原生態

摘要： 前面所及的都是标准的残基，所以我们不用为非标准的残基创建的单元和提供我们自己的参数。这章我们将介绍一种方法对于非标准的残基。以含有铜离子的质体蓝素蛋白为例。需要作的是：1)铜离子由四个氨基酸帮定His37, Cys84, His87 和 Met92。我们将修饰这些氨基酸并提供新键类型的参数2)应该保留晶体本身的水分子。但是痒的位子应该被指定所以用Xleap来增加丢失的质子。所以在运行模拟前要进行最小化这些位置。3)不寻常的pdb文件含有显性的质子层。这种情况我们去除不能识别的质子并让leap来增加他们。4)质子化的蛋白有－9电荷，我们需要增加9个Na+抗性离子来中和这个系统。stage1 -- 阅读全文

摘要： Antechamber：能产生prmtop and inpcrd 文件用于蛋白－配体复合物的模拟。能解决以下问题：1.自动的识别键于原子；2.判断原子的平衡。3.产生残基拓扑恩文件。4.寻找丢失的力场参数。以Sustiva为例：1）为Sustiva创建参数和坐标文件：首先为从the RT-sustiva复合物中获取的Sustiva.pdb文件加氢：reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb为了与pdb文件的相一致，把文件中的"EFZ" 换为 "SUS"，产生sustiva_new.pdb文件。为了创建"mol2& 阅读全文

摘要： 1)载入VMD并设计初始化窗口运行VMD：>VMD2）载入PDB文件：命令：vmd *.pdb 或者通过‘molecule file browser’点击File>New Molecule然后选择browse并寻找*.pdb文件，选文件的类型为pdb,点击载入：3)改变画面：选择Graphics>Representations首先除去水：在selected atom 中输入all not water 并且点击应用，红点消失改变到cartoon:在Coloring Method中选择"Structure"，接下来从Drawing Method中选择Carto 阅读全文

摘要： (5)在带有周期性界限的显式的溶剂中运行最小化和MD：a.在poly(A)－poly(T)下平衡并运行MD注：理想的截断值在8－10埃，对于有周期边界的截断值不应小于8埃。最小化 1——溶质分子的固定（仅仅最小化水和离子）有两种方法："BELLY"和"positional restraints"，文章中应用的是后一种。建立输入文件：polyAT_wat_min1.inpolyA-polyT 10-mer: initial minimization solvent + ions &cntrl imin = 1, //IMIN = 1: Minimi 阅读全文

摘要： Simulating a DNA polyA-polyT Decamer1.用NAB创建DNA双螺旋并产生可用的文件(1)创建一个文件nuc.nab,写入：molecule m; m = fd_helix( "abdna", "aaaaaaaaaa", "dna" ); putpdb( "nuc.pdb", m, "-wwpdb");(2)运行这个文件：nab nuc.nab./a.out之后将产生一个nuc.pdb文件，这个文件是双螺旋结构模型。(3)将这个文件导入leap中：在终端输入xle 阅读全文

摘要： 在安装eclipse前首先看是否安装JDK，如果没有直接安装JDK再装eclipse，如果有JDK的话直接安装eclipse。注：我的电脑上没有安JDK1.安装JDK；（1）首先从官网上下载JDK文件；http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk-7u4-downloads-1591156.html下载的Linux x64 (64-bit)的jdk-7u4-linux-x64.rpm（2）安装JDK，在终端下输入rpm -ivh jdk-7u4-linux-x64.rpm(在当前目录下)；安装结束后在/usr/下会生成j 阅读全文

摘要： 在Ubuntu下RDkit 的安装1.到官网http://www.rdkit.org/下载 .tgz包。我下的是RDKit_2011_03_2.tgz（开始下了一个2012的，不好配置，所以没有安装上，从下了一个2011的版本）2.解压后放到一个目录下：我的在/home/wo/software中3.从“新立得”安装cmake,flex,bison,sqlite3,python_dev,pytohn_numpy软件包。4.也从“新立得”安装boost包，有boost-python,boost-thread,boost-regex.5.设置环境变量，在终端输入gedit ~/.bashrc 。写入 阅读全文

摘要： 首先到http://pypi.python.org/pypi/xlwt和http://pypi.python.org/pypi/xlrd下载xlwt-0.7.4.tar.gz和xlrd-0.7.7.tar.gz。第二把下载的两个.gz包解压，如我把它们解压到F：DOWNLOAD下。在win7下打开cmd,在命令行输入F：，切换到F盘，再cd DOWNLOAD\xlrd-0.7.7,最后 setup.py install.装完了。xlwt同理。应用（1）xlrdimport xlrdfilename = 'E:\lianxi\protein.xls'data = xlrd.ope 阅读全文