随笔分类 -  生物学知识基础

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PGPR
摘要：PGPR 是植物根际促生菌（Plant Growth Promoting Rhizobacteria）的缩写。它们是一类自由生活在土壤或附生于植物根系的有益菌类，能够促进植物生长及其对矿质营养的吸收和利用，并能抑制有害生物 阅读全文
posted @ 2023-09-02 09:56 王哲MGG_AI 阅读(99) 评论(0) 推荐(0)
Shannon多样性指数与α多样性指数有什么区别
摘要：Shannon多样性指数是一种常用的衡量生物多样性的指标，它综合了物种丰富度（species richness）和物种均匀度（species evenness）两个方面的信息，反映了一个群落中物种的多样性和相对重要性。​ 其中，S是物种数，pi​是第i个物种的相对丰度，即该物种的个体数占总个体数的比 阅读全文
posted @ 2023-08-23 17:44 王哲MGG_AI 阅读(2711) 评论(0) 推荐(0)
一个影响因子高的专业植物类文献通常包含以下关键要点
摘要：一个影响因子高的专业植物类文献通常包含以下关键要点，这些要点有助于确保研究的质量和重要性： 题目和摘要：文献的题目应该简明扼要地概括研究内容，摘要则提供了对研究问题、方法、结果和结论的概述。这两者都应该能够吸引读者的兴趣。 引言：引言部分应明确阐述研究的背景和动机，提出研究问题或假设，并讨论相关文献 阅读全文
posted @ 2023-08-21 20:53 王哲MGG_AI 阅读(37) 评论(0) 推荐(0)
PCoA的局限性
摘要：PCoA（主坐标分析）图是一种常用的多元统计分析方法，用于展示样本之间的相似性或差异性。然而，它也有一些局限性： 定性分析：PCoA图只能提供定性的分析结果，无法提供定量的差异程度。因此，在分析PCoA图时，我们只能大致了解样本之间的相似性或差异性，而无法精确计算差异程度。 数据预处理：在进行PCo 阅读全文
posted @ 2023-07-12 16:13 王哲MGG_AI 阅读(245) 评论(0) 推荐(0)
玉米的生长发育V1、V2、V4、V6、V10、V12时期分别对应着生长发育的第几周
摘要：玉米的生长发育周期通常与V1、V2、V4、V6、V10和V12等标志性生长期相关联。这些“V”代表不同的可见生长点（或叫叶片发育阶段），其对应的生长时间如下所示： V1：一片真叶展开，生长时间为3-4周。 V2：两片真叶展开，生长时间为3-4周。 V4：四片真叶展开（包括两片颖叶），生长时间为3-4 阅读全文
posted @ 2023-05-16 21:48 王哲MGG_AI 阅读(3611) 评论(0) 推荐(0)
门纲目科属种的英文单词
摘要：以下是生物分类中常见的层级单位（从高到低）的英文单词： 门 (Phylum) 纲 (Class) 目 (Order) 科 (Family) 属 (Genus) 种 (Species) 对应的英文单词如下： Phylum Class Order Family Genus Species 请注意，这些单 阅读全文
posted @ 2023-05-16 21:22 王哲MGG_AI 阅读(1056) 评论(0) 推荐(0)
CP和CA
摘要：CP和CA是对玉米根际土壤样品的处理方式的简称。 CP代表常规处理（Conventional Practice），指的是采集土壤样品时，按照传统的农业管理方法进行处理的样品。这种处理方式可以是农田中通常采取的管理措施，包括施用化肥、农药、灌溉等常规农业操作。 CA代表保护性耕作（Conservati 阅读全文
posted @ 2023-05-15 17:23 王哲MGG_AI 阅读(335) 评论(0) 推荐(0)
reads、contigs、k-mer之间的区别
摘要："Reads"（序列）是指从DNA测序技术中得到的短片段DNA序列。通常这些序列长度较短，可能只有几百个碱基对长。 "Contigs"（连读）是通过将读取序列拼接在一起来形成更长的序列。Contigs相对较长，可能达到数千个碱基对长，但它们可能仍然缺少一些重要的信息，例如重复序列或缺失区域。 "k- 阅读全文
posted @ 2023-05-11 21:02 王哲MGG_AI 阅读(827) 评论(0) 推荐(0)
转录组
摘要：转录组是指一个生物体内所有基因在特定时期和特定组织或细胞类型中表达出的所有信使RNA (mRNA) 的集合。换句话说，转录组是一个生物体内所有基因的转录产物总和。 转录组分析一般通过测量mRNA的水平来实现，通常使用高通量测序技术如RNA-Seq，以了解哪些基因在特定条件下被激活或抑制，并提供有关生 阅读全文
posted @ 2023-05-11 20:37 王哲MGG_AI 阅读(279) 评论(0) 推荐(0)
如何将DNA序列输入到神经网络中
摘要：dna序列是由四个不同的核苷酸（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤和鳙嘌呤）组成的字符串，在神经网络中输入dna序列通常需要进行编码转换。以下是一些将dna序列输入到神经网络的方法： one-hot编码: one-hot编码是将dna序列中每个核苷酸表示成一个固定长度为4的二进制序列。例如： a: [1, 0, 阅读全文
posted @ 2023-04-18 21:15 王哲MGG_AI 阅读(970) 评论(0) 推荐(0)
k-mer
摘要：k-mer是一种用于描述序列数据的概念。在生物信息学中，k-mer通常指的是长度为k的连续子序列。例如，在dna序列中，4-mer（k=4）是四个连续的碱基；在蛋白质序列中，3-mer（k=3）是三个相邻的氨基酸。 k-mer在基因组学、转录组学和蛋白质组学等领域中广泛使用。它们可以用于许多任务，例 阅读全文
posted @ 2023-04-18 19:51 王哲MGG_AI 阅读(275) 评论(0) 推荐(0)
从头分箱策略
摘要：这句话中的“从头分箱策略（de novo binning）”是指一种用于组装大型基因组序列的方法。 在宏基因组学研究中，从环境或生态系统中收集样本，然后对其中的微生物进行dna提取、测序和拼接，以了解微生物多样性、功能等信息。由于在大多数情况下，该样品中所含有的微生物可能是未知、未描述或难以根据序列 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:31 王哲MGG_AI 阅读(51) 评论(0) 推荐(0)
假阳性与假阴性
摘要：假阳性（false positive）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“有某种物质”、“某种情况存在”等，而事实上并不存在该物质或情况的情况。例如，在进行病毒检测时，病毒检测呈现了阳性结果，但事实上患者并未感染病毒。 假阴性（false negative）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“没 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:26 王哲MGG_AI 阅读(238) 评论(0) 推荐(0)

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