如何将一个h5ad文件内部添加一个csv文件作为属性obsm

问题展开

学习生物信息的时候发现，需要将一个M * N的csv文件作为anndata文件的.X部分，一个M * 2的csv文件作为anndata文件的空间位置信息标识。

首先先读M*N的文件

mydata = pd.read_csv(denoised_result_path,sep='\t')

其次读取M * 2的csv文件

spot = pd.read_csv(spot_path,sep=',')

随后将M*N的文件转换为anndata格式

adata = anndata.AnnData(mydata)

然后检查作为adata文件的属性列obs的类型

发现adata.obs和spot的index是不同的

因此需要更改spot的index为adata的index类型格式

spot.index = adata.obs_names

随后便可以将spot这一dataframe添加为adata文件的一个属性列

adata.obsm['spatial'] = spot
adata.write_h5ad(denoised_sprod_path)