摘要：
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是 阅读全文
posted @ 2018-07-13 15:07
xjce
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摘要：
大圣，此去欲何？ 踏南天，碎凌霄！ 若一去不回。。。 便一去不回！ 便 一去不回！ 阅读全文
posted @ 2018-07-13 12:33
xjce
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摘要：
只要有ENA千万别用NCBI！！！！ 最近开始分析网上Download的数据，一开始用人家现成的GWAS数据，后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的，出来混早晚是要还的，所以就开始从头分析一些SRA的数据，我以为会很简单，事实证明是我简单了。 首先我们下了这样的一串数据，*.sra格式： 这些数 阅读全文
posted @ 2018-07-13 12:30
xjce
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摘要：
在对vcf的操作有这样三个软件： 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包，主要代码如下： 这里面三个参数： 就可以完成了。 阅读全文
posted @ 2018-07-13 10:05
xjce
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摘要：
恢复内容开始 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章，的确，这样的童话故事每天都在发生，但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚，那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起。 这是3k的水稻变异库，上面保存着现成的SNP，由于数据过大，网站的维护方使用了Plink的格式来给我们在线储存SNP的信息，可以 阅读全文
posted @ 2018-07-13 09:53
xjce
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