Yang Dream, Long Road

摘要：用过无数R包，但是却从来没有自己写过。总觉的写R包是很困难的事情，但是其实写一个最简单的R包还是蛮容易的！今天便在Ubuntu环境下写一个R包～首先，写一个函数，存放到一个文件夹中或者直接存在R中均可OK，下一步就是在你的R中source该函数，并且使用函数setwd('My directory')package.skeleton(name="My package name", list= “My function”) #list必须是“字符串”这样R这个函数就会在你的目录中出现一个文件夹，里面有几个基本的R包的文件，按照规则填上自己的包的信息之后便可以在t 阅读全文

摘要：常常会写一些函数来分析Microarray。而每次使用函数所用的参数都不同，因此需要一些方法能够将每次这些不同的结果以及参数存储起来。首先使用一个R内置的时间函数Sys.time()：Sys.time()[1] "2013-04-26 14:15:37 PDT"#这里更改设置，输出成自己喜欢的格式：format(Sys.time(), '_%Y_%b_%dth_%H_%M')[1] "_2013_Apr_26th_14_18"#因此，可以每次程序都能够新建一个以时间为名称的文件夹（避免重复问题） dir = '/media/Res 阅读全文

摘要：1. 怎样快速入门一个R包这两天查看了十几个R包，也算是对看R入门一个R包有一些经验了把～所有的R包都附带一个manual（有些R包还会有一个小manual，做简介用，那就更好了）。把manual下下来，看看它的最前面有没有一个对整个包general的介绍，如果有，那么一定要仔细阅读，这个非常重要！它会把整个包的大致情况介绍：要解决什么问题，用什么算法解决的......另外，它还会介绍最重要的函数（其实一个R包经常用到的函数不会一般超过五个！）了解这些信息，便很容易上手了～但是并不是所有的R包都会有这样一个对本包的概述，对于这样的情况，可以在R包的主页上面找一个‘citation'的东 阅读全文

摘要：1. getAnywhere: getAnywhere(函数名）可以返回这个函数的代码 在看一些函数的时候总是找不到它的源代码，直接在R console中敲函数 的名字，有些函数是可以直接显示所有代码，但是有些却不能。对于那些不能的，我们使用这个函数即可～ 阅读全文

摘要：DNA microarray分析中，聚类分析（clustering analysis）是非常重要的一步。今天学习了Pan Ning Tan的introduction to data mining ，进行一下总结：1. 聚类分析的分类1） 按照是否有层次：层次聚类（hierarchical clustering)划分聚类（partitioninng clustering）2）按照是否依据模型：non-parameter clustering：没有默认的assumption整个数据集是由哪几种分布mix的model-based clustering: 基于模型的聚类认为不同的‘类’有不同的‘分布’ 阅读全文

摘要：以前只是知道R 中的lm函数能够做线性拟合，恰如函数的名字：lm= linear model不过今天需要做非线性拟合的时候， 上网搜各种函数，包括nls、nlm等等，不过nlm的用法好像和一般的建模函数不太相同；nls函数的用法倒很像，可是却总是出error，不知道为什么。再次苦找，忽然发现其实lm函数便可以完成这个工作：lm函数进行非线性拟合的本质是在其中加入非线性的变量，对这些非线性的变量进行线性拟合，结果还是非线性的。library(car)plot(USPop)lmfit = lm(population ~ year, data = USPop) #线性拟合lines(USPop$ye 阅读全文

摘要：今天快速浏览了一遍Bioconductor Case Studies这本书的前半部分，大有相见恨晚之感。里面系统地阐释了很多microarray的东西，让我之前的一些疑问得到冰释。1. 对于单通道microarray来讲，一般的预处理往往由三个步骤组成：　a) background correction: 把背景噪声去掉。　b) between array normalization: 每个芯片之间由于加样量、操作以及本身芯片制作时产生的差别，会有所不同，因此，将不同芯片之间进行标准化（normalization）后比较，才能更真实地反映出差别。　c) reporter summarizati 阅读全文

摘要：今天在做基因的聚类分析，碰到了意想不到的情况。library('gplots') mydist = function(x){ dist(x,method = 'euclidean') } myclust = function(y){ hclust(y,method='ward') } mycol = greenred(24) HM = heatmap.2(Exp_Data_Diff_Max_Probes, scale = 'row', distfun=mydist, hclustfun=myclust, ... 阅读全文

摘要：电脑是win7 & ubuntu 双系统。今天把windows的硬盘重新分了一下区，结果发现原本有win7硬盘的media文件夹里面什么都没有了，于是查找网上资料，得知需要重新挂载硬盘。sudo fdisk -l #查看分区信息sudo su #进入根用户（sudo是没有权利的）#make directory under 'media'mkdir /media/Researchmkdir /media/C_Diskmkdir /media/Non_Study#mount the disk to the media foldermount /dev/sda5 /media 阅读全文