摘要: SRAtoolkit是ncbi的一个较方便的sra处理工具,用于SRA数据管理。其中fastq-dump可用于处理SRA数据类型,从SRA提取PE/SE序列;prefetch可实现批量从ncbi下载数据。除此之外,其实TBtools工具批量下载也非常方便,但需要额外的一步:将数据从电脑传至服务器。因 阅读全文
posted @ 2022-09-17 22:58 pd_liu 阅读(1021) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Trimmomatic,用于二代序列去接头,同时可以自定义指定的接头序列,同时也能够过滤read末尾的低质量序列,多线程运行,速度较快。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4103590/ 一、安装 conda install -c bioco 阅读全文
posted @ 2022-09-17 20:51 pd_liu 阅读(1406) 评论(0) 推荐(0) 编辑