摘要：
cnblog申请了也有好几个月了，就开始的几天写的积极一些，后来就懒了，有什么事情习惯直接在印象笔记上记一下，只给自己看，不用管格式，直接而且方便，然后就导致博客一直处在荒废状态。博客还是有必要写的，特别是对我这样的新手来说，虽然没有什么人会看，但是公开自己的学习过程，将自己的缺点暴露在网络上，这对我来说比纪录这些笔记更加有意义，往大的方面说，这是正视自我的一个过程，往小了说，万一有谁看到了我的错... 阅读全文
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在linux工作中，不同类型的文件以不同的颜色显示，如文件夹显示蓝色，压缩文件显示橘黄色，可执行文件显示为绿色，链接失效文件高亮显示等等；有时候根据颜色可以快速鉴别，如我有时为了保持目录的完整性，会讲一些存放在其他盘阵下面的文件通过软链接的方式链接过来，如果全部成功链接，同时能够说明没有文件丢失。但是当一个目录中文件特别多，多到好几个屏幕都显示不了时，往往需要通过管道来查看：ls -l | les... 阅读全文
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在windows上编辑过的文件如果传到unix上，在每个文件的末尾都会有一个换行控制符^M，这个字符一般处于隐藏状态，除非cat -A才能看到，如果不去掉这个符号，很多脚本不能正常运行，很多文件不能正常被正则表达式匹配，去除类似的控制字符是让这些文件恢复正常使用的必须步骤；根据上面的ascall字符代码表，左边两列非打印控制字符显示了每个字符的ascall码，接下来的工作就是用正则表达式匹配出这些... 阅读全文
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原文来自:博客园（华夏35度）http://www.cnblogs.com/zhangchaoyang 作者:Orisun>#!/usr/bin/perlusethreads ('yield','stack_size'=> 64*4096,'exit'=> 'threads_only','stringify');sub... 阅读全文
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批量画图任务中，需要在R中传入若干参数，之前对做法是在perl中每一个任务建立一个Rscript，这种方式超级不cool，在群里学习到R的@ARGV调用方式，差不多能够达到批量任务的要求：args <- commandArgs()该方法将环境变量传入到一个atomic vector中，其中的值依次(下标从1开始)为：args[1] = 当前R引用的库？args[2] ＝ —slavearg... 阅读全文
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1 依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library2 建立索引文件： bowtie包括bowtie，bowtie-build，bowtie-inspect bowtie2包括bowtie2，bowtie2-build，bowtie2-inspect，默认会找bowtie2 bowtie-build运行结果会得到一... 阅读全文
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wgethttp://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gztar xzfglimmer302.tar.gzcd glimmer3.02cd srcmake >out 2>err错误排除：1.delcher.cc:284:17: error: 'strlen' was notdeclared in this scope等类... 阅读全文
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之前安装过一次Augustus，由于节点重新部署后，原来安装的硬盘被格掉了，今天重新安装的时候出了一些问题，记录一下。1. 需要boost，安装好boost之后，虽然将其加入到~/.bashrc配置中，但是编译还是会找不到boost库，我就将Makefile里面LIBS一行注释，改为 -L/.../lib "/.../lib"是我的boost安装后lib路径，这样可以解决boost找不到的问题2.... 阅读全文
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在perl中，调用系统命令有两种形势，`cmd` 和system"cmd"，他们主要的区别是`cmd`会获取返回结果，而system"cmd"会直接将结果输出到屏幕上，针对这个区别有以下两种用法：1，当需要获取运行结果的时候，如获取当前目录，就应该写成 chomp($pwd = `pwd`);如果写成 $pwd = system"pwd"，则$pwd值为0。（这里用到chomp说明`cmd`的结果... 阅读全文
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1 由于在新版本中GCC把C99中的标准库分成了libc和libm两个部分，libm中包含一些数学库等，如果要用到libm时，必须加上-lm选项在解压Configure之后，再在Makefile中，LDFLAGS 和 CLDFLAGS两个参数后面加上 -lm即可解决问题2 参考：http://s... 阅读全文