10 2019 档案

摘要：在听老师将Wnt通路时，有下面的体悟：Wnt通路中，APC结合GSK3和CK1后，招募β-catenin，使β-catenin磷酸化，继而泛素化，β-catenin蛋白降解。整个过程是动态平衡的。 但是，如果APC发生变异，APC不能与GSK3和CK1结合，那么β-catenin不能被招募，不能被降 阅读全文

摘要：cuffdiff： cuffdiff的输入 1. bam文件 2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。 若执行：cuffdiff c1,c2,c3 t1,t2,t3，则得到1个差异列表。 若分别执行：cuffdiff c1 t1 cuffdiff c2 t2 cuffdi 阅读全文

摘要：如果转载，请注明出处。 GSEA、David与KEGG、GO数据库的区别： 1.KEGG数据库、GO数据库是知识库。它们记录了通路、生物学过程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分析的数据库。它们使用KEGG、GO数据库中的信息，再结合你输入的基因列表，对输入基因列表进行富集分析，给出结果（ 阅读全文

摘要：对于生物信息学知识的掌握，大体可以分为三重境界： 讲解了3代生物功能富集检验方法，主要降解了GSEA方法的使用和优缺点。 参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20901089 讲解了pathway注释和基因富集的不同，以及各自的优缺点： 参考资料：https://ww 阅读全文

摘要：在Ubuntu系统下，利用Inkscape已将图排列、修整完毕。 1. 要求：图的字体需要Arial。（Inkscape没有该字体） 解决：在windows下用AI修改字体。保存为pdf即可。 2. 要求：需上传eps格式的图。 解决：在AI下，保存副本，选择eps格式即可。 问题：如果直接将Ink 阅读全文

摘要：KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： 1. ID转换：将gene symbol转换为uniprobID 方法：利 阅读全文

摘要：gene symbol： TP53 gene ID：7157。Entrez Gene ID，它是目前国际上最权威的Gene ID编号！ GENECODE：GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。 HGNC（人类基因命名委员会）只对人类基因进行命名。 HUGO Gene S 阅读全文