随笔分类 -  software

• blast -m1
  摘要：当database是10个物种（A、B、C、E、F、G、H、J、I、K）时，进行all vs all 比对结果是： 此时reference是物种A的第一个基因：即用10个物种的genome中的所有基因比对物种A的基因1 eg：如下 1.Sequences producing significant 阅读全文
  posted @ 2019-08-07 18:17 YUANya 阅读(142) 评论(0) 推荐(0)
• workflow
  摘要：step1:grep data step2:build index Picard CreateSequenceDictionary creates .dict file and samtools faidx creates a .fai file. Both are needed for GATK 阅读全文
  posted @ 2019-07-23 19:49 YUANya 阅读(237) 评论(0) 推荐(0)
• Sam format
  摘要：reference：https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 （序列ID及长度） 参考序列名，这些参考序列决定了比对结果sort的顺序，SN是参考序列名；LN是参考序列长度；每个参考序列为一行。 阅读全文
  posted @ 2019-07-23 16:02 YUANya 阅读(522) 评论(0) 推荐(0)
• samtools faidx
  摘要：第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容； 第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp； 第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；gff文件中的mRNA start那一列的值 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 阅读全文
  posted @ 2019-07-23 11:18 YUANya 阅读(208) 评论(0) 推荐(0)
• bwa index|amb|ann|bwt|pac|sa
  摘要：其中： 参数-a用于指定建立索引的算法： bwtsw 适用于>10M is 适用于参考序列<2G (默认-a is) 可以不指定-a参数，bwa index会根据基因组大小来自动选择合适的索引方法 .amb is text file, to record appearance of N (or ot 阅读全文
  posted @ 2019-07-23 11:07 YUANya 阅读(758) 评论(0) 推荐(0)