01 2018 档案

samtools的一些问题
摘要：samtools在内存与core大量使用时容易出错：如 samtools sort: failed to create temporary file "TCGA-B0-5117-01A-01R-1420-07/hisat2_result/tmp.0000.bam": Cannot send afte 阅读全文
posted @ 2018-01-24 20:21 ZzzzHong 阅读(2129) 评论(0) 推荐(0)
Error in C(1, 2) : object not interpretable as a factor
摘要：是c()写成C()的缘故... 阅读全文
posted @ 2018-01-18 18:49 ZzzzHong 阅读(3440) 评论(0) 推荐(0)
grep -w 正确使用，结果却不正确的原因之一
摘要：在用grep -w命令完成一个任务时，发现怎么弄最后都无法得出最后的结果，最后发现是linux下分隔符的原因。 新建一个test文件： 想了下，-w的作用是找出完全一样的那一列（filed），但在grep中（filed）的定义不止\t，现在看来还包括-，甚至还有别的特殊字符。解决办法是先用其他字符将 阅读全文
posted @ 2018-01-14 15:49 ZzzzHong 阅读(921) 评论(0) 推荐(0)
慎用rm命令和*
摘要：今天有点眼花，用rm命令的时候没看仔细，用*正则表达式匹配时，误把一个运行了3，4天的结果给删除了。心在滴血啊。虽然网上有些可用于恢复的软件，但不知道好不好用啊。吸取教训：1.用rm和*正则匹配时一定要看仔细（千万别在头有点晕的时候使用）2.最后在自己的目录下建一个类似于mytemp之类的文件下，下 阅读全文
posted @ 2018-01-07 20:44 ZzzzHong 阅读(1014) 评论(0) 推荐(0)
rMATs软件的介绍与使用
摘要：rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件，其最大特点是考虑了replicate，还针对配对样本（在医学方面很多都是tumor和normal配对）建立了统计模型，如此以来，得到的结果相对来说也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of di 阅读全文
posted @ 2018-01-04 22:59 ZzzzHong 阅读(4515) 评论(0) 推荐(0)
Rstudio( bioconductor)下载太慢，用国内镜像
摘要：在Rstudio中，下载软件install.packages()和 bioconductor软件下载命令 默认的下载地址都在国外，所以一般来说下载速度十分慢。但其实在国内都有相关的镜像，可以用来下载相关包 Rstudio直接在Tools-->Global Options-->Packages-->C 阅读全文
posted @ 2018-01-04 22:38 ZzzzHong 阅读(23392) 评论(1) 推荐(1)