摘要： R 2.14.0版本以后，parallel包被作为核心包引入R，这个包主要建立在 multicore 和 snow 包的工作基础之上，包含了这两个包大部分功能函数，以及集成了随机数发生器。实际上对于R来说，并行化可以在不同的层级上实现：比如，在最底层，现在的多核CPU可以实现一些基础的数值运算（比如整数和浮点算数）； 高级一点的，一些扩展BLAS包使用多线程并行处理向量和矩阵的操作，甚至有些R扩展包，通过调用OpenMP（注释1）或pthreads来使用C 级别的多线程方式。本文的主角，parallel包却是从另外角度的实现，简单说是一种“粗粒度”的并行化方式。在我们的日常工作中会遇到一下情况 阅读全文

摘要： 什么是方差分析 方差分析（ANOVA）又称“变异数分析”或“F检验”，是R.A.Fister发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 由于各种因素的影响，研究所得的数据呈现波动状。造成波动的原因可分成两类，一是不可控的随机因素，另一是研究中施加的对结果形成影响的可控因素。 一个复杂... 阅读全文

摘要： 【在国际上，R软件的应用是数据分析的主流发展趋势之一，但我发现在国内R软件的使用远不如SPSS、SAS等软件那么流行。为推广R软件的使用，本博客将陆续推出“R高级教程”系列专辑，希望对生命科学领域的科技工作者有少许帮助......】通常来讲，对于一般的统计分析，基于傻瓜式操作的SPSS（PASW）软... 阅读全文

摘要： logistic回归的一些直观理解（1.连接函数 logit probit）前面写了一些读书笔记是关于用logit回归做二分类问题后的效果评价，基本上已经可以告一段落。然后打算回过头来整理一下logit回归本身的一些思路。很惭愧，我不是统计学出身，当年概率论差点考挂，数理统计也是一门选修课（唯一印象... 阅读全文

摘要： 1,T检验和F检验的由来一般而言，为了确定从样本(sample)统计结果推论至总体时所犯错的概率，我们会利用统计学家所开发的一些统计方法，进行统计检定。通过把所得到的统计检定值，与统计学家建立了一些随机变量的概率分布(probabilitydistribution)进行比较，我们可以知道在多少%的机... 阅读全文

摘要： 前言：关于R在R的官方教程里是这么给R下注解的:一个数据分析和图形显示的程序设计环境(A system for data analysis and visualization which is built based on S language.)。R的源起R是S语言的一种实现。S语言是由 AT&T... 阅读全文

摘要： 从R中调用Cytoscape绘制复杂网络R，治世能臣；Cytoscape，乱世奸雄，两位爱卿可否通力协作，助我顺利毕业？然也！最近在Cytoscape的mail-list上一个很热门的话题就是如何在R中调用Cytoscape绘制复杂的生物网络，从而将R强大的统计功能，尤其是igraph，sna等复杂... 阅读全文