09 2017 档案

tar: This does not look like a tar archive tar: Skipping to next header tar: Exiting with failure status due to previous errors
摘要：解压一个.tar.zip文件时报错 解决办法： 生成 再用 阅读全文
posted @ 2017-09-23 18:55 ZzzzHong 阅读(4885) 评论(0) 推荐(0)
fastq,sam文件一些小结（持续补充。。。）
摘要：这是双端测序的sam文件随意挑出的一条测序片段。（sam文件会把同一片段的两条read都保留，从第二列可以知道是read1还是read2），可以发现这条片段已经被测通（因为染色体坐标一致），基因序列整体是相同的，说明read1和read2都是按5‘-->3’的顺序排列的 阅读全文
posted @ 2017-09-19 19:27 ZzzzHong 阅读(353) 评论(0) 推荐(0)
科研体会
摘要：1.做科研千万不能急，不能赶，欲速则不达。 2.忌急躁，静下心来，认真分析每个问题 3.看文献一定要多读几遍，附件什么也要仔细看，可以帮助你更好的理解 4.在充分了解一个软件之前，不要轻易将几个软件串起来，搭成pipeline。因为中间很可能因为内存等原因产生意外结果，加上生信软件都不那么特别友好， 阅读全文
posted @ 2017-09-14 16:05 ZzzzHong 阅读(177) 评论(0) 推荐(0)
[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1
摘要：在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令 报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序 阅读全文
posted @ 2017-09-05 19:47 ZzzzHong 阅读(2621) 评论(0) 推荐(0)
基因组各种版本对应关系(转载)
摘要：转载自http://www.bio-info-trainee.com/1469.html（生信菜鸟团） 首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/6 阅读全文
posted @ 2017-09-04 14:51 ZzzzHong 阅读(2252) 评论(0) 推荐(0)
使用trim_galore软件遇到的问题
摘要：我的原始测序数据是双端测序，在用trim_galore软件去接头的这一步，使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序，结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候，发现mapping率只用10%，低的惊人。后来排除建库失败的可能，我去查看了trim_galore运行时的日 阅读全文
posted @ 2017-09-02 10:13 ZzzzHong 阅读(3179) 评论(0) 推荐(0)