基因的可变剪切

• 什么是基因的可变剪切？

有些基因的前体mRNA（pre-mRNA）通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接（或者选择性剪切）（Alternative Splicing）。

• 常见的可变剪切可以分成6类：

1、外显子跳跃（Exon Skipping）

2、内含子保留（Intron Retention）

3、5'端可变剪接（Alternative 5' splice Site）

4、3'端可变剪接（Alternative 3' splice Site）

5、最后一个外显子可变剪接（Alternative Last Exon）

6、第一个外显子可变剪接（Alternative First Exon）

 

• 可变剪切的意义 

可变剪切是调节基因表达和产生蛋白组多样性的重要原因，是导致真核生物基因与蛋白质数量差异效果的主要原因。

• 可变剪切预测软件

使用Cufflinks软件，与基因原有的剪接模型进行比较，对Mapped Data中的跨内含子Reads，进行新可变剪接事件（Alternative Splicing Events）预测。（Cufflinks测评： Transcript assembly and quantification by RNA Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation）

使用SpliceGrapher软件对预测到新的可变剪接事件的基因做模式图