【3】肿瘤基因组数据分析方法概述

肿瘤基因组分析
肿瘤标准分析
高级分析
肿瘤数据库

肿瘤基因组分析

肿瘤进化过程
基本概念：germline/somatic/driver/passenger mutation
二次打击学说：生殖突变+体细胞突变
主要基于体细胞突变研究
发展趋势：小样本WES——大样本多组学；液体活检，免疫疗法，人工智能，微生物

肿瘤标准分析

肿瘤研究整体流程
测序策略：WGS，WES，WXS（目标区域捕获）
突变类型：点突变，Indel（<50bp），CNV（增加/缺失），SV，病毒插入整合
原癌基因和抑癌基因的不同突变模式：oncogene（功能性/激活性突变，热点突变），tumor suppressor gene（截短型/失活型突变，突变分散）
成对分析模式
不同突变分析工具在体细胞突变差异较大，
从多款软件中取2个以上检出位点，降低假阳性
主流软件：BWA MEM+GATK Haplotypecaller
Rawdata——cleandata：SOAPnuke（去接头，低质量>50%base，N>10%），看cleanbases数据量及比例，Q20，Q30，GC%
cleandata——bam：

去重PCR，碱基质量重校正BQSR消除上下文（上下游各1bp）环境对碱基质量影响。
看重复率，平均测序深度，覆盖度，4X/10X/20X reads的覆盖度
变异检测软件：SNV（muTect，mutect2），TCGA MC3 计划（7款）
CNV（FACETS）：5种检测算法（read count数目，paired-end，split reads，assembly， combinatorial approach），主流read count算法（非重复滑动窗口统计覆盖到窗口的reads），FACETS适用WES/WGS；CODEX2软件可检测体细胞和生殖细胞CNV
SV检测软件：BreakDancer，FermiKit，laSV，MindTheGap
Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole genome sequencing
注释软件：

annovar不能商用，snpEff较流行
集成注释软件Oncotator（基因组，蛋白质，肿瘤和非肿瘤的相关注释）
注释结果：含4方面内容