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2020年11月20日
MIT cs 课程计划
摘要: [(http://catalog.mit.edu/degree-charts/computer-science-engineering-course-6-3/)]
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posted @ 2020-11-20 23:42 impwa
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2020年11月17日
ubuntu命令
摘要: 1.ls – Listls会列举出当前工作目录的内容(文件或文件夹),就跟你在GUI中打开一个文件夹去看里面的内容一样。2.mkdir – Make Directorymkdir <new-directory-name>常见一个新目录3.pwd – Print Working Directorypw
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posted @ 2020-11-17 22:43 impwa
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2020年11月10日
(生物学相关)检索表
摘要: 来源https://baike.baidu.com/item/%E6%A3%80%E7%B4%A2%E8%A1%A8 定距式 这种形式也叫退格式检索表。在编排时每两个相对应的分支的开头,都编在离左端同等距离的地方,每一个分支的下面,相对应的两个分支的开头,比原分支向右移一个字格,这样编排下去,直到编
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posted @ 2020-11-10 17:32 impwa
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2020年10月30日
R nlminb() bootstraping自助
摘要: 函数nlminb()在实际应用中,上面这三个基本函数在遇到数据量较大或分布较复杂的计算时,就需要使用优化函数nlminb()nlminb(start, objective, gradient = NULL, hessian = NULL, ...,scale = 1, control = list(
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posted @ 2020-10-30 11:07 impwa
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2020年10月27日
R %in% ? merge() match()
摘要: #in > rc_24[1:5,] X24h.B3.1 X24h.B3.2 X24h.D.1 X24h.D.2 B3-1000001 1298 1176 1347 2165 B3-1000002 602 593 560 1030 B3-1000003 272 286 296 432 B3-10000
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posted @ 2020-10-27 23:26 impwa
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转录组差异基因分析DESeq2
摘要: http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#time-series-experiments
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posted @ 2020-10-27 12:15 impwa
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2020年10月24日
p_value
摘要: 在测序数据中,我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中,也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么,FDR校正的原理又是什么呢?首先我们来看 P-value的定义:在假设检验中,当原假设(H0)为真时,所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如
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posted @ 2020-10-24 22:52 impwa
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p_value
摘要: 在测序数据中,我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中,也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么,FDR校正的原理又是什么呢?首先我们来看 P-value的定义:在假设检验中,当原假设(H0)为真时,所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如果P-value很小,说明原假设为真时,这个数据甚至更极端的数据出现的概率很小;而当P-value小...
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posted @ 2020-10-24 22:51 impwa
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2020年10月23日
第一次差异分析
摘要: suppressPackageStartupMessages(library(ggpubr)) suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2)) suppressPackageStartupMessages(library(ggrepel)) supp
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posted @ 2020-10-23 16:31 impwa
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2020年10月20日
fdr
摘要: 1)对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x,已知在一个大文库中,每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分,在这种情况下,p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1,样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2,样本一中唯一
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posted @ 2020-10-20 11:34 impwa
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