萧飞IDO

摘要：samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。 在pileup格式中(没有-u或者-g参数) 阅读全文

摘要：转自：http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html，作者 讨厌bio的bio男 版权声明：转载时请以超链接形式标明文章原始出处和作者信息及本声明http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html 1 阅读全文

摘要：utadapt软件可以从高通量测序数据（fastaq文件）移除接头和低质量的序列。linux系统安装：用pip安装：pip install cutadapt（如果系统没有安装pip，会提醒你先安装pip)which cutadapt #查看安装路径cutadapt --help #查看使用说明和功能 阅读全文

摘要：由于文件名和路径名限制实际上是有文件系统有关系的，所以要用pathconf函数。或者用getconf命令.比如：$ getconf PATH_MAX /usr 1024$ getconf NAME_MAX /usr255 阅读全文

摘要：samtools view -bS test.sam > test.bam samtools sort test.bam -o test_sorted samtools index -b test_sorted.bam samtools tview test_sorted.bam ref.fa 阅读全文

摘要：做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：１．下载IGV软件 去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary 阅读全文

摘要：http://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline Running igvtools from the Command Line Running igvtools from the Command Line Dow 阅读全文

摘要：diff 命令是 linux上非常重要的工具，用于比较文件的内容，特别是比较两个版本不同的文件以找到改动的地方。diff在命令行中打印每一个行的改动。最新版本的diff还支持二进制文件。diff程序的输出被称为补丁 (patch)，因为Linux系统中还有一个patch程序，可以根据diff的输出将 阅读全文

摘要：os.path.abspath(path) #返回绝对路径 os.path.basename(path) #返回文件名 os.path.commonprefix(list) #返回list(多个路径)中，所有path共有的最长的路径。 os.path.dirname(path) #返回文件路径 os 阅读全文

摘要：Linux的普通用户在安装一些东西或者执行一些命令的时候，终端会提示权限不够。 1、添加用户，首先用adduser命令添加一个普通用户，命令如下： #adduser tommy //添加一个名为tommy的用户 #passwd tommy //修改密码 Changing password for u 阅读全文

摘要：在Linux终端上，使用CPAN模块自动安装 安装前需要先联上线，并且您需要取得root权限。 perl　-MCPAN　-e　shell 初次运行CPAN时需要做一些设置，如果您的机器是直接与internet相联（拨号上网、专线，etc.）， 那么一路回车就行了，只需要在最后选一个离您最近的CPAN 阅读全文

摘要：1 查看Linux版本信息 cat /etc/*release 2 查看Perl版本信息 2.1 $perl -version $perl -V for more detail 2.1 $perldoc perllocal 3 查看Python版本信息 python -V 阅读全文

摘要：1、vim 单文件中查找方法 正常模式下使用 / 或 ? 命令执行向后搜索或向前搜索 /love 从光标位置向前搜索关键词 love ?love 从光标位置向后搜索关键词 love 正常模式下使用 n 或 N 命令执行 向前查找 或 向后查找 下一个关键词 :set ic 忽略大小写命令，ic 为  阅读全文

摘要：1. 命令模式下（“ESC” + “：”） ：s/vivian/sky/ 替换当前行第一个 vivian 为 sky ：s/vivian/sky/g 替换当前行所有 vivian 为 sky ：n，$s/vivian/sky/ 替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一个 vivian 为 sky 阅读全文

摘要：源自：http://www.bbioo.com/lifesciences/40-114214-1.html 1. 基因数目预测的主流软件 GENSCAN就是一个经典的基因预测软件。1996年由MIT的Chris Burge开始编写这个软件程序。当时，Burge的许多同事主张采用比较的方法，他们随机选 阅读全文

摘要： 阅读全文