06 2017 档案

shell 字符串分割
摘要:语法1: substring=${string:start:len} string的下标从0开始,以start可是,截取len个字符,并赋值于substring 语法2:截取指定字符串 ${varible##*string}:从左向右截取最后一个string后的字符串 ${varible#strin 阅读全文

posted @ 2017-06-29 19:29 萧飞IDO 阅读(1031) 评论(0) 推荐(0)

somatic和germline突变有什么区别
摘要:Somatic突变是不遗传的,在研究方法上主要偏重采集癌症组织和正常组织进行比较得到结果(在Call Somatic mutations 的时候最好有同一个体的正常组织进行参照)从研究意义上来讲,Somatic更偏重于单个患者的癌症分型和发病机理的研究。相对比较省事儿。 Germ-line的muta 阅读全文

posted @ 2017-06-26 14:13 萧飞IDO 阅读(4139) 评论(0) 推荐(0)

freebayes - called variant软件
摘要:1,软件介绍 FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), ind 阅读全文

posted @ 2017-06-14 15:58 萧飞IDO 阅读(2522) 评论(0) 推荐(0)

NGS数据的Duplication
摘要:源自:http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html 一、Duplicated reads duplicates reads 是PCR对同一个分子进行多次镜像复制的结果。 判断是否为镜像分子的标准是:reads的起始和终止位置,起点和终点之间的碱基序列一 阅读全文

posted @ 2017-06-13 16:14 萧飞IDO 阅读(2095) 评论(0) 推荐(0)

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