R ggplot2 翻转坐标

摘要: p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy)) p + geom_boxplot() p + geom_boxplot() + coord_flip() 阅读全文
posted @ 2017-03-09 15:51 yangyzh 阅读(932) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R ggplot2 改变颜色

摘要: p<-ggplot(iris,aes(Petal.Length,Petal.Width,color=Species))+geom_point()cols=c("red","green","blue") scale_colour_manual和scale_fill_manual用法相同更改颜色和leg 阅读全文
posted @ 2017-03-08 21:56 yangyzh 阅读(900) 评论(0) 推荐(0) 编辑

SNP密度分布模式

摘要: 1. window=100k,step=2k 统计每个window的snp密度,然后用mixtools的normalmixEM(两个组分的混合模型)统计snp的分布模式。 R command: library(mixtools) SNPdensity=read.table("snp.density. 阅读全文
posted @ 2017-03-08 21:47 yangyzh 阅读(1053) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl 如何匹配ASCII码以及ASCII码转换

摘要: 匹配ASCII码: /[:ascii:]/ ASCII码转换为数字: ord() 数字转换为ASCII码: chr() 阅读全文
posted @ 2016-12-29 15:35 yangyzh 阅读(678) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何在window下查看文件的md5

摘要: 软件的话可以用Hash 不用软件,可以用window自带的命令行,首先在一个目录下按住Shift点击鼠标右键,调出CMD界面(或者直接win+R,cmd),命令行如下: certutil -hashfile file MD5 file可以给绝对路径,也可以给相对路径 阅读全文
posted @ 2016-11-29 12:52 yangyzh 阅读(6793) 评论(0) 推荐(2) 编辑

ABySS非root权限安装

摘要: 本文转自 http://yangl.net/2015/11/12/abyss_install/ ABySS: ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. T 阅读全文
posted @ 2016-11-29 11:03 yangyzh 阅读(1971) 评论(0) 推荐(1) 编辑

perl use FileHandle;打开多个文件

摘要: use FileHandle;my %fh; my @filehandlename=("A","B","C"); ##文件句柄的名字; for my $filehandlename (@filehandlename){ $fh{$filehandlename}=FileHandle->new("> 阅读全文
posted @ 2015-08-08 22:42 yangyzh 阅读(1227) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2>&1 linux

摘要: 2>&1使用2>&1使用一 相关知识1)默认地,标准的输入为键盘,但是也可以来自文件或管道(pipe |)。2)默认地,标准的输出为终端(terminal),但是也可以重定向到文件,管道或后引号(backquotes `)。3) 默认地,标准的错误输出到终端,但是也可以重定向到文件。4)标准的输入,输出和错误输出分别表示为STDIN,STDOUT,STDERR,也可以用0,1,2来表示。5)其实除了以上常用的3中文件描述符,还有3~9也可以作为文件描述符。3~9你可以认为是执行某个地方的文件描述符,常被用来作为临时的中间描述符。二 实例1)command 2> 阅读全文
posted @ 2013-10-12 11:31 yangyzh 阅读(21487) 评论(0) 推荐(2) 编辑

fastq-dump 报错 解决方案

摘要: 命令行:~/tools/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2-5-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-spot --gzip rhesus_b_heart.sra报错信息:2013-09-11T05:02:11 fastq-dump.2.3.2 err: name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'rhesus_b_heart.sra'解决方法:找不到rhesus_b_heart.sra,就 阅读全文
posted @ 2013-09-11 13:13 yangyzh 阅读(2092) 评论(0) 推荐(0) 编辑

sort -k 详解

摘要: 本原创文章属于《Linux大棚》博客,博客地址为http://roclinux.cn。文章作者为rocrocket。为了防止某些网站的恶性转载,特在每篇文章前加入此信息,还望读者体谅。===[正文开始]有时候学习脚本,你会发现sort命令后面跟了一堆类似-k1,2,或者-k1.2 -k3.4的东东,有些匪夷所思。今天,我们就来搞定它—-k选项!1 准备素材$ cat facebook.txtgoogle 110 5000baidu 100 5000guge 50 3000sohu 100 4500第一个域是公司名称,第二个域是公司人数,第三个域是员工平均工资。(除了公司名称,其他的别信,都瞎写 阅读全文
posted @ 2012-11-05 16:40 yangyzh 阅读(13118) 评论(0) 推荐(0) 编辑