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programmainparameter(Iout=12)real*8Tim0,CPUTimopen(Iout,file='file.out')Tim0=CPUTim(0)!ini.CPUtimeCpartforcalc.CPUtimeherecallPrtTim(Iout,Tim0)endSubroutinePrtTim(IOut,RefTim)ImplicitReal*8(A-H,O-Z)CCPrintouttotalTimeusedbythejob.C1000Format('Jobcputime:',I3,'days',I2,'ho 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:57
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HPL Tuning After having built the executable hpl/bin/<arch>/xhpl, one may want to modify the input data file HPL.dat. This file should reside in the same directory as the executable hpl/bin/<arch>/xhpl. An example HPL.dat file is provided by default. This file contains information about 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:55
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HPL Frequently Asked Questions What problem size N should I run ? What block size NB should I use ? What process grid ratio P x Q should I use ? What about the one processor case ? Why so many options in HPL.dat ? Can HPL be outperformed ? ------------------------------------------------------------ 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:54
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1、if语句后面的条件表达式一定要用（）括 起来，如 if ( salary < 1000 ) then if ( (salary >= 1000) .AND. ( salary <= 5000) ) then 没有括号的话编译会产生错误 2、if－else if从句不用end if语句。也就是说，虽然if－else if 这个从句中含有两个if判断，但在最后条件判断结束后，只需要写 一个end if就OK了，不用写多个，如： if ( salary < 1000 ) then ! do something else if ( salary > 5000) the 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:52
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MPI_Bcast － Broadcast a message from the process with rank "root" to all other processes of the group int MPI_Bcast(void *buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int root, MPI_Comm comm) 整个函数的收发过程是这样，如果要发送一个广播信息，那么将root这个参数填成该进程的id号即可完成发送，在其他进程如果要接收的话，也是用这个函数，此时进程会检查root参数和自身的进程ID号，如果发现自 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:52
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Fortran程序在gdb下的调试，默认情况下是不可以的，这里面有一些技巧 如果是Fortran77的程序，使用g77编译，g77 -g -o hello hello.f，然后使用gdb hello，开启gdb调试界面，此时输入l是无法列出代码的，因为在调试fortran的时候，要手动指定function或subroutine或program的名字，所以这里要输入 l MAIN__ （MAIN必须大写，后面跟两个下划线），此时就可以列出program main下的代码了，使用break，run，continue这些命令就可以了！如果要调试一个subroutine或function，同理按照这样 阅读全文
posted @ 2011-05-04 15:51
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./MPI程序名-p4pg 文件名[MPI程序参数] 这种方式可以精确控制在每台结点机上启动的MPI 进程数与进程序号，并且允许在不同结点机 上启动不同的可执行文件(适用于Master/Slave 模式的并行程序)。文件文件名中按下列格式列 出各结点机上启动的程序名: 结点机名1 0 可执行文件名1 结点机名2 1 可执行文件名2 结点机名3 1 可执行文件名3 ... ... 结点机名n 1 可执行文件名n 其中结点机名1 必须是运行该命令时所在的结点机, 可执行文件名1 必须与命令行上的MPI程序名 为同一文件。所有可执行文件名必须使用绝对路径(如/home/zlb/test/cpi)。通 阅读全文
posted @ 2011-05-04 14:01
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评估和测试PC的性能有BenchMark，而对高性能计算系统而言，其评估和测试的 BenchMark是什么呢？ 计算机的性能评估与测试就是我们通常所说的BenchMark，普通的计算机用户对于 BenchMark并不陌生。相比较而言，HPC的性能评估与测试要复杂得多，需要加上专 家的知识才能真正地对一个系统进行客观、公正的综合评价。 随着HPC系统的逐渐普及、体系结构的统一和并行程序设计环境的标准化，已经有 几个经过多年开发和改进的Benchmark软件包逐渐获得厂商、用户和研究者的认可， 这些软件包或测试程序是Linpack测试、NAS Parallel Benchmark、SPEC HPC 阅读全文
posted @ 2011-05-04 14:00
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比如C的代码（文件名：test.c）如下（注意C源代码里不能有main函数，编译时也一定要加-c开关）：#include<stdio.h>#definesub1sub1_voidsub1(int*num){printf("%d\n",*num);}Fortran的代码（文件名：testf.f）如下（Fortran调用C的sub1函数）：programmainimplicitnoneintegeraa=10callsub1(a)end这样就OK了！编译的时候，这样操作：g77-ctestf.f-otestf.ogcc-ctest.c-otest.og77test. 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:52
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这两个指标出现在top500的机器评测参数表中，具体含义如下： Nmax：Linpack测试求解最大问题规模，取值有个经验公式：所有内容总量（换算到Byte）/8再开根号 NHalf：这个指标很有意思。这个指标指的是：当Linpack求解的问题规模为NHalf时，出来的测试结果正好是集群理论峰值（Rpeak）的一半。为什么要设这个指标呢？因为这个指标可以反映整个系统的bandwidth和interconnect的性能指标。一般来说，这个NHalf的值越小越好，一般在Nmax的十分之一以下为好。可以这样理解：问题规模NHalf越小，机器还能跑出Rpeak一般的Flops来，就说明这个机器的带宽很 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:47
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前面讲过，对于不同数据类型的数据和非连续的数据来说，我们可以用新建一个数据类型的方式来将这些数据做整体发送。另一种解决方案就是，将这些数据打包发送，然后在接收端再解包。这种方式就是标题的这两个函数的作用，他们就简单的很多，因为逻辑非常单纯。这里有示例代码： 有人要问，既然这个能解决问题又简单，为什么MPI还要定义新数据类型这个难懂又麻烦的东东呢？我的理解是这样的：MPI给我们一个机会，让我们可以定义新的数据类型，这样第一，能让我们的代码逻辑性更好，可读性更强；第二，对于MPI2所定义的并行文件操作来说，有了自定义数据类型的支持，无疑能给文件的读写带来极大的便利（我们可以将一堆无关的数据重新定义 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:44
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我们都只到，MPI_SEND会为我们作发送数据缓冲区申请和管理的工作，但是，如果这个工作失败了，那么，MPI_SEND就会永久阻塞。当然，这种情况只限于MPICH，LAM和这个不太一样，下面将提到。 这种情况一般都会发生在机器内存告急的时候，此时，我们调用MPI_SEND，他会先为我们申请一块buffer，然后发送，如果这个buffer申请失败，那么，在MPICH中，MPI_SEND就会block。特别是在这种情况下就更容易发生：我们在一个进程中，用for循环做很多次MPI_SEND，然后，在另外一个进程中，做很多次对应的MPI_RECV，这种操作，是一种危险的操作，因为如果此时for循环中有 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:39
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在应用程序运行中，我们可以通过以下方法查看HCA网卡的端口流量信息，步骤如下，供参考： 1）清除正在使用端口的状态，假定使用端口为port1 #cd /proc/iba/mt23108/1/port1/ #echo > stats 2)运行应用程序 3）察看port1的状态，使用命令： #cat /proc/iba/mt23108/1/port1/stats 或直接使用命令"p1stats" 另外，我们可以保存IB端口的接收发送数据流量信息，并且通过分析这些数据实现对应用程序调优。 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:38
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rsh可以用来执行一个command，如rsh localhost hostname 如果最后的command这个参数为空，那么rsh就会去调用rlogin，结果是－直接得到一个shell 默认情况下，这两个东西执行的时候都是需要密码的，但可以通过配置“信任主机”的方式，来使得这两者运行时不需要密码 具体配置如下： 1、编辑 /etc/xinetd.d/rsh 和 /etc/xinetd.d/rlogin 这两个文件，将其中的 disable=yes 都改成 disable=no 2、/etc/init.d/xinetd restart 3、编辑信任主机。这里有两个途径：（1）编辑 /etc/ 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:38
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1、VASP4.6 是量子化学计算的一个商业软件，这里是源码包。来自奥地利。这个软件也可用在物理系，做分子动力学等分析。 2、首先声明一点：VASP4.6无法在Intel Fortran Compiler 8系列上编译通过。会报一个fortcom的内部错误，这是编译器的bug。 3、VASP建议在Intel Fortran Compiler V7上编译，由于手上没有这个版本，所以，只好拿了一个最新的Intel Fortran Compiler 9.0来测试（装完编译器后记得source ifortvars.sh和写一个简单的f90程序来测试一下）。 4、首先tar开两个包，自然先装vasp.4 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:37
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SilverStorm的Infiniband的设备支持两种通讯协议：一种是IB Native，在MPICH编译的时候，体现在configure的时候，指定device=vapi；一种是IP over IB的方式，这种在MPICH编译的时候，device就是以太网了，因为上面跑的就是IP和TCP这些东西。 所以，很显然的是，使用IB Native方式的通讯方式，Infiniband的性能才能得到发挥，否则无法发挥出来。也就是说，所有的并行应用，如果用IP over IB方式的MPICH，那么肯定都是可以跑的（不用MPICH的应用不谈，要具体问题具体分析），但性能肯定要打折扣；用IB native 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:36
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首先是编译器，这个不多说了，谁都知道。 更重要的是Intel的数学库，称为Math Kernel Library－MKL 还有，Intel有一套Cluster Tools，里面包含了Cluster MKL、ITC、ITA、Intel MPI等。 我们都知道，高性能计算大多用于工程计算，目前的工程计算主要需要这样几个东西：FFT（快速傅立叶变换）、LAPACK（线性代数Package）、BLAS（基础线性代数函数库）、SCAPACK（高扩展的LAPACK，主要用于分布式内存体系结构，也就是Cluster结构的并行化的LAPACK）。这些东西都有免费的开源实现，如FFTW（MIT做的FFT）、LA 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:35
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机器只有一台，有两个CPU，各为Dual Core的2.8G的Nocona 测试操作系统为RedHat Enterprise Linux AS3 Update 3，一定要用这个版本，试了其他版本，都有问题！x86_64的版本普遍有一个编译gromacs时链接libX11.so(-lX11)不兼容的问题，目前还不知道如何解决！ 编译器就用了一个Intel Fortran Compiler 9 Build 021版本，因为只有Intel 9系列的编译器才能发挥dual core的威力。没用Intel的C Compiler，不知道用了之后会不会更好。 FFT还是用的FFTW2.1.3，因为不知道如何 阅读全文
posted @ 2011-05-04 13:33
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