测序数据过滤与质控

一、软件安装

1、fastQC

conda install fastqc

若没有安装conda，则进行安装：

（1）https://bioconda.github.io

（2）然后点击Miniconda ，进入以下网站

         https://conda.io/miniconda.html

（3）选择相应版本软件，复制Linux 64-bit（bash installer）版本的网站

（4）进入interminal 终端，使用wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

（5）解压 unzip Linux-x86_64.sh

（6）进入解压目录

（7）

2、Trimmomatic软件

（1）进入网站：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

（2）选中binary，按右键复制网址

（3）wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36.zip

（4）解压文件：unzip Trimmomatic-0.36.zip

（5）进入解压目录：cd Trimmomatic-0.36

二、使用Trimmomatic过滤数据

 

三、使用FastQC进行质控