摘要：
箱线图 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域，常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 箱线图 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。 阅读全文
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一些常用基本概念的介绍： flowcell流动池 是指Illumina测序时，测序反应发生的位置，1个flowcell含有8条lane lane通道 每一个flowcell上都有8条泳道，用于测序反应，可以添加试剂，洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果，1条序列 阅读全文
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2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。 临床上使 阅读全文
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本示例的的数据来自文章《Moving pictures of the human microbiome》，Genome Biology 2011，取样来自两个人身体四个部位五个时间点 进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate 阅读全文
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宏基因组测序： 浓度>=50ng/ul OD260/280：1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求？ （1）提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/ul；每次样品制备需要10μg样品，如果需要多次制备样品， 阅读全文
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kb=千碱基 kilobase nt＝核苷酸 nucleotide bp＝碱基对 base pair kb=千碱基 kilobase nt＝核苷酸 nucleotide bp＝碱基对 base pair 高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS），有些 阅读全文
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一套完整的数据分析流程 ， 如下图所示 从图中可以看到，整个流程包括读取数据，整洁数据，数据探索和交流部分。经过前两部分， 我们可以得到一个整理好的数据，它的每一行都是一个样本 ， 每一列是一个变量。 然后我们就可以进入最核心的数据探索部分。数据探索包括数据转换，可视化，建模三部分。数据转换的内容包 阅读全文
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获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 > ?command > ??command #深度搜索或模糊搜索用此命令 > example(command) #得到命令的例子 R语言不支持多行注释，但可以使用一个小技巧，如下 if(FALSE) { "This is a demo for 阅读全文
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矩阵加法就是相同位置的数字加一下，矩阵减法也类似 矩阵乘以一个常数，就是所有位置都乘以这个数 矩阵乘以一个常数，就是所有位置都乘以这个数 矩阵乘以矩阵 计算规则是，第一个矩阵第一行的每个数字（2和1），各自乘以第二个矩阵第一列对应位置的数字（1和1），然后将乘积相加（ 2 x 1 + 1 x 1）， 阅读全文
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条形图 在R语言中创建条形图的基本语法是 barplot(H, xlab, ylab, main, names.arg, col) H是包含在条形图中使用的数值的向量或矩阵 xlab是x轴的标签 ylab是y轴的标签 main是条形图的标题 names.arg是在每个条下出现的名称的向量 col用于 阅读全文
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安装软件 卸载软件 卸载并清除配置 更新软件信息数据库 进行系统升级 搜索软件包 安装deb软件包 删除软件包 连同配置文件一起删除 查看软件包信息 查看文件拷贝详情 查看系统中已安装软件包信息 重新配置软件包 阅读全文