摘要：未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok，suse上执行的时候报找不到samtools，但是官网上手册说tophat2不需要samtools。。 阅读全文

摘要：未经本人授权禁止转载。手上有三个蛋白组，需要找到里面的ortholog，并做韦恩图。但问题在于两物种直接可能存在一对多或者多对多的同源关系，所以必须先找到三个物种里涉及哪些蛋白家族，并且各家族包括哪些基因。ortholog使用orthomcl做，基本按照网上教程来，主要需要注意1.mysql需要打开... 阅读全文

摘要：如果报错no suitable driver found for jdbc 是spark没有合适的jdbc连接驱动，需要下一个jdbc connector的jar包放到spark路径下并把次路径放到spark/conf/spark-env.sh的SPARK_CLASSPATH里 如：export S 阅读全文

摘要：没有授权禁止转载话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。所以下了一个RAxML，在linux下有好几种编译方式，看了一下手上的机器支持AVX指令集，所以选择AVX-MPI方式吧。先安装openmpi，照网上教程编译就行，就是略慢。但是安装... 阅读全文