开发环境介绍与配置

软件的介绍

• 虚拟机：Oracle VM VirtualBox
  • 目前常见的虚拟机有：VMware Workstation、Oracle VM VirtualBox
  • Linux系统环境下更适合学习和开发，windows系统需要在本机电脑上安装虚拟系统
  • 系统环境：Ubuntu 20（桌面版），或 Ubuntu 18（桌面版）
• 集成开发环境(IDE)：VSCode（visual studio code）
  • 作用：编辑、编译代码；项目开发等
  • 目前常见的IDE有：VSCode、Pycharm、Wing等。
  • VScode的介绍
    • 开发公司：微软
    • 可以运行在Mac OSX、Windows、Linux上，实现跨平台编译;
    • 支持多种语言和文件格式的编写;
    • 提供了丰富的快捷键;
    • 可以连接服务器进行编辑、编译项目;
    • 插件丰富；
• Anaconda
  • 开源的python发行版本，包含conda、python等180多个科学包及其依赖库，因含有大量的科学包，下载文件较大;
  • conda 是一个开源的包，环境管理器，可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包（虚拟环境）及其依赖，并能够在不同的环境之间切换；
• Jupyter
  • 作用：运行python程序，可作为学习和笔记工具
  • 优点：嵌入Markdown可以进行文本类记录、运行python可实时交互
• FileZilla
  • 作用：本地端和服务器之间的文件传输工作
• 编辑器：Sublime Text
  • 作用：查看代码
  • 优点：查看代码时不需要长时间加载或等待

软件的下载

• 虚拟机 Oracle VM VirtualBox：
  • 官网下载地址：https://www.virtualbox.org/
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  • VirtualBox扩展包也要安装，方便和主机共享粘贴板
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• VSCode
  • 官网下载地址：https://code.visualstudio.com/docs/python/editing
• FileZilla
  • 官网下载地址：https://filezilla-project.org/
• Anaconda（安装在Linux系统中）
  • 官网下载地址（下载速度慢）：https://www.anaconda.com/
  • 清华开源镜像下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
  • 在Linux系统下安装：https://blog.csdn.net/qq1483661204/article/details/78201451
• Sublime Text：
  • 官网下载地址：http://www.sublimetext.com/3

软件的安装

• 虚拟机、VSCode：
  • 虚拟机安装教程(教程不唯一，可以自行百度)：https://blog.csdn.net/qq3399013670/article/details/81937412
  • VSCode安装教程(教程不唯一，可以自行百度)：https://jingyan.baidu.com/article/ce43664962cddf3773afd383.html
• 虚拟机下安装ubuntu系统教程：
  1. 打开 Oracle VM VirtualBox 点击新建，创建新的虚拟机名称
  2. 更改文件夹的路径为保存虚拟系统的文件路径
  3. 类型选择Linux、版本选择Ubuntu(64-bit)
  4. 设置虚拟电脑内存，最好不要少于2048MB
  5. 创建虚拟硬盘，选择VDI文件类型，动态分配
  6. 定义虚拟磁盘的位置，设置虚拟硬盘的大小，设置为10GB（没有限制）
  7. 点击创建，启动，会提示选择启动盘，将ubuntu-20.04.1-desktop-amd64选中进入虚拟机开始安装
  8. Ctrl+C 跳出磁盘检测
  9. 选择Install Ubuntu --> continue --> normal install --> Something else
  10. 硬盘分区策略：https://www.jianshu.com/p/faade736f32f

Linux系统的使用

• 下载地址：https://ubuntu.com/download/desktop
• 安装好得Linux系统第一步需要更新已安装的包：sudo apt-get upgrade
• 比较详细的Linux命令地址：https://blog.csdn.net/qq_23329167/article/details/83856430

linux系统常用的命令

• 显示当前路径：ls
• 目录切换:
  • 切换到根目录： cd / （根目录：Ubuntu系统目录）
  • 切换到home目录：cd ~
  • 返回上一级：cd ../
  • 当前目录：cd ./
• 文件/目录的创建
  • mkdir 文件夹名称 eg：mkdir temp
  • touch 文件名 eg: touch temp.txt
• 目录重名和拷贝
  • mv 旧文件/目录名 新文件/目录名 eg：mv temp.txt temp.py
  • cp -r 目标文件/目录 目标路径 eg: cp -r ../../temp.py ./
• 删除
  • rm -rf 文件/目录名称
• 修改文件
  • vi 文件名称
• 解压命令：tar -zxvf xxx.tar
• 压缩命令：tar -zcvf xxx.tar xxx.txt
• 查找文件位置：whereis python
• 切换用户：su root （出现：Authentication failure问题：sudo passwd root 命令）
• 查看ip地址：ifconfig
• 查看当前目录：pwd
• 查看python进程 ps -e | grep python
• 删除进程：kill -9 pid(进程号)
• 查看机器间的连接情况：ping 目标机器的ip

Linux系统下安装Anaconda

• 到Linux的浏览器中下载Anaconda（如果本地下载好，或者网速慢，可以使用FileZilla进行文件的传输)
• cd到Anaconda目录，输入：bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh
• 一直回车， 输入yes
• 设置安装路径，默认为用户目录下
• 回车，开始安装
• 安装成功后，重新打开一个终端，输入 pip list 进行查看所安装的库

使用vscode 连接 Linux

• 比较好的网上安装教程：https://blog.csdn.net/junbaba_/article/details/111590179
• 确保Linux系统中是否含有sshd（ssh建立在应用基础上的安全协议，专为远程登录会话和其它网络服务提供安全性的协议）
• 输入命令：ps -e | grep ssh 查看是否有sshd
• 如果没有则安装：sudo apt-get install openssh-server
• 打开Vscode，点击扩展，安装Remote-SSH
• 点击远程资源管理器，进行.ssh文件的配置：输入
  • Host VW_ubuntu20 (被连接的机器名称，可任意命名)
    • HostName 192.168.xx.xx（输入自己Linux系统中的ip地址）
    • User admin（输入自己Linux系统中的用户名）
• 配置完成后，左侧出现相应的配置信息，右击选择Connect to Host in Current Window, 输入密码连接到本机。

创建虚拟开发环境

创建一个在vscode中创建一个新的终端

• 查看目前所使用的虚拟开发环境：conda env list
• 创建虚拟开发环境：conda create -n 虚拟环境名 python=版本号 （注意：创建虚拟环境需要有网络）
• 使用创建好的虚拟环境: conda activate 虚拟环境名
• 退出当前虚拟环境：deactivate env_name
• 删除虚拟环境：conda remove -n 虚拟环境名 --all

注意：虚拟环境创建失败，使用如下方法解决：

• 移除当前默认镜像：conda config --remove-key channels
• 重新添加镜像：conda config --append channels conda-forge --append channels bioconda

打开Jupyter

• 想打开控制台，输入 jupyter lab