萧飞IDO

摘要：1. 概述 软件版本号有四部分组成，第一部分为主版本号，第二部分为次版本号，第三部分为修订版本号，第四部分为日期版本号加希腊字母版本号，希腊字母版本号共有五种，分别为base、alpha、beta 、RC 、 release。 如1.6.2.20161128_alpha 注：上一级有改动时，下一级要 阅读全文

摘要：1. 在linux终端操作界面，按照如下的方式打开vim配置文件（~/.vimrc，该配置文件为个人账户的vim配置文件，不影响其用户） vim ~/.vimrc 2. 在配置文件的最后一行添加如下命令： hi comment ctermfg=2 3. 在vim配置文件中，注释信息颜色分类： 0 黑 阅读全文

摘要：Indel Calling相比于SNP Calling的难度要大一些，因为由于这种插入-缺失的存在，本身就很容易干扰排序，这种干扰会导致Indel周围出现很多假阳性的SNP，而且会影响Indel本身的准确性。理论上来说，检测Indel的最好方式就是做de novo assembly，然后比较de n 阅读全文

摘要：常用的比对软件列表 软件 发表年代 PMID SOAP 2008 18227114 Maq 2008 18714091 BWA 2009 19451168 Bowtie 2009 19261174 NovoAlign 2009 Subread 2013 23558742 阅读全文

摘要：santools可以作为文本查看工具，查看比对结果文件，下面做一简单介绍： 1. 通过BWA比对获取sam比对文件，也可以将fastq文件转化为bam/sam文件； 2. 转换sam文件为bam文件，samtools view -bS seq.sam > seq.bam 3. 对bam文件进行排序， 阅读全文

摘要：一、异常对象 类异常支持异常的层次结构：超类变成分类名称，而子类变成这个分类中特定种类的异常。except字句列出一个通用的异常超类，就可捕捉整个分类中的各种异常：任何特定的子类都可匹配。 注意： ①必须继承内置异常超类或内置异常子类，就像object一样： 内置Exception类： BaseEx 阅读全文

摘要：运算符重载是指在类方法中拦截内置操作-当类的实例出现在内置操作中，python自动调用你定制的方法，并且你的方法的返回值变成了相应操作结果。 常见的运算符重载方法 方法 重载 __init__ 构造函数 __del__ 析构函数 __add__ 运算符+ __or__ 运算符| __repr__，_ 阅读全文

摘要：getwd() 显示当前工作目录 setwd("mydirectory") 修改当前工作目录为mydirectory ls() 列出当前工作空间中的对象 rm(obj) 删除一个或多个对象 help(options) 显示可用选项的说明 options() 显示或设置当前选项 history(#) 阅读全文

摘要：help.start() 打开帮助文档首页 help("func")或?func 查看函数func的帮助文档 help.search("func")或??func 以func为关键字搜索本地帮助文档 example("func") 函数func的使用示例 RSiteSearch("func") 以f 阅读全文

摘要：1. class语句创建类 class()语句是对象的创建者并且是一个隐含的赋值运算-执行时，它会创建对象，并把引用值存储在前面所使用的变量名，这一点和函数def语句一样，语法定义如下。 注：在类中，所有顶层的赋值语句，一般都可以看作是类的属性，可以供所有由给类创建的实例所共享。类和实例都有着自己的 阅读全文

摘要：装饰器本质上是一个python函数，它可以让其它函数在不需要做任何代码变动的前提下增加额外的功能，装饰器的返回值也是一个函数对象。装饰器主要用于插入日志、性能测试、事务处理、缓存及权限校验等，解决代码重复使用。值得注意的是，内层函数保留（记忆）了外层函数的（参数）状态。 一、装饰器创建 装饰器的语法 阅读全文