Super的博客

摘要： 1、VASP4.6 是量子化学计算的一个商业软件，这里是源码包。来自奥地利。这个软件也可用在物理系，做分子动力学等分析。 2、首先声明一点：VASP4.6无法在Intel Fortran Compiler 8系列上编译通过。会报一个fortcom的内部错误，这是编译器的bug。 3、VASP建议在Intel Fortran Compiler V7上编译，由于手上没有这个版本，所以，只好拿了一个最新的Intel Fortran Compiler 9.0来测试（装完编译器后记得source ifortvars.sh和写一个简单的f90程序来测试一下）。 4、首先tar开两个包，自然先装vasp.4 阅读全文

摘要： SilverStorm的Infiniband的设备支持两种通讯协议：一种是IB Native，在MPICH编译的时候，体现在configure的时候，指定device=vapi；一种是IP over IB的方式，这种在MPICH编译的时候，device就是以太网了，因为上面跑的就是IP和TCP这些东西。 所以，很显然的是，使用IB Native方式的通讯方式，Infiniband的性能才能得到发挥，否则无法发挥出来。也就是说，所有的并行应用，如果用IP over IB方式的MPICH，那么肯定都是可以跑的（不用MPICH的应用不谈，要具体问题具体分析），但性能肯定要打折扣；用IB native 阅读全文

摘要： 首先是编译器，这个不多说了，谁都知道。 更重要的是Intel的数学库，称为Math Kernel Library－MKL 还有，Intel有一套Cluster Tools，里面包含了Cluster MKL、ITC、ITA、Intel MPI等。 我们都知道，高性能计算大多用于工程计算，目前的工程计算主要需要这样几个东西：FFT（快速傅立叶变换）、LAPACK（线性代数Package）、BLAS（基础线性代数函数库）、SCAPACK（高扩展的LAPACK，主要用于分布式内存体系结构，也就是Cluster结构的并行化的LAPACK）。这些东西都有免费的开源实现，如FFTW（MIT做的FFT）、LA 阅读全文

摘要： 机器只有一台，有两个CPU，各为Dual Core的2.8G的Nocona 测试操作系统为RedHat Enterprise Linux AS3 Update 3，一定要用这个版本，试了其他版本，都有问题！x86_64的版本普遍有一个编译gromacs时链接libX11.so(-lX11)不兼容的问题，目前还不知道如何解决！ 编译器就用了一个Intel Fortran Compiler 9 Build 021版本，因为只有Intel 9系列的编译器才能发挥dual core的威力。没用Intel的C Compiler，不知道用了之后会不会更好。 FFT还是用的FFTW2.1.3，因为不知道如何 阅读全文

摘要： 这是32位程序在64位系统中运行经常碰到的问题，解决办法很简单，安装ia32-lib等包即可：sudo apt-get install ia32-libs ia32-libs-gtk 阅读全文

摘要： 进入每个源码目录，例如pjlib、pjlib-util、pjsip、pjmedia等，运行命令：doxygen docs/doxygen.cfg这样就在docs目录下有一个html和latex的目录，就可以看到生成的文档了。省的去pjsip的网站上查文档了。 阅读全文

摘要： 在Intel的LAB配置安腾集群的NIS，由于这个集群和Xeon的集群在一个网段内，连在一个交换机上，所以，可能是Xeon集群的NIS配置影响了安腾集群（尽管两个NIS DOMAIN不一样），安腾集群上某个节点死活找不到NIS Server。 这个可以通过配置/etc/yp.conf文件，手动指定domain server的hostname来解决，这样，ypbind不用去broadcast查找domain server，直接就连过去了。 阅读全文

摘要： 如果我们的并行程序使用了MPI定义的I/O函数的话（在MPICH中是ROMIO这个库），那么，我们在配置NFS的时候是有一些特殊的地方的： 1、要求NFS的版本至少是3 2、要求nfslock这个service一定要打开 3、要求从节点在/etc/fstab文件中定义mount主节点的NFS的目录的时候，option一栏不能填defaults，至少要将 noac（no attribute cache）这个option配上（该配置不允许NFS缓存文件的属性，虽然noac会降低一些性能，但是它能保证在有多个NFS client读写文件的时候，都能正确读写数据）。 长见识啊！这里还有篇参考文档，这个 阅读全文

摘要： PVFS2 1.4.0说实在话，做的很不错，起码在安装配置这方面很简单－无需重新编译kernel，安装手册也写的很不错，安装很顺利，所以，不再赘述了，直接参考这篇Quick Start，很详细：很简单的将安装步骤说一下（我的集群四个节点，每个节点四个Core Xeon LV，主机名是compute1 --- compute4，compute1做管理节点，所以做pvfs 的matadata server，不做I/O Server，其他三个节点做I/O server） 然后就是做性能测试了，性能测试我做了两个，一个是将compute1上面的一个2.2G的文件拷贝到pvfs的目录下（/mnt/pvf 阅读全文

摘要： 1、MPICH2 1.0.3中之所以出现了mpd这样的东西，MPICH的开发者声称这是将mpi程序的通讯和计算分开。在MPICH1中，我们直接用mpirun来执行 一个任务，此时，要先用rsh这些东西通讯，然后再启动进程，对出错调试、程序启动速度等都有影响。所以，在MPICH2中，将通讯这部分单独做出来，那 就是mpd了，而且用Python书写，简单易懂，从而解决上面的问题。 2、MPICH2推荐用mpiexec来执行任务而不是mpirun，因为的确，mpiexec相比mpirun，有了很多实用的feature，比如： mpiexec -n 1 -host loginnode master : 阅读全文