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摘要：amber中生成小分子模板amber, 小分子, 模板第一步：生成小分子模板 蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber 程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中附带的mopac完成，也可以由gaussian完成，这里介绍用gaussian计算的过程。 建议在计算前用sybyl软件将小分子预先优化，不要用gaussian优化，大基组从头计算进行几何优化花费的计算时间太长。ga 阅读全文

摘要：Amber111. 安装intel compilers 从intel官方网站上下载非商业版本的intel C++ compiler (icc) and intel fortran compiler (ifort) 当前的版本为2011.6.233,同时会获得一个非商业的licenses (one year available)，会发到你申请时填写的email中)。 下载地址：http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/解压，进入解压后的目录，进行安装：cd /home/soft/l_fcom 阅读全文

摘要：挂载硬盘报错无法挂载：# mount /dev/sdb1 /mnt/sdb1mount:wrong fs type, bad option, bad superblock on /dev/sdb1, missingcodepage or other error Insome cases useful info is found in syslog - try dmesg| tail or so解决方案：这种情况一般为superblock损坏的概率很大。superblock是什么？分区的第一块superblock位于分区的第二块block。如果分区的blocksize是1024，则superbl 阅读全文

摘要：origin是没有linux下版本的，但有一些软件可以代替origin作为数据处理及画图工具的，xmgr就不错，虽然只能画两维的图，但功能还是不错的，现在就其安装方法介绍如下：如果在redhat上没有安装xmgr的话，首先在http://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=libXp.so.6下载Red Hat Linux 5.0 for i386的XFree86-libs-3.3.1-14.i386.rpm包 安装：rpm -ivh XFree86 ＊.rpm 之后在ftp://plasma-gate.weizmann.ac.il/pub/ 阅读全文