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摘要： 工具准备 R语言：Linux下无root权限安装R语言（conda安装和普通安装） python：conda安装 cellranger：后面用到会说 概述/扫盲 什么是单细胞 RNA 测序（scRNA-Seq）数据？ 单细胞 RNA 测序（single-cell RNA seq，scRNA-Seq） 阅读全文

摘要： （单细胞下游分析——存储方式汇总，不同类型的数据读入） 数据读入采取scanpy库进行：scanpy库是用于单细胞数据分析的 Python 库 下面几种数据存储的核心数据都是一样的，只是格式不同。 .h5ad（anndata 数据格式） .h5ad数据结构解释（anndata 数据格式） 官方网站： 阅读全文

摘要： 简介及导入转自：torch.nn.Embedding使用 在RNN模型的训练过程中，需要用到词嵌入，使用torch.nn.Embedding可以快速的完成：只需要初始化torch.nn.Embedding(n,m)即可（n是单词总数，m是词向量的维度）(n是嵌入字典的大小，m是嵌入向量的维度。)。 阅读全文

摘要： 利用scanpy的calculate_qc_metrics函数计算adata的obs中的质量控制指标（n_genes_by_counts,total_counts等参数指标） ⚠️注意：只是计算相关质量控制指标，并不会筛选/过滤数据。 类似代码：Dandelion库的ddl.pp.recipe_sc 阅读全文

摘要： 增删基本命令 创建虚拟环境： # 创建pyhon＝3.8的版本环境，取名叫　my_env conda create -n my_env python=3.8 删除虚拟环境（谨慎操作） conda remove -n my_env --all 激活环境 conda activate my_env 安装 阅读全文

摘要： 转的文章 版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/137207083 R1: 26 表示10X barcod 阅读全文

摘要： SRAtool的官方教程：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump 准备 安装Toolkits 建议conda安装，命令如下。(兼容性还行，没必要新建环境) conda install -c biocon 阅读全文

摘要： dge.txt.gz格式简介 dge.txt.gz格式是Drop-seq format（一个单细胞RNA测序平台，三种常见基于液滴的单细胞RNA测序平台10X Genomics Chromium、inDrop和Drop-seq），也可能命名为.digital_expression.txt.gz。 D 阅读全文

摘要： 连接到目标计算机后，默认情况下会进入目标计算机的默认shell。要切换到bash shell，只需在终端窗口中输入以bash,以非登录交互方式启动bash shell。 但是每次都输入bash很麻烦，就需要修改默认shell，使其登录就进入bash（或者其他shell）。 查看系统 已安装的shel 阅读全文

摘要： 先排查下前置条件，然后再使用解决方案。 附加：如何关闭联想锁屏： 打开联想电脑管家->工具箱->联想锁屏->关闭 排查 原因1：是不是使用***代理导致的联网问题。 解决： 在***启动"UWP应用联网限制解除工具"助手，全选，保存，等待一阵即可以正常更新屏保。 解决 先将个性化锁屏界面选项 阅读全文