2021 年 11月随笔档案 - 焦糖可丽饼

mafft+phylosuite+raxml

摘要：构建系统发育树有参考《Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution》最后决定用mafft+phylosuite+raxml 首先需要将序列进行比对在这里使用mafft conda 阅读全文

posted @ 2021-11-29 22:05 焦糖可丽饼阅读(1942) 评论(0) 推荐(0)

如何快速统计基因组染色体长度

摘要：下载pyfaidx pip install pyfaidx faidx all.fa -i chromsizes > all.size 得到的图阅读全文

posted @ 2021-11-27 10:35 焦糖可丽饼阅读(174) 评论(0) 推荐(0)

一些实用软件

摘要：蛋白去重：cd-hit cd-hit -i pro.fa -o new.fa -c 0.9 -aS 0.8 -d 0 阅读全文

posted @ 2021-11-26 15:09 焦糖可丽饼阅读(49) 评论(0) 推荐(0)

基因组结构性变异检测的方法及DNA-seq（转载）

摘要：人类基因组中的变异和人类的演化、疾病风险等方面都有着密切的联系。当前二代短读长高通量测序技术（NGS），虽然能够让测序成本大大降低，但这种短读长的测序方法也给基因组的变异检测（特别是结构性变异检测）带来了不小的挑战。SNP和Indel大家应该都见得比较多了，因此在这篇文章里我将主要讨论常见结构性变异阅读全文

posted @ 2021-11-19 09:24 焦糖可丽饼阅读(1101) 评论(0) 推荐(0)

本地blast

摘要：makeblastdb -in ref.nbs.plant.fa -dbtype prot -out blastdb blastp -num_threads 20 -db blastdb -query Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -outfmt 7 阅读全文

posted @ 2021-11-18 23:23 焦糖可丽饼阅读(71) 评论(0) 推荐(0)

构建hmm模型

摘要：下载植物gff、cds、dna、pep pfam中下载hmm模型搜索基因家族并以1e-20筛选 hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ABC.out NBS-ARC.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa grep -v 阅读全文

posted @ 2021-11-18 23:18 焦糖可丽饼阅读(636) 评论(0) 推荐(0)

eQTL（转载）

摘要：首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进阅读全文

posted @ 2021-11-18 17:43 焦糖可丽饼阅读(1062) 评论(0) 推荐(0)

RNA-seq比对组装与定量软件现状（转载）

摘要：又是一篇转载，最近在学相关知识 RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。基因组比对： Top 阅读全文

posted @ 2021-11-18 17:16 焦糖可丽饼阅读(658) 评论(0) 推荐(0)

快速下载sra文件

摘要：中午试了很久aspera下载ncbi的数据，但是ncbi上的网址已经在2019年后不能用了所以改成ena的网址，可以实现快速下载将需要下载的文献在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 找到下载地址整理成这样的格式：era-fasp@fasp.sra.e 阅读全文

posted @ 2021-11-17 23:08 焦糖可丽饼阅读(208) 评论(0) 推荐(0)

完整转录组分析（整理）

摘要：转载来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/393674599 写的非常好怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。前言接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： Stark et al. Nat Re 阅读全文

posted @ 2021-11-17 23:05 焦糖可丽饼阅读(14019) 评论(0) 推荐(1)

rsem对转录本进行定量

摘要：最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 prefetch --option-file wheat.txt 下载后通过sratoolkits将sr 阅读全文

posted @ 2021-11-14 20:48 焦糖可丽饼阅读(1302) 评论(0) 推荐(0)

test

摘要：我的第一篇博客想写什么写什么~ 阅读全文

posted @ 2021-11-10 22:05 焦糖可丽饼阅读(16) 评论(0) 推荐(0)