随笔分类 -  [30] Shell

摘要:shell中的赋值和操作默认都是字符串处理。1)使用let(只能进行整数运算)var=1let "var+=1"echo $var输出结果为2 注意:a)let几乎支持所有的运算符b)方幂运算应使用“**”c)参数在表达式中直接访问,不必加$d)一般情况下算数表达式可以不加双引号,但是若表达式中有b... 阅读全文
posted @ 2015-03-19 21:49 emanlee 阅读(3977) 评论(0) 推荐(1)
摘要:# 显示第xx行的第yy列的一个字符sed -n 'xx,xxp' file | awk '{print substr($0,yy,1);}'# 修改第xx行的第yy列的一个字符Chr,并保存为新文件awk -F "" 'BEGIN { OFS="" }{if(NR == xx) for(i=yy;... 阅读全文
posted @ 2015-03-08 16:31 emanlee 阅读(33857) 评论(0) 推荐(1)
摘要:cat > sendmymail.sh#!/bin/bash/usr/sbin/sendmail -t To: abc@gmail.com Cc: abc@gmail.com ... 阅读全文
posted @ 2015-03-07 22:55 emanlee 阅读(6254) 评论(0) 推荐(1)
摘要:变量说明:$$Shell本身的PID(ProcessID)$!Shell最后运行的后台Process的PID$?最后运行的命令的结束代码(返回值)$-使用Set命令设定的Flag一览$*所有参数列表。如"$*"用「"」括起来的情况、以"$1 $2 … $n"的形式输出所有参数。$@所有参数列表。如"... 阅读全文
posted @ 2015-03-06 21:08 emanlee 阅读(2868) 评论(0) 推荐(0)
摘要:(1)#!/bin/bashwhile read linedo echo $linedone < file (2)#!/bin/bashcat file | while read linedo echo $linedone(3)for line in `cat file`do echo $line... 阅读全文
posted @ 2015-03-06 15:33 emanlee 阅读(724) 评论(0) 推荐(0)
摘要:bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. ... 阅读全文
posted @ 2015-03-05 19:17 emanlee 阅读(28178) 评论(0) 推荐(0)
摘要:# 显示总大小(/下全部文件占用大小)du -sh /* | sort -nr# 显示各文件夹的大小(当前文件夹下各文件夹的大小)du --max-depth=1 阅读全文
posted @ 2015-02-01 20:00 emanlee 阅读(2160) 评论(0) 推荐(0)
摘要:file1-file2 => file3file1=/data/aaafile2=/data/bbbfile3=/data/cccsort -m $file3 阅读全文
posted @ 2014-09-28 17:24 emanlee 阅读(907) 评论(0) 推荐(0)
摘要:1.源程序的编译在Linux下面,如果要编译一个C语言源程序,我们要使用GNU的gcc编译器。 下面我们以一个实例来说明如何使用gcc编译器。假设我们有下面一个非常简单的源程序(hello.c):int main(int argc,char **argv){printf("Hello Linux\n... 阅读全文
posted @ 2014-08-14 18:23 emanlee 阅读(480) 评论(0) 推荐(0)
摘要:分别用sed awk perl grep 实现: 1 sed '/^$/d' input.txt > output.txt #output file: output.txt 2 sed -i '/^$/d' input.txt #output file: input.txt 3 awk 'NF > 阅读全文
posted @ 2014-08-02 10:42 emanlee 阅读(13504) 评论(0) 推荐(2)
摘要:$ echo $((20.0/7))$ zcalc$ bc <<< 20+5/2$ bc <<< 'scale=4;20+5/2'$ expr 20 + 5$ calc 2 + 4$ node -pe 20+5/2 # Uses the power of JavaScript, e.g. : no... 阅读全文
posted @ 2014-07-10 12:10 emanlee 阅读(615) 评论(0) 推荐(0)
摘要:Grep 'OR' Operator grep 与“或”一起用Find all the lines in a file, that match any of the following patterns.Using GREP command :grep "pattern1\|pattern2" fi 阅读全文
posted @ 2014-07-09 15:41 emanlee 阅读(1706) 评论(0) 推荐(1)
摘要:查找匹配行,输出该行并输出下面的一行 grep: grep -A 1 'keyword' file ### has bug awk:awk '$0~/keyword/{print $0;getline;print $0;}' file 阅读全文
posted @ 2014-05-27 22:25 emanlee 阅读(3992) 评论(0) 推荐(0)
摘要:wget -r -p -k -np http://源目录 ./本地目标目录 阅读全文
posted @ 2014-05-27 09:59 emanlee 阅读(1344) 评论(0) 推荐(0)
摘要:sort是在Linux里常用的一个命令,用来排序的 # man sort 1 sort的工作原理 sort将文件的每一行作为一个单位,相互比较,比较原则是从首字符向后,依次按ASCII码值进行比较,最后将他们按升序输出。 [rocrocket@rocrocket programming]$ cat 阅读全文
posted @ 2014-04-11 07:28 emanlee 阅读(2493) 评论(0) 推荐(0)
摘要:echo "Cfoo'barxml" | sed "s/'/::/g" | sed 's/::/\\:/g' | sed "s/:/'/g" 替换单引号为 \'------------------------sed 替换单引号'echo "mmm'sss" > testcat test把test内容... 阅读全文
posted @ 2014-03-24 15:03 emanlee 阅读(28930) 评论(4) 推荐(0)
摘要:双引号:awk '{print "\""}' #放大:awk '{print " \" "}'使用“”双引号把一个双引号括起来,然后用转义字符\对双引号进行转义,输出双引号。单引号:awk '{print "'\''"}' # 放大: awk '{print " ' \ ' ' " }'使用一个双引... 阅读全文
posted @ 2014-03-24 14:30 emanlee 阅读(49452) 评论(0) 推荐(1)
摘要:# 按列合并文件paste file1 file2 file3 > file4# 要先 sort, 再 joinjoin -a 1 file1 file2paste格式为:paste -d -s -file1 file2选项含义如下:-d 指定不同于空格或tab键的域分隔符。例如用@分隔域,使用 -... 阅读全文
posted @ 2014-03-06 11:23 emanlee 阅读(6544) 评论(0) 推荐(0)
摘要:#shell判断文件夹是否存在#如果文件夹不存在,创建文件夹if [ ! -d "/myfolder" ]; then mkdir /myfolderfi#shell判断文件,目录是否存在或者具有权限folder="/var/www/"file="/var/www/log"# -x 参数判断 $f... 阅读全文
posted @ 2014-03-06 08:48 emanlee 阅读(398596) 评论(3) 推荐(8)
摘要:(1)查看某目录下文件的个数: ls -l |grep "^-"|wc -l 或 find ./company -type f | wc -l (2)查看某目录下文件的个数,包括子目录里的: ls -lR|grep "^-"|wc -l (3)查看某文件夹下目录的个数,包括子目录里的... 阅读全文
posted @ 2014-01-20 17:01 emanlee 阅读(2212) 评论(0) 推荐(0)