Find all zero-byte files in directory and subdirectories
摘要：
find "./" -size 0 阅读全文
posted @ 2021-03-31 15:53 坐山雕 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑
grep in python
摘要：
for line in file: if re.search(pattern, line): print(line) 阅读全文
posted @ 2021-03-30 17:04 坐山雕 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
How do I know the script file name in a Bash script?
摘要：
me=`basename "$0"` 阅读全文
posted @ 2021-03-30 16:50 坐山雕 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
ENCODE Chromatin State Segmentation by HMM from Broad Institute, MIT and MGH
摘要：
https://hgsv.washington.edu/cgi-bin/hgFileUi?db=hg38&g=wgEncodeBroadHmm Display Conventions and Configuration This track is a composite track that con 阅读全文
posted @ 2021-03-29 12:46 坐山雕 阅读(86) 评论(0) 推荐(0) 编辑
macOS cannot verify that this app is free from malware. 怎么解决显示全部
摘要：
你比较确定不是恶意软件的情况下，苹果官方给出的解决方案在 Mac 上安全地打开应用是按住Control键点按应用, 然后打开，这样会把应用增加到白名单中许可执行。对于开发者来说，比较简单的办法就是禁用Gatekeeper，执行如下命令：$ sudo spctl --master-disable 作者 阅读全文
posted @ 2021-03-28 20:54 坐山雕 阅读(2374) 评论(0) 推荐(0) 编辑
win10怎么设置游戏录制时间
摘要：
https://jingyan.baidu.com/article/ca2d939d50c538eb6c31ce3e.html 阅读全文
posted @ 2021-03-26 14:54 坐山雕 阅读(103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
diy zotero
摘要：
https://blog.csdn.net/weixin_41457494/article/details/103967939 https://editor.citationstyles.org/visualEditor/ 阅读全文
posted @ 2021-03-04 19:21 坐山雕 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
怎样去掉word中的换行符
摘要：
word --> reference --> view --> Show non-Printing Characters --> All --> un-select 阅读全文
posted @ 2021-02-19 17:39 坐山雕 阅读(161) 评论(0) 推荐(0) 编辑
warning [escuelaslinux6.12-english-64bits.zip]: zipfile claims to be last disk of a multi-part archive;
摘要：
simon@ZhengmzLAB:/media/simon/HDD5$ unzip escuelaslinux6.12-english-64bits.zip Archive: escuelaslinux6.12-english-64bits.zip warning [escuelaslinux6.1 阅读全文
posted @ 2021-02-17 20:09 坐山雕 阅读(709) 评论(0) 推荐(0) 编辑
语音识别: DeepSpeech2
摘要：
https://github.com/PaddlePaddle/DeepSpeech/blob/develop/README_cn.md http://proceedings.mlr.press/v48/amodei16.pdf 阅读全文
posted @ 2021-02-17 16:41 坐山雕 阅读(730) 评论(0) 推荐(0) 编辑
RNA-seq
摘要：
STAR 处理后的RNA-seq数据 BAM和bedgraph 在q30和picard后上传的效果一样 scRNAseq也需要split R2上传 阅读全文
posted @ 2021-02-16 15:04 坐山雕 阅读(128) 评论(0) 推荐(0) 编辑
BASIC get track name
摘要：
/usr/local/BASIC/_py/bin/python /usr/local/BASIC/basic/console/track_util.py list|grep $F 阅读全文
posted @ 2021-02-16 11:36 坐山雕 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
修改 bam 文件中染色体名 add chr
摘要：
$1=xxx.bam $2=xxx.chr.bam samtools view -H $1 | sed -e 's/SN:/SN:chr/g' | samtools reheader - $1 > $2 阅读全文
posted @ 2021-02-15 20:24 坐山雕 阅读(723) 评论(0) 推荐(0) 编辑
conda tophat STAR
摘要：
conda create -n tophat python = 2.7 conda install -c bioconda tophat conda install bowtie2 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#the- 阅读全文
posted @ 2021-02-15 11:12 坐山雕 阅读(93) 评论(0) 推荐(0) 编辑
STARsolo
摘要：
you can concatenate the files, or supply them as two (for Read2(barcode) and Read1(cDNA)) comma-separated lists, i.e. Hi Olga, I have finally finished 阅读全文
posted @ 2021-02-14 21:24 坐山雕 阅读(290) 评论(0) 推荐(0) 编辑
picard
摘要：
https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360037225972-MarkDuplicates-Picard- 阅读全文
posted @ 2021-02-14 19:46 坐山雕 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑
STAR
摘要：
https://github.com/alexdobin/STAR/issues/175 阅读全文
posted @ 2021-02-13 13:10 坐山雕 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
SRR1957059
摘要：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR1957059 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX982548 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.c 阅读全文
posted @ 2021-02-09 15:53 坐山雕 阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑
shinyapps.io publish
摘要：
https://docs.rstudio.com/shinyapps.io/getting-started.html#installation 阅读全文
posted @ 2021-02-09 15:02 坐山雕 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
A Helpful Way to Install R Packages Hosted on GitHub
摘要：
https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html 阅读全文
posted @ 2021-02-09 12:16 坐山雕 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Combine part of a PDF with another PDF in preview in mac
摘要：
Combine part of a PDF with another PDF Open the PDFs that you want to combine in Preview. In each document, choose View > Thumbnails to show page thum 阅读全文
posted @ 2021-02-08 11:14 坐山雕 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
sshfs mac
摘要：
brew install --cask osxfuse brew install sshfs mkdir HDD6 sshfs -p 1911 simon@10.20.1.138:/media/simon/HDD6 HDD6 阅读全文
posted @ 2021-02-03 10:41 坐山雕 阅读(51) 评论(0) 推荐(0) 编辑
rsync+ssh同步备份文件
摘要：
jakqigle 2015-06-13 22:50:50 3532 收藏 分类专栏： Linux Software&Tools 文章标签： rsync ssh 版权 定期对web代码或重要的文件做同步异地服务器备份，防止服务器故障严重磁盘损坏时文件丢失的问题。 备份服务器：192.168.200.1 阅读全文
posted @ 2021-02-02 15:28 坐山雕 阅读(123) 评论(0) 推荐(0) 编辑
mouse click shiny
摘要：
library(ggplot2) ui <- basicPage( plotOutput("plot1", click = "plot_click"), verbatimTextOutput("info") ) server <- function(input, output) { output$p 阅读全文
posted @ 2021-02-01 16:59 坐山雕 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
ggplot log2
摘要：
PSELC+ scale_y_continuous(trans = log2_trans()) 阅读全文
posted @ 2021-02-01 11:47 坐山雕 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R语言可视化学习笔记之ggridges包. crossed coverage
摘要：
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/106554057 library(viridis) library(ggridges) head(lincoln_weather[ ,1:4]) ggplot(lincoln_weather, aes 阅读全文
posted @ 2021-02-01 11:04 坐山雕 阅读(200) 评论(1) 推荐(0) 编辑
white no line rectGrob
摘要：
rectGrob(gp=gpar(fill=NA,col=NA)), #Plot Footer my_g1 ← grobTree(rectGrob(gp=gpar(fill="#F0F0F0",col=NA)), linesGrob(unit(c(.05, .95), "npc"), unit(1, 阅读全文
posted @ 2021-02-01 10:29 坐山雕 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R plot a table
摘要：
PLOTINFO<-ggplot(SMDATA,aes(x=xorder))+ geom_text(aes(y=3,label=xorder),angle=270)+ geom_text(aes(y=1,label=GENENAME),angle=270)+ geom_text(aes(y=2,la 阅读全文
posted @ 2021-01-26 11:54 坐山雕 阅读(68) 评论(0) 推荐(0) 编辑
arrangeGrob
摘要：
grid.arrange(PLOTKMK$gtable,arrangeGrob(PLOTLINE,PLOTINFO,ncol=1,heights=c(3,1)),ncol=1) 阅读全文
posted @ 2021-01-26 11:43 坐山雕 阅读(83) 评论(0) 推荐(0) 编辑
sorted a data.frame i colnames
摘要：
FIN2 %>% select(sort(names(.))) %>% FIN3 阅读全文
posted @ 2021-01-26 10:41 坐山雕 阅读(29) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R list chr to integer
摘要：
GENE_NID=do.call(rbind, lapply(GENE_ID, as.integer)) 阅读全文
posted @ 2021-01-25 10:56 坐山雕 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R reorder data.frame column
摘要：
PIN<- SSIN[, col_order_list] data_melt$ORDER<-factor(data_melt$variable,levels=COL_MERGE$Factor_Names) 阅读全文
posted @ 2021-01-23 11:52 坐山雕 阅读(58) 评论(0) 推荐(0) 编辑
cluster BASIC
摘要：
####clusters. options (function() { var hsv2rgb = function(a,b,c) { var d=0,e=0,f=0,g=Math.floor(a*6),h=a*6-g,i=c*(1-b),j=c*(1-h*b),k=c*(1-(1-h)*b); s 阅读全文
posted @ 2021-01-22 17:04 坐山雕 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
ssh,scp带密码操作
摘要：
1、远程执行，带密码参数 sshpass 安装命令： ```{sh} yum install sshpass ##执行命令： sshpass -p "mima" ssh root@localhost ## 参数小写p，密码mima ``` 2、非22端口 ssh -p 9062 111.111.11 阅读全文
posted @ 2021-01-22 16:16 坐山雕 阅读(1272) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R data.frame filter out rowsum==0 and colsum==0
摘要：
SSIN0<-filter(SIN,rowSums(SIN)>0)SSIN<-SSIN0 %>% select(where(~ is.numeric(.x) && sum(.x) >10000 )) 阅读全文
posted @ 2021-01-22 15:00 坐山雕 阅读(64) 评论(0) 推荐(0) 编辑
How to repeat loop n times in Bash
摘要：
for (( i=0; i<10; ++i)); do [ -e filename ] && break sleep 10 done 阅读全文
posted @ 2021-01-20 16:43 坐山雕 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
numpy.random.choice(a, size=None, replace=True, p=None)
摘要：
#numpy.random.choice(a, size=None, replace=True, p=None) #从a(只要是ndarray都可以，但必须是一维的)中随机抽取数字，并组成指定大小(size)的数组 #replace:True表示可以取相同数字，False表示不可以取相同数字 #数组 阅读全文
posted @ 2021-01-19 10:45 坐山雕 阅读(63) 评论(0) 推荐(0) 编辑