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摘要: Question: Given an array and a value, remove all instances of that value in place and return the new length. Do not allocate extra space for another a 阅读全文
posted @ 2017-07-16 17:35 于淼 阅读(127) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码说明 以上为所有氨基酸的编号,序列,与位点标记。根据标记为“1”的位点,截取窗口:如下(实验结果): 图示为一个窗口为12的蛋白质片段 2N+1=25; 实现代码: 注: ①更改#define N 12 可以任意改变要截取的窗口大小 ②positive12.txt为生成的正样本窗口,原本标记为“ 阅读全文
posted @ 2017-07-10 15:13 于淼 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码说明: sequence.txt与site.txt整合 如下图: sequence.txt: site.txt: 整理之后如下: 蛋白质序列中发生翻译后修饰的位置标记为“1”,其他的位置标记为“0” 代码如下: 注: ①在初始化字符数组的时候,空间要大于所读取文件最长的长度,否则会出现篡位的问题 阅读全文
posted @ 2017-07-09 15:49 于淼 阅读(279) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码说明: 由于一些原因(氨基酸序列过长),没有算出PSSM与SS,按照整理出来的未算出特征的文件,删除原来的蛋白质序列: 需删除的氨基酸文件732.txt(共732条氨基酸): 删除前 氨基酸共25103*2=50206列 删除后 氨基酸共50206-732*2=48742列 代码如下: 删除每条 阅读全文
posted @ 2017-07-09 11:40 于淼 阅读(255) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码说明: 使用单个蛋白质的txt计算PSSM生成的结果为单个的PSSM文件。 但是由于一些原因(如蛋白质序列过长),会导致一些蛋白质txt文件无法计算出pssm,为了找到这些没有计算出pssm的蛋白质序列,写出一下代码: 注: ①:isFile() public boolean isFile()测 阅读全文
posted @ 2017-07-08 12:04 于淼 阅读(328) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码说明: fasta格式的蛋白质序列,一个txt里面有很多蛋白质序列,计算ss、pssm或disorder score时候都需要单条计算,需要分开。 分割前: 分割后: show you the code: 阅读全文
posted @ 2017-07-04 19:49 于淼 阅读(691) 评论(5) 推荐(0) 编辑
摘要: 说明: ①Elm格式: PLMD ID Uniprot Accession Position Type Sequence Species PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号 位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1 O00115 52 Ubiquitination 阅读全文
posted @ 2017-07-04 16:43 于淼 阅读(415) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Question: Implement int sqrt(int x). Compute and return the square root of x. x is guaranteed to be a non-negative integer. Example 1: Example 2: Tips 阅读全文
posted @ 2017-07-04 09:49 于淼 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Question: Given a string s consists of upper/lower-case alphabets and empty space characters ' ', return the length of last word in the string. If the 阅读全文
posted @ 2017-07-03 11:52 于淼 阅读(117) 评论(3) 推荐(0) 编辑
摘要: Question: Leedcode提交代码:Runtime: 19 ms 完整可运行代码: 注: ①最开始使用一个String变量ans进行循环,导致每轮次ans之间混乱,加入curr变量,解决这个问题。 ② String与StringBuilder之间的区别: String:字符串常量 Stri 阅读全文
posted @ 2017-06-27 22:08 于淼 阅读(153) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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