，位置花斑效应。费城染色体只有相间分离才能成活。
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平衡易位和不完全易位。看染色体总体是否有增减。
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罗伯逊易位的分离。有六种分离情况，其中两种是单体，死亡。
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多倍体大多出现在冰川时期，并且大部分分布在原来的冰川地区。
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初级例外就是性染色体不分离。次级例外就是XXY个体性染色体不分离。
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双链断裂DSB总是最严重的突变类型。高剂量的射线快速摧毁分裂细胞靠得就是DSB。
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5-BU和2-AP都是双向转换的。因为它们的作用机制都是通过互变异构和不同的碱基互补配对。
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5mC是大多数生物突变的热点。基因组中突变热点一般在CpG岛。
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琥珀密码子UAG，蛋白石密码子UGA，赭石密码子UAA。
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动态突变。帕金森病并不是动态突变，而是蛋白质错误折叠导致的。致病基因没有同源性。有组织特异性，不是所有的细胞都会病变。可以出现在外显子也可以不是。具有遗传早现。
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互养实验：菌落之间互养。从而可以判断反应的上下游。
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做题时要注意题面的逻辑关系。比如DNA结合是转录的前提。
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有时酶切出来的DNA不一定全部出现在电泳条带上。因为探针只能结合其中的一部分而不是全部DNA条带。
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等位基因排斥——两个等位基因中只有一个表达，比如浆细胞产生抗体，要保证重链/轻链一致。
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Holliday模型。切割单链，形成动态的交联桥【重组酶介导】。最终重组片段的序列，取决于错配修复的方式。
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外显子改组假说。蛋白质的功能性结构域由单个外显子编码。
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切除修复。最为重要。由UvrA/B/C/D参与。包括糖基化酶起始作用的修复【碱基切除修复】。对DNA损伤切除，然后用好的DNA单链作为模板修复。
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错配修复。需要甲基化引导。不具有N-糖基化酶活性【碱基切除修复】。不能移除单个错误的碱基，只能多个。需要外切酶。
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重组修复复制时跨过，复制后再修复。SOS修复复制后也不修复。
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RecA蛋白参与重组修复，交换DNA链，非常重要。
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参与SOS反应的蛋白质。DNAP V最重要。RecA阻断转录，LexA水解激活SOS。DNAP II,DNAP IV,RNAP也参与。
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光复活不需要DNA连接酶。切除修复、SOS修复、重组修复需要DNA连接酶。
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寄生生活的生物选择压力小，基因组大小变小。
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光遗传学是通过遗传学方法使得特定细胞可以接受光信号。核糖开关是改造mRNA的二级结构，使得它可以和小分子配体结合，叫做适体。类似于弱化子或者衰减子。
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DNA甲基化除了切除修复，还可以被双加氧酶TET氧化后脱羧直接修复。
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胚胎发育过程中，配子和合子要经历两次甲基化而不是一次。
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PWS综合征和AS综合征是和基因印记有关的疾病。
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组蛋白变体。H4没有变体。H3可以有H3.3和CENPA。H2A/B的变体比较多。
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从这里开始是【细胞质、数量、微生物、群体】。
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线粒体几乎所有的基因都在重链上。有的植物质体具有4.5SrRNA。质粒可以在没有选择压力的情况下存在，进化中心。
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草履虫杂交自由组合。自交只产生纯合子。因此放毒型草履虫和敏感型草履虫杂交后，子代自交，产生的下一代有1/4是放毒型。
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线虫只有雄性和雌雄同体。
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数量性状可能出现累乘效应【虽然很扯淡】。
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做题时要考虑到回复突变可能是真回复突变和抑制突变【抑制突变就是另一处的突变导致表型正常】。没有直接提到回复突变这个词也要考虑到这一点。
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距离重组位点越近，基因转变的频率越高。
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DCO可能产生PD,NPD,T。
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记住DCO的这个图示。
在做题的时候，如果问到双交换产生的子代基因型。应该先把母本基因型画出来，然后按照上图处理。
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外源核酸进入细菌的途径。ComEA介导dsDNA的解聚，ComEC介导ssDNA跨细胞膜。G+细菌在膜外降解dsDNA为ssDNA，然后再吸收。G-细菌可以先吸收再降解【这是因为G-细菌具有外膜，而前面两个蛋白都分布在内膜上】。整个过程和菌毛有关。
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细菌转化态。指数生长期、细胞自溶素、热激。
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尽管笔记上写的转化作图的重组率计算是
\[\frac{lac^+ade^-+lac^-ade^+}{lac^+ade^-+lac^-ade^++2lac^+ade^+} \]但课本上写的没有2，以课本上为准。
\[\frac{lac^+ade^-+lac^-ade^+}{lac^+ade^-+lac^-ade^++lac^+ade^+} \] -
中断杂交实验只能进行距离较远的基因的定位，共转导只适合于距离很近的基因的定位。结合两种方法可以进行基因的精确定位。
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【计算共转导率时，如果选用的作为分母的基因不同，就可以计算出不同的共转导率。】
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基因组中的ncDNA产生新的基因非常困难。一般不认为对新基因产生有影响。
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近交系数F的一个定义：
\[F=\frac{H_e-H_0}{H_0} \]其中H代表杂合度
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连锁选择：包括搭车效应【中性突变基因和有益基因连锁】、连锁累赘【和有害基因连锁】、背景选择【非有害基因频率因此下降】。净化选择：又叫做纯化选择、负选择。
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遗传漂变的结果可能有遗传方差降低和致死性隐性等位基因频率的增加。但是后者在漫长的自然选择后可以恢复。
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正向遗传学和反向遗传学。从表型到基因叫做正向遗传学，比如诱变筛选表型。
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P转座子——P型果蝇细胞核内有转座子，但细胞质有piRNA抑制转座酶表达。M型果蝇细胞核内没有转座子，细胞质也没有piRNA。M雌和P雄交配，产生的F1不育。
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和核型有关的综合征——Down综合征【唐氏综合症】、Patau综合征【13三体综合征】、Tuner综合征【XO】、Klinefelter综合征【XXY】、Edward综合征【18-三体综合征】。
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狭义遗传率的一个计算公式
\[h^2=\frac{2V_{F_2}-V_{B_1}-V_{B_2}}{V_{F_2}} \]不要把它和广义遗传率的计算公式搞混。
\[H^2=\frac{V_{F_2}-\frac{1}{3}(V_{F_1}+V_{P_1}+V_{P_2})}{V_{F_2}} \] -
【臂内倒位和相互易位通常不引起表型改变。表型改变——缺失或者重复某些基因吗？】
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连锁遗传分析注意的事项。
- 先找到亲本型，再两两求出RF。寻找紧密连锁的基因。寻找自由组合的基因。
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农业生产上所用的稻种由不育系和恢复系杂交得到。
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终止密码子是UGA,UAA,UAG。起始密码子是AUG。
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某一表现型用RF算要记得乘上1/2。
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减数分裂产生的配子比例计算。对于二倍体分离是C1,1/C2,1。对于四倍体是C2,2/C4,2。
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噬菌体重组测试。大肠杆菌K抗病毒能力强：
\[RF=\frac{2K}{B} \] -
有时要综合考虑选择和突变
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草履虫的放毒型由细胞质的卡巴粒决定。维持由细胞核的K基因决定。短时间接合细胞质没有卡巴粒。长时间结合才能再细胞质中出现卡巴粒。
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条件概率
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果蝇染色体核型。
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一些伴性遗传的例子。
- X隐性基因：红绿色盲基因、DMD决定的Duchenne型肌营养不良
- X显性基因
- Y基因：外耳道多毛、
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高中生物现代进化论内容。过度繁殖——选择的基础。生存斗争——进化的外因、动力、条件。遗传变异——进化的内因。适者生存——选择的结果。
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【从性遗传遵循孟德尔遗传定律？】
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单基因疾病在普通人群中比较少见，并且发生时间较早。
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人工将重组DNA转入受体细菌的办法有转染和转座。一般不用接合和转座导入。
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核酸杂交探针可以是一条DNA或者RNA，但不是载体。
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中度重复序列。包括Alu家族，Hinf家族、Kpn I家族、多聚dT-dG家族。真核生物的tRNA和rRNA也是中度重复序列。组蛋白也是中度重复序列。在果蝇和非洲爪蟾中，5种组蛋白也排成一个重复单位，也存在间隔区，而且组蛋白基因的转录方向不一样。多个重复单位也形成串联重复排列。进化到哺乳动物，组蛋白基因一般不再形成重复单位，而呈散在分布或集成一小群。
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蜜蜂这种XO型动物的亲缘系数计算。不要用通径法。去直观想象两者的基因组有多少比例是一样的。
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甲基化和基因修复有关。错配修复MMR识别GATC位点的半甲基化来识别新合成DNA链的不配对碱基。
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检测伴X基因的方法。Muller-5品系。
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人类基因组计划。中国于1999年9月积极参加了人类基因组计划，承担了其中1%的任务，即人类3号染色体短臂上约3000万个碱基对的测序任务12。中国是唯一一个参与人类基因组计划的发展中国家3。
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染色体畸变及其效应。易位会导致假连锁、半不育。倒位导致交换抑制。
分子生物学
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TUNEL检测凋亡细胞
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研究蛋白质互作
- Y2H
- GST pull down
- BiPC
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RNA测序
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定量PCR - qPCR
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定量反转录PCR - RT-qPCR
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酶活力检测
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糖酵解速率检测
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实时耗氧量水平检测
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提取基因组DNA。加入EDTA可以抑制核酸酶。加入巯基乙醇可以当作抗氧化剂。有SDS裂解法和CTAB法。CTAB法可以用来抽提植物组织DNA。抽提质粒首选SDS裂解法。抽提RNA首选高浓度蛋白质变性剂裂解法。
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SDS裂解法可以用来抽提动物组织DNA。它通过研磨和SDS作用破碎细胞，然后使用苯酚和氯仿使蛋白质变性，用其混合液（酚：氯仿：异戊醇）重复抽提，使蛋白质变性，然后离心除去变性蛋白质；最后使用RNase降解RNA，从而得到纯净的DNA分子1。
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富含多糖的样品，细菌和植物基因组首选CTAB法。CTAB法的优点是它能够从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖，而在高离子强度的溶液中，它与蛋白质和多聚糖形成复合物，但不会沉淀核酸。这样，通过有机溶剂抽提，去除蛋白、多糖、酚类等杂质后，加入乙醇沉淀，即可使核酸分离出来 。
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有机溶剂抽提法常用1：1混合的苯酚和氯仿。密度梯度离心法：RNA>DNA>Pro.SS>DS。
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n次PCR后，得到的长链、中链、短链分别有2,2n,2^n+1-2-2n条。
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RNA提取需要DEPC变性蛋白质，抑制核酸酶的活性。Trizol试剂的主要成分是苯酚和异硫氰酸胍，而不是苯酚和CTAB12。它能迅速破碎细胞并抑制细胞释放出的核酸酶2。
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巢式PCR：两对PCR引物增加特异性。热启动PCR是一种PCR技术，它可以在反应构建过程中抑制热启动Taq聚合酶活性或修饰dNTP聚合，直至热激活步骤启动。热启动PCR的优点包括便捷的室温构建，而无非特异性扩增和引物二聚体形成，这两者都会降低靶序列特异性和整体产率。原位PCR技术就是将PCR技术的高效扩增与原位杂交的细胞定位结合起来，从而在组织细胞原位检测单拷贝或低拷贝的特定的DNA或RNA序列。它利用完整的细胞作为一个微小的反应体系来扩增细胞内的目的基因片段。PCR反应在甲酸溶液（福尔马林）固定、石蜡包埋的组织切片或细胞涂片上的单个细胞内进行。PCR反应后，再用特异性探针进行原位杂交，即可检出待测DNA或RNA是否在该组织或细胞中存在。重叠PCR（Overlap PCR），也叫做重叠延伸PCR技术 (gene splicing by overlap extension PCR，SOE PCR)，也有人称为融合PCR。它采用具有互补末端的引物，使PCR产物形成重叠链，从而在随后的扩增反应中通过重叠链的延伸，将不同来源的扩增片段重叠拼接起来。Overlap PCR在基因的定点突变、融合基因的构建、长片段基因的合成、基因敲除以及目的基因的扩增等方面有其广泛而独特的应用。
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第一代分子标记技术是基于分子杂交技术的，包括限制性片段长度多态性（RFLP）。RFLP技术利用特定的限制性内切酶识别并切割不同生物个体的基因组DNA，得到大小不等的DNA片段，所产生的DNA数目和各个片段的长度反映了DNA分子上不同酶切位点的分布情况。1
第二代分子标记技术是基于PCR技术的，包括随机扩增多态性DNA（RAPD）、简单序列重复标记（SSR）或简单序列长度多态性（SSLP）、扩展片段长度多态性标记（AFLP）、序列特征化扩增区域（SCAR）等。2
第三代分子标记技术是一些新型的分子标记，如单核苷酸多态性（SNP）标记、表达序列标签（EST）标记等。共显性标记是指同时能检测出显性和隐性等位基因，能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。共显性分子标记包括SSR（简单重复序列）、RFLP（限制性片段长度多态性）和SNP（单核苷酸多态性）等。
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ASO探针需要在中部出现错配核苷酸准确性最高。ASO探针是等位基因特异性寡核苷酸探针。它用于PCR-ASO探针法，即在PCR扩增DNA片段后，直接与相应的寡核苷酸探针进行杂交，即可明确诊断是否有突变及突变是纯合子还是杂合子1。
其原理是:用PCR扩增后，产物进行斑点杂交或狭缝杂交，针对每种突变分别合成一对寡核苷酸片段作为探针，其中一个具有正常序列，另一个则具有突变碱基。与探针中央碱基不同的等位基因片段不显示杂交信号，如果正常和突变探针都可杂交，说明突变基因是杂合子，如只有突变探针可以杂交，说明突变基因为纯合子1。
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化学断裂法测序中。G和C可以单独出现。A+G和C+T在另外一个条段。因此，A和T只出现一次，G和C出现两次。
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限制性内切酶主要识别回文对称序列。
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受精卵中，雄核比雌核更大，显微注射把目的基因注入雄核。
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pBR322质粒与其他质粒的区别在于它的结构和特征。它含有β-内酰胺酶 (AmpR) 基因内的三个独特限制性核酸内切酶识别位点和 TetR 基因内的八个独特位点。从 DH10B ™ 大肠杆菌 纯化的质粒也具有 14 个非可选的独特限制性核酸内切酶识别位点。可以在四环素抗性基因的启动子中找到 Hin d III 和 Cla I 的独特切割位点。在这两个位点的任一处插入 DNA 通常均会导致丧失四环素耐药性。这些特征使得pBR322质粒成为一种常用的基因克隆载体。
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Cre/Lox系统是一种基因操作技术，它可以在DNA的特定位点上执行删除、插入、易位及倒位。利用这个系统，可以针对特定的细胞类型或采用特定的外部刺激，对细胞中DNA进行修改。它在真核和原核系统中均适用1。
Cre/Lox系统由两个主要组成部分：Cre重组酶和LoxP位点。Cre重组酶是一种位点特异性的DNA重组酶，能特异识别LoxP位点，介导LoxP位点间的序列删除或重组。LoxP位点是一段长度为34bp的DNA序列，包括两个13bp的反向重复序列和一个不对称的8bp间隔区组成。反向重复序列是Cre重组酶的特异识别位点，而间隔区域决定了LoxP位点的方向2。
利用Cre/Lox系统，可以在特定细胞、组织或整个生物体，甚至在特定时间点敲除或表达某个基因，实现对特定基因的时空特异性操作。这对基因功能的研究和人类疾病动物模型的建立都具有深刻影响2。
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基因组编辑包括第一代【ZFN】、第二代【TALEN】和第三代【Crispr-Cas9】。
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ZFN（锌指核酸酶）和TALEN（转录激活因子样效应因子核酸酶）是两种强大的基因组编辑工具，它们都是由经过设计的、序列特异性的DNA结合元件和非特异性的DNA切割结构域结合而成的嵌合体1。
ZFN利用人工设计的锌指蛋白来识别特定的DNA序列，然后通过与FokI核酸内切酶结构域的结合来实现基因组编辑。TALEN则利用转录激活因子样效应物（TALE）代替ZF与FokI核酸内切割域组成。与ZFN相比，TALEN可以识别更长的靶基因序列2。他们都需要FokI核酸内切结构域。
这两种技术都能够完成一系列遗传学编辑修饰操作，包括在特定基因所在位置进行同源定向修复或容易出错的非同源末端连接3。
ZFN和TALEN的主要区别在于它们用来识别特定DNA序列的部分。ZFN利用人工设计的锌指蛋白来识别特定的DNA序列，而TALEN则利用转录激活因子样效应物（TALE）代替ZF与FokI核酸内切割域组成。与ZFN相比，TALEN可以识别更长的靶基因序列。
除此之外，这两种技术都能够完成一系列遗传学编辑修饰操作，包括在特定基因所在位置进行同源定向修复或容易出错的非同源末端连接。
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CRISPR/Cas9系统是一种细菌和古细菌在长期进化过程中形成的适应性免疫防御系统，可以有效地切割降解进入细菌和古细菌细胞中的外源DNA1。它广泛存在于细菌和古细菌基因组中，由CRISPR基因座、Cas蛋白及5’端的tracrRNA 3部分组成，通过识别外源的原型间隔序列邻近基序 (PAM)序列来发挥免疫防御作用2。
CRISPR/Cas9技术已经被广泛应用于基因编辑领域。它主要由Cas9蛋白与人工设计的单引导RNA (sgRNA)组成，通过自主设计的sgRNA特异性靶向目标序列，从而使DNA双链断裂，断裂的双链DNA利用非同源末端连接 (NHEJ)或者同源性定向修复 (HDR) DNA修复机制进行修复，从而实现目的基因片段的敲除或者敲入。
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Cas9蛋白是CRISPR/Cas9系统中的核心组成部分。它的结构域分为REC结构域、Ruvc结构域、HNH结构域和PI结构域。其中，REC结构域可以分为REC1-A、REC2、REC1-B和REC3，作用是连接其他结构域。Ruvc结构域和HNH结构域都是核酸酶结构域，它们负责切割DNA。Ruvc结构域负责切割靶序列的互补链，而HNH结构域负责切割靶序列1。
Cas9蛋白通过与sgRNA（单向导RNA）的结合，能够识别并切割特定的DNA序列。sgRNA通过与靶DNA位点进行碱基配对，能够引导Cas9结合到这个靶位点上并进行切割。
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crRNA（CRISPR RNA）和tracrRNA（trans-activating crRNA）是CRISPR/Cas9系统中的两种重要RNA分子。它们通过碱基配对作用结合，经过RNaseIII修剪，并与Cas9结合，成为具有DNA切割能力的复合体。
在实际应用中，人们可以将tracrRNA和crRNA作为两种向导RNA（gRNA）或者融合在一起形成单向导RNA（single guide RNA, sgRNA），后一种方式已经广泛用于Cas9引导酶。sgRNA通过与靶DNA位点进行碱基配对，能够引导Cas9结合到这个靶位点上并进行切割。
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crRNA和tracrRNA有什么区别？——crRNA（CRISPR RNA）和tracrRNA（trans-activating crRNA）是CRISPR/Cas9系统中的两种重要RNA分子。它们的主要区别在于它们的来源和作用。
crRNA是由CRISPR基因座转录而来，它包含与外源DNA相互补的序列，能够与外源DNA进行碱基配对。tracrRNA则是单独转录而来，它与pre-crRNA通过碱基配对作用结合，经过RNaseIII修剪，并与Cas9结合，成为具有DNA切割能力的复合体。
简单来说，crRNA负责识别外源DNA序列，而tracrRNA则负责与crRNA结合并与Cas9蛋白形成复合体。
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crRNA和tracrRNA如何结合？——crRNA（CRISPR RNA）和tracrRNA（trans-activating crRNA）是CRISPR/Cas9系统中的两种重要RNA分子。它们通过碱基配对作用结合。
具体来说，crRNA以前体pre-crRNA的形式被转录，tracrRNA单独转录。tracrRNA和pre-crRNA之间有部分碱基序列存在严格的碱基互补关系，两者形成双链RNA (dsRNA)。RNase III会剪切dsRNA，形成中间crRNA (int-crRNA)，完成crRNA的初加工。
这个过程发生在Cas9蛋白的表层上。二次加工是Cas9对int-crRNA 5’末端的重复序列和间隔区序列进行修剪，使其变为成熟crRNA (mat-crRNA)，剪切形成的这种mat-crRNA被称为gRNA (guide RNA)，Cas9核酸酶和gRNA形成Cas9核糖核蛋白 (RNP)。
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crRNA和tracrRNA如何结合？——crRNA（CRISPR RNA）和tracrRNA（trans-activating crRNA）是CRISPR/Cas9系统中的两种重要RNA分子。它们通过碱基配对作用结合，经过RNaseIII修剪，并与Cas9结合，成为具有DNA切割能力的复合体。
具体来说，crRNA以前体pre-crRNA的形式被转录，tracrRNA单独转录。tracrRNA和pre-crRNA之间有部分碱基序列存在严格的碱基互补关系，两者形成双链RNA (dsRNA)。RNase III会剪切dsRNA，形成中间crRNA (int-crRNA)，完成crRNA的初加工。
这个过程发生在Cas9蛋白的表层上。二次加工是Cas9对int-crRNA 5’末端的重复序列和间隔区序列进行修剪，使其变为成熟crRNA (mat-crRNA)，剪切形成的这种mat-crRNA被称为gRNA (guide RNA)，Cas9核酸酶和gRNA形成Cas9核糖核蛋白 (RNP)。
在这个过程中，Cas9蛋白与crRNA和tracrRNA结合，形成具有DNA切割能力的复合体。
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什么是sgRNA？——sgRNA（single guide RNA）是CRISPR/Cas9系统中的一种重要RNA分子。它是由crRNA（CRISPR RNA）和tracrRNA（trans-activating crRNA）融合而成的单链向导RNA。
在实际应用中，人们可以将tracrRNA和crRNA作为两种向导RNA（gRNA）或者融合在一起形成单向导RNA（single guide RNA, sgRNA），后一种方式已经广泛用于Cas9引导酶。sgRNA通过与靶DNA位点进行碱基配对，能够引导Cas9结合到这个靶位点上并进行切割。
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DNAP I的大片段小片段是酶切得到的，不能算作亚基。
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滚环复制不需要RNA引物。
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快速分裂的细菌，DNA复制最多有6个复制叉。正常分裂只有2个复制叉。
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DNAP gama具有5‘脱氧核糖磷酸酶活性，参与AP位点的碱基修复。
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TopI和TopII的对比。作用相反。
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RNAP没有3’-外切酶活性，但不代表没有校对功能。在GreA,GreB作用下解除暂停并校对，可以激发内切酶活性。
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抗生素的依据不是对细菌的严重性而是对细菌的特异性。
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RNAP滑动钳由NusG，RfaH组成。
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阻遏蛋白四聚体同时结合乳糖操纵子三个操纵基因中的两个。肯定会结合O1。O2和O3位于基因内部。CAP通过和RNAP alpha亚基的CTD相互作用促进转录。
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大肠杆菌sigma因子的选择。sigma 70是一般的。热休克反应涉及sigma 32。sigma 32被rpoH编码。
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色氨酸操纵子不是弱化子。色氨酸操纵子的调节基因trpR组成性低水平表达，不受到其他因素影响。只受到色氨酸水平的调节而不受到trpR基因表达的调节。
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端粒酶RNA转录。人类用pol II。植物和纤毛虫用pol III。
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真核生物中TBP分别是选择因子SL-1；TFIID；TFIIIB。
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组蛋白的mRNA后加工只有加帽和内部甲基化。不包括加尾、剪接、编辑。没有内含子。
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I类和II类内含子的例子。
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抗生素：
- 原核：使得小亚基误读密码子【链霉素、新霉素、卡那霉素】；占据小亚基A位点【土霉素、四环素】；抑制大亚基肽酰转移酶【氯霉素、林可霉素、稀疏霉素】；抑制大亚基移位【麦迪霉素】；阻断大亚基多肽离开通道【红霉素】。
- 真核：使得eEF-2被ADP-核糖基化抑制移位【白喉毒素】；切断28SrRNA【蓖麻毒素】；抑制大亚基肽酰转移酶【放线菌酮】
- 真核和原核：模仿氨酰tRNA【嘌呤霉素】、阻止rRNA转位【潮霉素】。
生物信息学
- 带有db的都是Genbank的辅助序列数据库。比如dbEST,dbSTS。
- Unigene：NCBI的转录组数据库
- Entrez：NCBI建立的综合性搜索数据库
- 区分CDS编码区和ORF开放阅读框。ORF是理论上可能的CDS，从起始密码子开始，到终止密码子结束。一段DNA序列，理论上存在6种ORF【2个方向，三连体密码子】。
- 同源性只能是有或者没有。不能用数字界定。
- Blast系列的用法。Blastn是核酸到核酸。Blastp是蛋白到蛋白。tBlastn是核酸到蛋白。BlastX是DNA到cDNA。
- BLAST是双序列比对。多序列比对用的是CLUSTALW。FASTA是通用格式。
- 蛋白质三维结构预测主要通过同源性而不是相似性。
- PAM矩阵：PAM矩阵编号代表的是遗传距离，因为多击，遗传距离并不等于差异。PAM60-60%的相似性。PAM80-50%。PAM120-40%。PAM250-20%.
- 超过80个AA的区段至少有25%相同即为显著匹配。
生物统计学
- 误差棒的表示
- 显著性的表示：表星号(ns表不显著)；表字母分组；
- 统计学基础知识：
微生物
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病毒的对称体制只有两种——螺旋对称【烟草花叶病毒。狂犬病毒有包膜。】和正二十面体【腺病毒。脊髓灰质炎病毒有包膜。】。还有复合型，是以上两种的结合。
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总的来说，动物病毒多为线性dsDNA和ssRNA。植物病毒为线性ssRNA。噬菌体为线性dsDNA。真菌病毒为线性dsDNA。
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Bartimore病毒分类法：
- 双链DNA病毒：腺病毒、疱疹病毒、痘病毒。
- 单链DNA：+ssDNA小病毒。
- 双链RNA：呼长孤病毒。
- 正链单链RNA：微小RNA病毒（鼻病毒）、囊膜病毒、大部分植物病毒、冠状病毒
- 负链单链RNA：正粘病毒（包括流感病毒）、炮弹病毒（包括狂犬病病毒）
- 单链RNA反转录：HIV
- 单链DNA反转录：肝病毒
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狂犬病毒在外周无髓鞘神经纤维中，受体是NAchR。在脑神经院内形成内格里氏小体。
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流感病毒的H和N：H代表血凝素【和受体结合并进入病毒。】，N代表神经氨酸酶【病毒出细胞时，切断血凝素和细胞的联系，释放病毒】。
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霍乱毒素使得Gs的活性增加，百日咳毒素使得Gi的活性减小。都使得cAMP升高。
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立克次氏体 导致Q热、恙虫病、落基山斑疹伤寒。
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G-和G+细胞壁的对比。
G+ G- 多肽聚糖 少肽聚糖 多磷壁酸 无 无脂质 多脂质 少蛋白质 多蛋白质 -
磷壁酸是G+细胞壁上的酸性多糖，主要成分是甘油磷酸和核糖醇磷酸。有膜磷壁酸和壁磷壁酸之分。
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G+磷壁酸和G-脂多糖的比较：
- 共同点：都可以利用负电荷浓缩细胞周围的二价阳离子。 作为表面抗原。作为噬菌体吸附受体。
- 不同点：磷壁酸还可以贮藏元素，调节细胞自溶素的活力，增加和宿主细胞的黏结。脂多糖还可以作为内毒素，参与选择性运输【但是脂多糖LPS的存在必须依赖于Ca++的存在。如果用EDTA螯合，那肽聚糖层就会暴露出来】。
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抗酸细菌G+,但难以褪色。生长缓慢，对药物抗性高。特有分支菌酸。分支菌酸是分支的beta-羟基脂肪酸。用抗酸染色染。常见的有结核分枝杆菌和麻风分枝杆菌。
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古菌的细胞壁具有假肽聚糖，由NAG和乙酰塔罗糖胺糖醛酸以beta-1,3-糖苷键连接。不被溶菌酶水解。短肽也只有三个L-AA
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PHB是聚-beta-羟丁酸。是许多细菌细胞质内属于脂质的碳源。异染粒是多聚无机偏磷酸，可以贮藏磷元素并降低渗透压。羧酶体含有很多的RUBISCO。可以被美蓝染成红紫色。
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溶菌酶的作用位点是NAM-NAG。
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古菌和细菌、真核生物的比较：
- 和细菌类似：DNA环形，有操纵子，无内含子，多顺反子，70S核糖体，不具细胞核，不具端粒酶，只有一种pol，转录翻译偶联
- 和真核生物类似：组蛋白四聚体，部分基因有内含子，蛋白质合成从Met开始，pol为复杂多具体，有大量重复序列，pol不被利福霉素抑制，RNApol不能直接识别启动子，rRNA和tRNA加工类似真核生物，多复制子，翻译对白喉毒素敏感。
- 独特：TphiC环上没有T，磷脂头尾用醚键连接，极端嗜热菌为单层
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中心质就是中央质。中体、间体、中间体、中介体是细胞内陷结构，实际上是膜损伤导致的伪影。中心球是中心粒周围物质。
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产生芽孢的有芽孢杆菌和梭菌。
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支原体、立克次氏体、衣原体的生活比较：支原体介于自由生活和细胞内寄生之间，没有细胞壁。立克次氏体有细胞壁，不能自由生活，有不完整的代谢产能系统。衣原体细胞较小，不存在代谢产能系统【能量寄生】。染色都是G-。
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衣原体的生活史。原体具有感染力。在细胞内变为始体或者网状体。始体聚集变为原体，然后宿主细胞裂解释放。将会引起沙眼和鹦鹉热。
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鞭毛：G-的鞭毛基体具有4个环——L,P,S-M,C。其中S-M环驱动鞭毛的快速旋转。G+的鞭毛基体具有两个环——分离的S和M环。
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G+和G-对比：
G+ G- 对青霉素和磺胺药敏感 对链霉素、氯霉素、四环素敏感 对阴离子去污剂、叠氮化钠敏感 对碱性染料敏感 耐干燥，有的产芽孢 不产芽孢，不耐干燥 没有细胞附器 有细胞附器 多为化能有机营养型 营养方式多样 大多不运动，运动用周毛 运动或不运动，运动方式多 -
常见的革兰氏阳性菌——葡萄球菌、链球菌、肺炎链球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌。常见的革兰氏阴性菌——痢疾杆菌、伤寒杆菌、变形杆菌、霍乱弧菌。
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能够有氧呼吸的微生物都具有SOD和过氧化氢酶。耐氧厌氧菌 不具有过氧化氢酶。专性厌氧菌不具有SOD和过氧化氢酶。SOD超氧化物歧化酶用来分解超氧化物，保护有氧环境的细胞。不过要注意的是，过氧化物酶不是过氧化氢酶。耐氧厌氧菌具有过氧化物酶，但没有过氧化氢酶。
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基团转位属于广义的主动运输。溶质在运输前后会发生分子结构的变化。主要靠磷酸转移酶系统。
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基因重排在原核生物中存在。自体调控是指产物调控自身的表达。
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严紧反应：细菌在氨基酸饥饿【N缺乏时】，tRNA,rRNA表达减少。通过 RelA【严紧因子】感受饥饿信号，产生 魔斑 pppGpp或者ppGpp。
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细菌二元调节系统。包括感应 组氨酸蛋白激酶TK 和 应答调控蛋白RR。TK自磷酸化后把磷酸基团转给RR，开启后续反应。
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群体感应：群体密度增加，微生物特性改变。
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准性生殖：真菌特有的有性生殖。形成重组二倍体后多次有丝分裂逐渐失去一半染色体，最终变为单倍体。
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lamda噬菌体的生活史：**C1 促使进入溶源周期，Cro **促使进入裂解周期。
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真菌培养需要C/N比高，pH=3-6。细菌培养C/N比低，pH=6.5-7.5。
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色素：脂溶性色素——金黄色葡萄球菌、粘红酵母、黑曲霉。水溶性色素——天蓝色链霉菌、铜绿假单胞菌。
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三糖铁TSI琼脂实验——用来检测细胞代谢是否释放出H2S。
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酒精发酵的注意事项。一开始要加入氧气，让酵母菌在一开始大量繁殖。酵母菌适合在酸性环境中生活，加入碱性物质容易杀死酵母菌。要定时排气。
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湿热灭菌效果比干热灭菌好。
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Ames Test用来检测样品的致癌性。如果诱变剂太强，则更容易死亡而不是产生原养性菌落。注意这一点。
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在考虑真核生物和原核生物的相似性时，要考虑到真核生物的半自主细胞器来自于原核生物的内共生事件。
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ScFv就是单链抗体。
进化生物学
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原始生命起源：原始大气提供原料，原始海洋提供条件。
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磷酰化氨基酸支持蛋白质核酸共起源。
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闭管式循环系统比开管式循环系统更早出现【环节比软体动物更早出现】。
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最早出现的生物是化能自养生物。
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直链脂质比支链脂质更早出现。陆生植物比陆生动物更早出现。第一批陆地植物是裸蕨。
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硬骨鱼的原始肺为呼吸辅助器官，后来退化为鳔。硬骨鱼内耳中具有耳石。【】
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指相化石、标记物化石、标准化石。
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一些典型的过渡化石——卞氏兽【爬行类向哺乳动物】、始祖鸟、种子蕨。
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标准化石、指相化石和标记物化石——标准化石、指相化石和标记物化石是按化石的作用分的。标准化石是存续时间相对较短，以致可用其作为所在地质年代标志的物种化石1。指相化石能够指示当时地层沉积环境的化石2。标记物化石是指古代生物大规模灭绝事件的标志性化石2。
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生物发展史。两栖类泥盆纪出现。昆虫在石炭纪发生第一次大的适应辐射。植物最早在奥陶纪登录，在泥盆纪出现了种子蕨。被子植物最早出现于三叠纪。恐龙最早出现于三叠纪。古生代硬壳动物、海洋无脊椎动物、鱼类、两栖类繁盛。中生代爬行类繁盛。新生代哺乳动物繁盛。古生代藻类和菌类、裸蕨、蕨类植物繁盛。三叶虫寒武纪繁盛，志留纪和泥盆纪衰退。
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一些著名的古生物。菊石出现在泥盆纪-白垩纪。巨齿鲨出现在新近纪。始祖鸟出现在侏罗纪晚期。
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叠层石是蓝藻沉积产生的。和真核生物没有关系。
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埃迪卡拉动物群——埃迪卡拉动物群位于澳大利亚南部的埃迪卡拉地区，生活在5.65-5.43亿年前的前寒武纪一大群软体躯的多细胞无脊椎动物。包括腔肠动物门、节肢动物门和环节动物门等8科22属31种低等无脊椎动物。1960年召开的第22届国际地质会议正式命名该化石群为“埃迪卡拉动物群”1。埃迪卡拉动物群包括腔肠动物门、节肢动物门和环节动物门等8科22属31种低等无脊椎动物。其中，水母（Medusoid）有7属9种；水螅纲有3属3种；海鳃目（Pennatulaceun）（珊瑚纲）有3属3种；钵水母2属2种；多毛类环虫2属5种；节肢动物2属2种。埃迪卡拉动物群是一群软体躯的多细胞无脊椎动物。它们大都呈扁平辐射对称，类型很多。许多是水母形盘碟状，如Medusinites、Tribrachidium、Spinther，在表面具放射散发的弯曲沟，或具同心脊，或兼有两者。有一些呈叶状，或成为带状，与现代海笔很相似，如蕨叶状的Rangea和charnia，被称为花瓣类(Petalonamae)。再有分节多毛蠕虫状，如Spriggina和Dickinsonia；有的奇特地似有3条腿在中央；有的有头盖和环节。还有在早石炭世绝灭的棘皮动物门海座星纲的早期代表。
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马的进化历史——
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人类进化——人类进化可以分为能人-直立人【元谋人】-早期智人【尼安德特人】-晚期智人【山顶洞人、克洛玛侬人】。能人是最早出现的人属。【第二次走出非洲】。早期智人埋葬死者并有母系氏族。
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冈瓦纳大陆——冈瓦纳大陆（Gondwana）是一个古老的超大陆，存在于新元古代至侏罗纪前期（约5.73亿至1.8亿年前），它是从罗迪尼亚大陆分裂出来的两块超大陆之一（另一个超大陆为劳亚大陆），存在于南半球1。冈瓦纳大陆最终成为古生代以来最大的超大陆，覆盖面积约100,000,000km²，约占地球表面的五分之一。在石炭纪时期，它与欧美大陆合并成一个更大的超大陆 - 盘古大陆。在中生代，冈瓦纳（和盘古大陆）逐渐破裂。冈瓦纳的残余物约占当今大陆面积的三分之二，包括南美大陆、非洲大陆、南极大陆、澳大利亚大陆、印度次大陆、西兰大陆和阿拉伯半岛1。可见澳洲原本并不直接和南美洲而是和南极洲连在一起。
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同域种形成一般是量子种形成。如丽鱼。
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特化式进化和简化式进化：特化式进化强调一个共同祖先的不同后代适应不同的生活环境。要和其他的现生物种对比。
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进化速率 例子 低速进化 各种活化石，如海豆芽，鲎，矛尾鱼，北美负鼠，水杉，银杏 中速进化 马 高速进化 人类、澳洲有袋类 袋狼属于高速进化。
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严格的中性选择下，演化速率只和突变速率有关。
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