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posted @ 2019-07-02 16:49
wangshicheng
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这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理，并补充了一些没有提到的重要参数，希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expression network analysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式 阅读全文
posted @ 2019-07-02 16:36
wangshicheng
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所有的基因都会呈现时间和空间的关系！ 编码区是细胞DNA的一部分，我们知道，基因分为：编码区，非编码区。编码区是指能够转录信使RNA的部分，它能够合成相应的蛋白质，而非编码区是不能够转录信使RNA的DNA结构。但是它能够调控遗传信息的表达。 真核生物的基因组成是编码区和非编码区,其中编码区是由外显子 阅读全文
posted @ 2019-07-02 15:34
wangshicheng
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本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD …即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称*. 阅读全文
posted @ 2019-07-02 15:01
wangshicheng
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基因表达分析包括3个层次[68], 首先是单基因水平, 即比较对照组与实验组的每个基因是否存在表达差异, 这主要指差异基因表达分析; 其次是多基因水平, 如按照基因的共同功能、相互作用、共同表达等进行的聚类分析; 最后是系统水平, 即以基因网络形式解释和理解生命现象. 在生物体系中, 基因从来不是单 阅读全文
posted @ 2019-07-02 14:12
wangshicheng
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基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库， 大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在 特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱 阅读全文
posted @ 2019-07-02 14:04
wangshicheng
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