12 2018 档案

摘要:一、DOM写XML文件 结果如下: 二、DOM解析XML文件 阅读全文
posted @ 2018-12-31 15:01 wangshicheng 阅读(2217) 评论(0) 推荐(0)
摘要:回到顶部 一、特性(property) 1 什么是特性property property是一种特殊的属性,访问它时会执行一段功能(函数)然后返回值 注意:此时的特性arear和perimeter不能被赋值 2 为什么要用property 将一个类的函数定义成特性以后,对象再去使用的时候obj.nam 阅读全文
posted @ 2018-12-31 14:42 wangshicheng 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)
摘要:os.path模块主要用于文件的属性获取,在编程中经常用到,以下是该模块的几种常用方法。更多的方法可以去查看官方文档:http://docs.python.org/library/os.path.html 1.os.path.abspath(path) 返回path规范化的绝对路径。 >>> os. 阅读全文
posted @ 2018-12-29 15:16 wangshicheng 阅读(177) 评论(0) 推荐(0)
摘要:Python中有ConfigParser类,可以很方便的从配置文件中读取数据(如DB的配置,路径的配置),所以可以自己写一个函数,实现读取config配置。 config文件的写法比较简单,[section]下配置key=value,一下是例子:db.conf 接着写一个读取config的方法模块 阅读全文
posted @ 2018-12-29 14:51 wangshicheng 阅读(17340) 评论(1) 推荐(0)
摘要:明天的任务 阅读全文
posted @ 2018-12-27 16:34 wangshicheng 阅读(113) 评论(0) 推荐(0)
摘要:今天晚上的任务 阅读全文
posted @ 2018-12-27 16:34 wangshicheng 阅读(272) 评论(0) 推荐(0)
摘要:1.代码: 阅读全文
posted @ 2018-12-27 12:59 wangshicheng 阅读(302) 评论(0) 推荐(0)
摘要:# -*- coding: utf-8 -*- import os import sys import urllib.request import requests import re from lxml import etree def StringListSave(save_path, filename, slist): if not os.path.exists(save_pa... 阅读全文
posted @ 2018-12-27 12:58 wangshicheng 阅读(262) 评论(0) 推荐(0)
摘要:Python异常类 Python是面向对象语言,所以程序抛出的异常也是类。常见的Python异常有以下几个 ,大家只要大致扫一眼,有个映像,等到编程的时候,相信大家肯定会不只一次跟他们照面(除非你不用Python了)。 阅读全文
posted @ 2018-12-17 13:25 wangshicheng 阅读(715) 评论(0) 推荐(0)
摘要:原文:https://blog.csdn.net/HHTNAN/article/details/77164198 python 字典操作提取key,value dictionaryName[key] = value欢迎加入Python快速进阶QQ群:8673001001.为字典增加一项 2.访问字典 阅读全文
posted @ 2018-12-17 13:13 wangshicheng 阅读(42000) 评论(0) 推荐(0)
摘要:描述 Python 字典(Dictionary) values() 函数以列表返回字典中的所有值。 语法 values()方法语法: 参数 NA。 返回值 返回字典中的所有值。 实例 以下实例展示了 values()函数的使用方法: 以上实例输出结果为: 阅读全文
posted @ 2018-12-17 13:09 wangshicheng 阅读(1485) 评论(0) 推荐(0)
摘要:一、Python OS模块介绍 OS模块简单的来说它是一个Python的系统编程的操作模块,可以处理文件和目录这些我们日常手动需要做的操作。 可以查看OS模块的帮助文档: >>> import os #导入os模块 >>> help(os) #查看os模块帮助文档,里面详细的模块相关函数和使用方法 阅读全文
posted @ 2018-12-17 13:00 wangshicheng 阅读(582) 评论(0) 推荐(0)
摘要:前言 这两天整理数据文件的时候发现,一层层的点击文件夹查看很繁琐,于是想写一个工具来递归打印出文件目录的树形结构,网上找了一些资料几乎都是使用的os.walk, 调试了以后发现返回的貌似的是一个“生成器”,只需要for循环即可,可是这样得到的好像是BFS的结构,并不是我想要的树形结构,最后终于发现了 阅读全文
posted @ 2018-12-17 11:48 wangshicheng 阅读(4771) 评论(0) 推荐(0)
摘要:注释以 <!-- 开始并以 --> 结束,例如 <!--注释内容-->。 注释可以出现在文档序言中,包括文档类型定义 (DTD);文档之后;或文本内容中。 注释不能出现在属性值中。 不能出现在标记中。 分析器在遇到 > 时,就认为注释已结束;然后继续将文档作为正常的 XML 处理。 因此,字符串 > 阅读全文
posted @ 2018-12-17 10:42 wangshicheng 阅读(10155) 评论(0) 推荐(1)
摘要:一、想要查看ubuntu中安装的python路径 方法一:whereis python 方法二:which python 二、想要查看ubuntu中安装的python版本号 python 阅读全文
posted @ 2018-12-15 18:13 wangshicheng 阅读(8014) 评论(0) 推荐(0)
摘要:[protocol]GO enrichment analysis <!-- 正文开始 --> 背景: 什么是富集分析,自己可以百度。我到目前也没发现一个比较通俗易懂的介绍。直接理解为一种统计学方法就可以了。 用于查看显著性。 富集分析有很多种,最常见的是GO富集分析。也有pathway富集分析。[p 阅读全文
posted @ 2018-12-15 17:04 wangshicheng 阅读(1746) 评论(0) 推荐(0)
摘要:GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护。PAN 阅读全文
posted @ 2018-12-15 16:52 wangshicheng 阅读(17375) 评论(1) 推荐(0)
摘要:转载:http://feilong.me/2011/01/talk-about-Python-web-framework 说到Web Framework,Ruby的世界Rails一统江湖,而Python则是一个百花齐放的世界,各种micro-framework、framework不可胜数,不完全列表 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:30 wangshicheng 阅读(262) 评论(0) 推荐(0)
摘要:我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍: Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:16 wangshicheng 阅读(11075) 评论(0) 推荐(0)
摘要:Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析,得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。在芯片的数据分析中,研究者可 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:15 wangshicheng 阅读(13282) 评论(0) 推荐(0)
摘要:GOOSE 现已弃用 经过多年的服务,GOOSE接口和支持它的MySQL数据现已弃用 。 在我们进行替换的同时,我们建议寻找一般查询功能的用户在http://rdf.geneontology.org上使用我们的公共RDF端点。 为了帮助理解图形存储的内容,我们提供了一些示例查询和初始文档 。 GOO 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:59 wangshicheng 阅读(2204) 评论(0) 推荐(0)
摘要:GO数据库的信息是非常庞大的,为了有效的检索和浏览GO数据库的信息,官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览,查询和下载对应信息,官网如下 http://amigo.geneontology.org/amigo/landing Broswer功能,采用树状结构,提供了GO的层级分类信息,示意图如下 鼠 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:55 wangshicheng 阅读(9444) 评论(0) 推荐(0)
摘要:1. GO slim简介 GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the o 阅读全文
posted @ 2018-12-14 16:47 wangshicheng 阅读(1511) 评论(0) 推荐(0)
摘要:Overview The following page documents the relations used in the filtered GO ontology. For information on how relations are represented in OBO format, 阅读全文
posted @ 2018-12-14 16:42 wangshicheng 阅读(277) 评论(0) 推荐(0)
摘要:gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontolog 阅读全文
posted @ 2018-12-12 13:59 wangshicheng 阅读(3398) 评论(0) 推荐(0)
摘要:该文件每一行都是一个键值对,基本格式为: 键: 值!注释总体结构: 文件头 !包含若干行总体说明 词条1 ![词条类型]占第一行,后跟若干行说明 词条2 !不同的词条可用于描述同一对象的不同方面 . . . !中间可以有若干空白行 !OBO文件中可以在任意地方插入注释,其注释以'!'开头文件头: f 阅读全文
posted @ 2018-12-12 11:36 wangshicheng 阅读(1405) 评论(0) 推荐(1)
摘要:1.首先你应该在本地安装wingide 6.1版本 2.大多数电脑.py文件都不能以wingide的形式打开(异常苦逼),无论是从“属性”或者是“设置”里面都不可以,无奈之下只能通过修改注册表的方式进行 这样,.py 的文件打开格式就变成了wingide的格式 3.通过ftp,找到需要编辑的.py文 阅读全文
posted @ 2018-12-08 17:17 wangshicheng 阅读(663) 评论(0) 推荐(0)
摘要:这是一篇的数据的分析的典型案列,本人也是经历一次从无到有的过程,倍感珍惜,所以将其详细的记录下来,用来帮助后来者快速入门,,希望你能看到最后! 需求:对obo文件进行解析,输出为json字典格式 数据的格式如下: 我们设定 一个trem or typedef为一条标签,一行为一条记录或者是键值对,以 阅读全文
posted @ 2018-12-08 00:53 wangshicheng 阅读(8139) 评论(0) 推荐(0)