03 2013 档案

R制作eset 的简单步骤
摘要：library('Biobase')ESET = new('ExpressionSet', exprs = expressiondata)pData(ESET) = phenoDatafData(ESET) = featureData只要事先准备号expressiondata， phenoData, 以及featureData即可～ 阅读全文

posted @ 2013-03-30 07:33 Forever_YCC 阅读(415) 评论(0) 推荐(0)

R 中类似Python中raw_input 的函数
摘要：Python 中的raw_input 函数在需要用户与计算机交互时非常有用，其实R 里面也一直有一个类似的函数：readline例如，我现在做出了一个图，想要在图上面找到一个值来决定我在什么地方分割。而实事实上，如果写成函数的话，又必须每次都要更新不同的值，如果此时能够有readline的话，我们就可以直接看着图来进行确认：我使用下面的代码进行尝试：这样，最终经过三次尝试，我选定0.3作为分割点，把GO_ON改为‘yes'，这样程序继续进行。 GO_ON = 'no' while (GO_ON != 'yes'){ NSF_Cut = as.numeri 阅读全文

posted @ 2013-03-28 06:52 Forever_YCC 阅读(307) 评论(0) 推荐(0)

apply 技巧
摘要：在分析大规模数据时使用apply往往比for循环快，但是，很难知道apply到底需要多长时间才能够把数据跑完。办法很简单：apply(matrix，1，function(x){TT = t.test(x)print(which(matrix [,1] == x[1])return(TT$p.value)})这里面，加一句print语句即可！ 阅读全文

posted @ 2013-03-08 07:20 Forever_YCC 阅读(172) 评论(0) 推荐(0)

使用R绘制Venn Diagram
摘要：R中有很多绘制venn diagram的函数，包括limma中的vennDiagram，gplot中的venn，不过这两种函数的缺点是1. 非彩色2. 不能够按照比例绘制venneuler函数绘制出来的图不够精细，而且只是显示出集合的名称，没有写明各子集、交集都是多少数量。搜索半天，终于发现R中有一种不错的文氏图绘制函数：VennDiagram！首先install.packages('VennDiagram')安装即可然后setwd('') #你需要的目录　library('VennDiagram')VD = venn.diagram(width 阅读全文

posted @ 2013-03-02 02:17 Forever_YCC 阅读(7606) 评论(0) 推荐(0)

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