05 2017 档案

Python脚本打包为exe文件
摘要：本文转载自http://www.open-open.com/lib/view/open1342675735745.html 把用Python写好的脚本，可以用pyinstaller打包成.exe文件，方便发布，在其他电脑上脱离python语言环境而运行。1、要求： python3.5及以下版本，暂时 阅读全文
posted @ 2017-05-27 14:06 吴增丁 阅读(1591) 评论(0) 推荐(0)
GC偏好的校正与偏好程度的评估
摘要：在二代测序仪上测出的数据，通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性，称为GC bias。 GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确，通常需要做GC bias的校正。 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy 阅读全文
posted @ 2017-05-25 15:32 吴增丁 阅读(6576) 评论(0) 推荐(0)
荧光分子的dynamic quenching 和 通常说的quenching的区别？
摘要：quenching有两种，学术上分为dynamic quenching 和static quenching，我们通常说的quenching就是 static quenching。 static quenching是因为dye的化学结构发生变化，这个dye已经死掉了（通俗点）...... dynami 阅读全文
posted @ 2017-05-24 10:46 吴增丁 阅读(1277) 评论(0) 推荐(0)
NIPT需要多大的数据量（reads number）？
摘要：NIPT需要多大的数据量（reads number）？ 调研 2014 Noninvasive prenatal diagnosis of common aneuploidies by semiconductor sequencing 报道 Approximately 65.5% (3.6 mill 阅读全文
posted @ 2017-05-24 10:32 吴增丁 阅读(1682) 评论(0) 推荐(0)
python的pip 安装
摘要：python的pip 安装 python有很多好用的包，但是需要的时候一一安装实在是麻烦，还好有pip这么好用的安装工具。所以第一步是安装pip，然后其它软件都so easy！ 文章来源：https://packaging.python.org/installing/#id11 Requiremen 阅读全文
posted @ 2017-05-03 12:42 吴增丁 阅读(531) 评论(0) 推荐(0)
Python通过调用windows命令行处理sam文件
摘要：Python通过调用windows命令行处理sam文件 以samtools软件为例 一、下载或者索取得到windows版本的samtools软件，解压后如下： 进入文件内部，有如下几个文件： 二、将samtools设置环境变量： 上图是设置环境变量的窗口，建议在 系统变量里更改，这样即使变更用户名， 阅读全文
posted @ 2017-05-03 12:19 吴增丁 阅读(2559) 评论(0) 推荐(1)
Linux/Unix 指令使用说明的格式介绍（the Bash Command 'Usage' Syntax）
摘要：Linux/Unix 指令使用说明的格式介绍（the Bash Command 'Usage' Syntax） 摘自 金马的Blog 原文 http://www.lijinma.com/blog/2014/08/24/bash-command-usage-syntax/ 此片文章是对自己的一个提醒！ 阅读全文
posted @ 2017-05-03 12:14 吴增丁 阅读(773) 评论(0) 推荐(0)
SRAtoolkit软件的使用介绍
摘要：Using the SRA Toolkit to convert .sra files into other formats Sequence Read Archive Submissions Staff. What is the purpose of the SRA toolkit? How do 阅读全文
posted @ 2017-05-03 12:13 吴增丁 阅读(5318) 评论(0) 推荐(0)
文件格式——Sam&bam文件
摘要：Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是 阅读全文
posted @ 2017-05-03 11:38 吴增丁 阅读(15093) 评论(0) 推荐(0)
文件格式——fasta格式
摘要：fasta格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明（习惯常用">"作为起始） 阅读全文
posted @ 2017-05-03 11:37 吴增丁 阅读(3282) 评论(0) 推荐(0)
文件格式——gff格式
摘要：Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多软件都支持输入或者输出gff格式。前格式定义的最新版本是版本3。原始定义见SONG websitegff是存文本 阅读全文
posted @ 2017-05-03 11:36 吴增丁 阅读(3249) 评论(0) 推荐(0)
文件格式——fastq格式
摘要：fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'开始，后面跟着序列的描述信 阅读全文
posted @ 2017-05-03 11:36 吴增丁 阅读(2588) 评论(0) 推荐(0)