基因的可变剪切

  • 什么是基因的可变剪切?

有些基因的前体mRNA(pre-mRNA)通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程称为可变剪接(或者选择性剪切)(Alternative Splicing)。

  • 常见的可变剪切可以分成6类:

1、外显子跳跃(Exon Skipping)

2、内含子保留(Intron Retention)

3、5'端可变剪接(Alternative 5' splice Site)

4、3'端可变剪接(Alternative 3' splice Site)

5、最后一个外显子可变剪接(Alternative Last Exon)

6、第一个外显子可变剪接(Alternative First Exon)

 

  • 可变剪切的意义 

可变剪切是调节基因表达和产生蛋白组多样性的重要原因,是导致真核生物基因与蛋白质数量差异效果的主要原因。

  • 可变剪切预测软件

使用Cufflinks软件,与基因原有的剪接模型进行比较,对Mapped Data中的跨内含子Reads,进行新可变剪接事件(Alternative Splicing Events)预测。(Cufflinks测评: Transcript assembly and quantification by RNA Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation)

使用SpliceGrapher软件对预测到新的可变剪接事件的基因做模式图 

 

posted @ 2015-12-27 11:04 SamYangBio 阅读(...) 评论(...) 编辑 收藏