02 2017 档案
k-SLAM:k-mer Sorted List Alignment and Metagenomics
摘要:k-SLAM 是基于大量高通量宏基因组序列数据分析的比对程序,它基于k-mer技术上在reads和序列之间进行比较,然后用Smith-Waterman算法验证。校准是连接在一起组成一个伪组装用来提高特异性。用LCA技术推断如何分类。从sam格式校准和输出文件中可以找出基因和突变。k-SLAM是快速高
阅读全文
De Bruijn序列
摘要:最近文章中经常出现及De Bruijin 这个关键字,网上搜索了一下,记录下来。 De Bruijn序列 (德布鲁因序列) 问题:能否构造一个长度为2的n次方的二进制环状串,使得二进制环状串中总共2的n次方个长为n的不同截断作为2的n次方个长为n的二进制串来说互不相同。1946年,荷兰数学家De B
阅读全文
字符串的旋转
摘要:字符串的旋转 例题:给定一个字符串,要求将字符串前面的若干个字符移动到字符串的尾部。比如:将字符串 “abcdef” 的前 3 个字符进行移动,得到“defabc”。写一个函数实现此功能 解法一:暴力移位法 初看此题,可能最先想到的方法是按照题目所要求的,把需要移动的字符一个一个地移动到字符串的尾部
阅读全文
METAGENOMIC SEQUENCING ANALYSIS WORKFLOW
摘要:Metagenomics is defined as the study of the metagenome, which is total genomic DNA from environmental samples. Metagenomics has long been one of the m
阅读全文
浙公网安备 33010602011771号