2015年12月22日
【转】linux拷贝文件夹
摘要： 今天想要将一个文件夹下的几个文件夹拷贝到这个文件夹下的另一个文件夹下面ORZ，但出现报错：cp：omitting directory；用了参数-R就好了以下是参考文章，觉得以后也会用到，十分感谢：http://aabbc1122.blog.163.com/blog/static/5704325720... 阅读全文
posted @ 2015-12-22 17:19 AveryCh 阅读(242) 评论(0) 推荐(0)
2015年12月21日
bed format
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2015-12-21 19:58 AveryCh 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)
2015年12月19日
a test for hg19 ChIPseq pipeline
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2015-12-19 15:44 AveryCh 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)
2015年11月11日
FC and CPM and dispersion and P-value
摘要： ThelogCPM values can optionally be converted to RPKM or FPKM by subtracting log2 of genelength, see rpkm(). The Arabidopsis case study of Section 4.6 ... 阅读全文
posted @ 2015-11-11 19:24 AveryCh 阅读(877) 评论(0) 推荐(0)
2015年11月10日
转-R排序
摘要： 此次只用了order 错误，应该用rank> nlxl1 nlxl2 nlxl3 nlxl4 nlxl5 nlxl6 x sort(x)[1]32677485939799 100> order(x)[1] 5 8 4 3 2 1 7 6> rank(x)[1] 6 5 4 3 1 8 7 2假设x为... 阅读全文
posted @ 2015-11-10 15:07 AveryCh 阅读(193) 评论(0) 推荐(0)
转-R语言的逻辑操作
摘要： R语言的逻辑操作包括以下几项：http://blog.sina.com.cn/s/blog_403aa80a0101cz2s.html!取非如：> x !x输出结果为： FALSE如：> x !x输出结果为：F,F,T,F,T&和 &&这两者都是逻辑与，操作都是x&y和x&&y如：> x y ... 阅读全文
posted @ 2015-11-10 14:20 AveryCh 阅读(340) 评论(0) 推荐(0)
差异表达分析用到的一些代码
摘要： 滤除小于RPKM小于10的基因> frame210)&(lxl2>10)&(lxl3>10)&(lxl4>10)&(lxl5>10)&(lxl6>10),select = list:lxl6)以下为引用：http://blog.sina.com.cn/s/blog_62b37bfe0101f4h0.... 阅读全文
posted @ 2015-11-10 13:38 AveryCh 阅读(406) 评论(0) 推荐(0)
2015年10月28日
[转]edgeR的安装和后续使用
摘要： edgeR的使用发表于2013 年 12 月 15 日1. edgeR简介与安装edgeR，Empirical analsis of digital gene expression data in R. Differential expression analysis of RNA-seq and ... 阅读全文
posted @ 2015-10-28 22:57 AveryCh 阅读(4456) 评论(0) 推荐(0)
R包的安装
摘要： 安装的R版本为R.3.0.0;安装BioConductor：> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite()安装edgeR：> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLi... 阅读全文
posted @ 2015-10-28 22:49 AveryCh 阅读(208) 评论(0) 推荐(0)
[转]instal package，出现“无法解析服务器的名称或地址”问题的解决
摘要： 问题:直接使用CRAN的源出现如下错误Warning in install.packages :InternetOpenUrl failed: '无法解析服务器的名称或地址'Warning in install.packages :unable to access index for reposit... 阅读全文
posted @ 2015-10-28 22:06 AveryCh 阅读(1731) 评论(0) 推荐(0)
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