2021年6月13日
GWAS全基因组关联分析
摘要： 作者：黄树嘉链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/59767114来源：知乎 来源：https://www.jianshu.com/p/acdc4a22e30a 作者：努力呗还能咋样呐 https://www.bilibili.com/read/cv6999299 出处：b 阅读全文
posted @ 2021-06-13 15:55 小秦同学在上学 阅读(5244) 评论(0) 推荐(0)
2021年6月2日
初学生信——FASTA与FASTQ
摘要： 一、测序质量值的意义 测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种，例如红黄蓝绿分别对于ATCG，因此，对于每个结果的判断都是一个概率的问题 Phred Quality Score：分段质量分数 Probability of incorrent base call：错误率 Base call 阅读全文
posted @ 2021-06-02 16:38 小秦同学在上学 阅读(1211) 评论(0) 推荐(0)
初学生信——Base-calling（碱基判读技术）
摘要： 参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/340449764 Base calling是一种算法（软件）：可以从row images（原始图像）里通过计算机视觉的方式识别碱基类型（DNA序列），将结果写到cal文件里，最后帮助我们生成测序报告和FastQ数据。 Base Flo 阅读全文
posted @ 2021-06-02 10:31 小秦同学在上学 阅读(2232) 评论(0) 推荐(0)
初学生信——双端测序原理
摘要： 参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/61963366 一、目的 讲解二代测序如何从很短的reads拼接为一个完整的基因组（双端测序，如何对 paired-end 进行拼接） 二、单端测序 测序中最简单的办法，只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的 阅读全文
posted @ 2021-06-02 10:00 小秦同学在上学 阅读(4082) 评论(0) 推荐(0)
2021年6月1日
初学生信——测序技术及其原理
摘要： 参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/190757472 二代测序 第二代高通量测序也称为下一代测序技术，相比于第一代测序通量更高、速度更快、成本更低，主要有样本制备、文库构建、测序反应等过程。 一、常用概念 泳池（flowcell）：如图所示，测序反应就发生在其上面 泳 阅读全文
posted @ 2021-06-01 19:48 小秦同学在上学 阅读(1741) 评论(0) 推荐(0)
初学生信——生物基本概念
摘要： 1、ORF：开放阅读框，开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。从起始密码子开始，到终止密码子结束。前面是5‘UTR， 后面是3’UTR，ORF一般是针对mRNA来说的。 mRNA由基因序列转录得来，一个基因可能有几条不同的转录本，因而对应的ORF也可能不同 阅读全文
posted @ 2021-06-01 11:12 小秦同学在上学 阅读(3131) 评论(1) 推荐(0)
2021年5月27日
Vim文本编辑器
摘要： Vim编辑器中设置了三种模式 1、命令模式：控制光标移动，可对文本进行复制、粘贴、删除和查找工作 2、输入模式：正常的文本录入 3、末行模式：保存或退出文档，以及设置编辑环境 a :光标在下一位 i:光标在当前位置 o:光标的下面再创建一行 在每次运行Vim编辑器时，默认进入命令模式，此时需要通过a 阅读全文
posted @ 2021-05-27 20:48 小秦同学在上学 阅读(82) 评论(0) 推荐(0)
配置主机名称
摘要： 为了便于在局域网中查找某台特定的主机，或者对主机进行区分，除了要有IP地址外，还要为主机配置一个主机名，主机之间可以通过类似域名的名称来相互访问。 在Linux系统中，主机名大多保存在/etc/hostname文件中，接下来将/etc/hostname文件的内容修改为“linuxprobe.com” 阅读全文
posted @ 2021-05-27 20:43 小秦同学在上学 阅读(202) 评论(0) 推荐(0)
编写shell脚本
摘要： shell脚本命令的工作方式有两种：交互式和批处理 交互式：用户输入一条命令就立即执行 批处理：由用户事先编写好一个完整的shell脚本，shell会一次性执行脚本中的诸多命令 shell脚本组成： 1、脚本声明：用来告诉系统使用哪一种shell命令解释器来执行该脚本 #！/bin/bash 2、注 阅读全文
posted @ 2021-05-27 20:42 小秦同学在上学 阅读(105) 评论(0) 推荐(0)
添加用户参数
摘要： Linux系统中，shell脚本语言内设了用于接收参数的变量，变量之间可以使用空格间隔； $0：对应的是当前shell脚本的名称 $#：对应的是总共几个参数 $*：对应的是所有位置的参数值 $?：对应的是显示上一次命令执行返回值 $1、$2、$3......则分别对应着第N个位置的参数值 阅读全文
posted @ 2021-05-27 20:41 小秦同学在上学 阅读(86) 评论(0) 推荐(0)