摘要: 导出Feature/OTU表 wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza qiime tools export \ feature-table.qza \ 阅读全文
posted @ 2017-09-15 17:30 弗雷赛斯 阅读(1656) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 导入带质量值的测序数据 地球微生物组标准混样单端数据 “EMP protocol” multiplexed single-end fastq 此类数据标准包括两个文件,扩展名均为fastq.gz,一个是barcode文件,一个是样品混样测序文件。 # 建样品目录 mkdir -p emp-singl 阅读全文
posted @ 2017-09-15 14:16 弗雷赛斯 阅读(4838) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单,参照官网:https://docs.qii 阅读全文
posted @ 2017-09-15 08:51 弗雷赛斯 阅读(2487) 评论(0) 推荐(1) 编辑