12 2016 档案

[Linux] mail 命令,进入邮箱及删除邮件
摘要:1. 命令行输入mail 2. 删除邮件 d 删除当前邮件,指针下移; d 1 删除标号为1的邮件; d 2-4 删除标号2到4的邮件; 3. 保存 q 退出mail命令平台,保存之前的操作,比如删除已用d删除的邮件,已阅读邮件会转存到当前用户家目录下的mbox文件中。如果在mbox中删除文件才会彻 阅读全文

posted @ 2016-12-29 18:50 萧飞IDO 阅读(2291) 评论(0) 推荐(1)

[linux] 默认权限修改(umask)
摘要:1 文件默认权限 对于目录,默认权限=777-umask 对于文件,默认权限=666-umask(文件默认无执行权限) 默认权限修改: 阅读全文

posted @ 2016-12-27 09:24 萧飞IDO 阅读(1403) 评论(0) 推荐(0)

[python] 创建临时文件-tempfile模块
摘要:This module generates temporary files and directories. It works on all supported platforms.In version 2.3 of Python, this module was overhauled重写 for 阅读全文

posted @ 2016-12-23 22:03 萧飞IDO 阅读(1384) 评论(0) 推荐(0)

[linux] 结构化命令-for
摘要:1 for命令 1.1 读取列表中的值 1.2 读取列表中复杂的值 1.3 从变量中读取列表 1.4 从命令读取值 1.5 更改字段分隔符 1.6 用通配符读取文件/目录 阅读全文

posted @ 2016-12-23 15:39 萧飞IDO 阅读(395) 评论(0) 推荐(0)

shell---变量自增
摘要:我所知道的,bash中,目前有五种方法:1. i=`expr $i + 1`;2. let i+=1;3. (( i++ ));4. i=$[ $i+1 ];5. i=$(( $i + 1 )) 阅读全文

posted @ 2016-12-23 14:19 萧飞IDO 阅读(212) 评论(0) 推荐(0)

理解soft-clipped reads
摘要:什么是soft-clipped reads 当基因组发生某一段的缺失,或转录组的剪接,在测序过程中,横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时,一条reads被切成两段,匹配到不同的区域,这样的reads叫做soft-clipped reads,这些reads对于鉴定染色体结构变异及外源序列整 阅读全文

posted @ 2016-12-22 21:28 萧飞IDO 阅读(1799) 评论(0) 推荐(0)

[Linux] 结构化命令 if
摘要:语法结构如下: 1. if-then语句 2. if-then-else语句 3. 嵌套if(elif) 4. test命令(单测试条件) 5. 复合条件测试 6. if-then高级特性 7. case命令 阅读全文

posted @ 2016-12-22 11:56 萧飞IDO 阅读(332) 评论(0) 推荐(0)

wget下载工具
摘要:转自于:http://www.jb51.net/LINUXjishu/86326.html 1、使用wget下载单个文件 2、使用wget -O 下载并以不同的文件名保存 3、使用wget -–limit-rate限速下载 4、使用wget -c 断点续传 5、使用wget -b 后台下载 6、伪装 阅读全文

posted @ 2016-12-19 19:46 萧飞IDO 阅读(671) 评论(0) 推荐(0)

GATK-BWA-MEM handle GRCh38 alternate contig mappings
摘要:1. For the Impatient # Download bwakit (or from <http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/> manually) wget -O- http://sourceforge.net/proj 阅读全文

posted @ 2016-12-19 18:29 萧飞IDO 阅读(1530) 评论(0) 推荐(0)

GATK使用说明-GRCh38(Genome Reference Consortium)(二)
摘要:Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don’t know alternate contig fr 阅读全文

posted @ 2016-12-19 13:58 萧飞IDO 阅读(3354) 评论(0) 推荐(0)

GATK使用说明(一)
摘要:1. 官方网址 https://software.broadinstitute.org/gatk/ 2. 下载Latest version: 3.7 3. FileZilla 上传至服务器,解压 tar jxvf GenomeAnalysisTK-3.6.tar.bz2 4. 测试是否安装成功 安装 阅读全文

posted @ 2016-12-16 21:55 萧飞IDO 阅读(800) 评论(0) 推荐(0)

[python] 线程池
摘要:特别感谢simomo 什么是线程池? 诸如web服务器、数据库服务器、文件服务器和邮件服务器等许多服务器应用都面向处理来自某些远程来源的大量短小的任务。构建服务器应用程序的一个过于简单的模型是:每当一个请求到达就创建一个新的服务对象,然后在新的服务对象中为请求服务。但当有大量请求并发访问时,服务器不 阅读全文

posted @ 2016-12-16 17:11 萧飞IDO 阅读(323) 评论(0) 推荐(0)

[python] 线程锁
摘要:参考:http://blog.csdn.net/kobeyan/article/details/44039831 1. 锁的概念 在python中,存在GIL,也就是全局解释器锁,能够保证同一时刻只有一个线程在运行,在这个方面可以认为是线程安全的,但是在线程运行的时候,是共享内存的,共享相同的数据信 阅读全文

posted @ 2016-12-16 16:51 萧飞IDO 阅读(476) 评论(0) 推荐(0)

[python] 线程简介
摘要:参考:http://www.cnblogs.com/aylin/p/5601969.html 我是搬运工,特别感谢张岩林老师! python 线程与进程简介 进程与线程的历史 我们都知道计算机是由硬件和软件组成的。硬件中的CPU是计算机的核心,它承担计算机的所有任务。 操作系统是运行在硬件之上的软件 阅读全文

posted @ 2016-12-15 22:59 萧飞IDO 阅读(260) 评论(0) 推荐(0)

[linux] 更改目录显示颜色
摘要:第一、创建配置文件 $dircolors -p>~/.dircolors 第二、编辑配置文件 打开文件: $vi ~/.dircolors 找到这一行: DIR 01;34 # directory #可用颜色: # 40=black 41=red 42=green 43=yellow 44=blue 45=magenta 46=cyan 47=white 第三、重新加载 $vi ~... 阅读全文

posted @ 2016-12-14 15:25 萧飞IDO 阅读(301) 评论(0) 推荐(0)

[python] 线程
摘要:来源:田飞雨 链接:http://www.jianshu.com/p/12cd213a93bf 虽然python中由于GIL的机制致使多线程不能利用机器多核的特性,但是多线程对于我们理解并发模型以及底层操作非常有用。 线程的有两种使用方法,一种是在函数使用,一种是放在类中使用。 1,在函数中使用多线 阅读全文

posted @ 2016-12-13 22:06 萧飞IDO 阅读(316) 评论(0) 推荐(0)

[linux] 线程和wait命令,sleep命令
摘要:在linux脚本编程中使用多线程编程,其中wait命令可以实现shell的多线程同步控制。 1. 启动后台子任务 在执行命令后加&操作符,表示将命令放在子shell中异步执行。可以达到多线程效果。如下, 2. wait命令 wait是用来阻塞当前进程的执行,直至指定的子进程执行结束后,才继续执行。使 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:37 萧飞IDO 阅读(2861) 评论(0) 推荐(0)

[R] 回归拟合
摘要:如下示例 Coefficients: 依次四个值是:Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)估值,标准误差,T值,P值其 中,我们可以直接通过P值与我们预设的0.05进行比较,来判定对应的解释变量的显著性(我们检验的原假设是,该系数是否显著为0,P<0.05则 拒绝原 阅读全文

posted @ 2016-12-10 20:06 萧飞IDO 阅读(910) 评论(0) 推荐(0)

[python] argparse — 命令行选项、参数和子命令的解析器
摘要:15.4. argparse — 命令行选项、参数和子命令的解析器 版本2.7 中新引入。 源代码: Lib/argparse.py argparse模块使得编写用户友好的命令行接口非常容易。程序只需定义好它要求的参数,然后argparse将负责如何从sys.argv中解析出这些参数。argpars 阅读全文

posted @ 2016-12-10 10:04 萧飞IDO 阅读(6607) 评论(0) 推荐(0)

[python] 类组合与聚合关系
摘要:类之间有多种关系,请大家看维基百科,类别图 下面主要介绍聚合(Aggregation)以及组合(Composition)。 聚合(aggregation):指的是整体与部分的关系。通常在定义一个整体类后,再去分析这个整体类的组成结构。从而找出一些组成类,该整体类和组成类之间就形成了聚合关系。需求描述 阅读全文

posted @ 2016-12-10 09:47 萧飞IDO 阅读(2451) 评论(0) 推荐(0)

[python] 伪私有属性,防止变量名冲突
摘要:原创:http://www.cnblogs.com/blackmatrix/p/5600830.html(致谢) 在Python中,没有类似 private 之类的关键字来声明私有方法或属性。 Python中要声明私有属性,需要在属性前加上双下划线(但是结尾处不能有双下划线),如:self.__a。 阅读全文

posted @ 2016-12-10 09:22 萧飞IDO 阅读(945) 评论(0) 推荐(0)

[vim] 配置文件之常用命令模式
摘要:用户目录下,vim配置文件编写:~/.vimrc;系统vim(针对root权限,该系统所有用户)配置文件:/etc/vimrc;生效:source ~/.vimrc set nocompatible " 关闭 vi 兼容模式 set number " 显示行号 set cursorline " 突出 阅读全文

posted @ 2016-12-09 11:31 萧飞IDO 阅读(338) 评论(0) 推荐(0)

[VIM] 编辑器---多行注释和取消注释及多行复制和黏贴
摘要:1. vim编辑器之模式简介 vim一般有4中模式: 正常模式 (Normal-mode) 插入模式 (Insert-mode) 命令模式 (Command-mode) 可视模式 (Visual-mode) 1.1 正常模式 正常模式一般用于浏览文件,也包括一些复制、粘贴、删除等操作。这时击键时,一 阅读全文

posted @ 2016-12-09 11:19 萧飞IDO 阅读(1011) 评论(0) 推荐(0)

[Visual Studio Code] 执行python
摘要:Visual Studio Code 作为一种IDE,实时执行python程序,对调试或理解执行步骤起到了很大的作用!因此,以下对此作一简单接受,希望广大园友提出宝贵意见! 1. 官方说明 http://code.visualstudio.com/docs/editor/tasks 2. 配置执行环 阅读全文

posted @ 2016-12-08 21:56 萧飞IDO 阅读(4677) 评论(0) 推荐(0)

[C] 编译器codeblocks安装注意
摘要:初学者,安装过程十分令人费解和困苦,现将安装过程注意事项做如下记录。 1. 下载 官方下载:http://www.codeblocks.org/downloads 注意,一定要下载和自己所有用的操作系统符合。 2. 安装 尽量不要安装在系统盘,否则会影响整个操作过程,主要是影响运行速度(当然,一般安 阅读全文

posted @ 2016-12-03 18:03 萧飞IDO 阅读(580) 评论(0) 推荐(0)

[windows] gcc编译器
摘要:gcc编译器能够支持c/c++的编译和运行,能够产生最终可执行文件(如test.exe) 1.官方下载地址 https://sourceforge.net https://sourceforge.net/projects/mingw/?source=typ_redirect 一定要下载该程序:min 阅读全文

posted @ 2016-12-02 23:23 萧飞IDO 阅读(196) 评论(0) 推荐(0)

[windos] 命令
摘要:1.改变磁盘 直接输出磁盘名字即可: D:\>f: F:\>dir 2.列出磁盘下的详细文件目录:dir命令 F:\>dir 驱动器 F 中的卷是 博士 卷的序列号是 CEE2-7ACB F:\ 的目录 2016/10/23 19:20 <DIR> 136套年终总结PPT模板 2016/08/16 阅读全文

posted @ 2016-12-02 23:01 萧飞IDO 阅读(163) 评论(0) 推荐(0)

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