2017年9月22日
一个文本处理的小练习：
摘要： 1.有如下一组数据，经处理，希望得到每行60个碱基，每十个碱基一组。 1.将上述数据复制到编辑器，利用列模式，删除数字。保存为fa格式的文件 2.删除碱基间的空格并将小写变为大写： seqkit seq 11.fa -g -u > 12.fa 3.指定每行输出的碱基数 seqkit seq 12.f 阅读全文
posted @ 2017-09-22 21:13 遗世独立的愚公 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)
seqkit一个FASTA/Q序列处理神器
摘要： 该软件功能强大，兼容所有系统。 网站：http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下载，解压，安装seqkit软件，下载二进制文件较好。 一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seqki 阅读全文
posted @ 2017-09-22 20:14 遗世独立的愚公 阅读(7200) 评论(0) 推荐(0)
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
摘要： 1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式的，不能是gz后缀的，虽然命令也能 阅读全文
posted @ 2017-09-22 17:10 遗世独立的愚公 阅读(10218) 评论(0) 推荐(0)
fasta格式文件转换为 反向互补链
摘要： 数值60代表每行输出60个碱基。（感谢原作者） 执行命令：perl fasta_re.perl srr.fasta > srr_re.fasta 如若执行不了，记得查看pl文件是否有可执行权限。 阅读全文
posted @ 2017-09-22 16:56 遗世独立的愚公 阅读(654) 评论(0) 推荐(0)