2023年3月28日
R语言方差分析总结
摘要： 介绍各种类型方差分析的R语言实现方法，目录如下： 这篇文章涵盖了孙振球，徐勇勇《医学统计学》第4版中关于方差分析的章节，包括：多样本均数比较的方差分析/多因素实验资料的方差分析/重复测量设计资料的方差分析/协方差分析。 本书电子版及配套数据已放在QQ群，需要的加群下载即可。 多样本均数比较的方差分析 阅读全文
posted @ 2023-03-28 13:43 医学和生信笔记 阅读(190) 评论(0) 推荐(0)
R语言方差分析重复测量数据的多重比较
摘要： 前面介绍了多个样本均数的多重比较，多样本非参数检验后的多重比较， 今天学习下重复测量数据的多重比较，本篇内容和课本结果差异较大，如有错误欢迎指出。 使用的课本是孙振球，徐勇勇《医学统计学》第4版。 重复测量方差分析 使用课本例12-1的数据，直接读取： df12_3 <- foreign::read 阅读全文
posted @ 2023-03-28 13:42 医学和生信笔记 阅读(339) 评论(0) 推荐(0)
R语言二项多项条件逻辑回归
摘要： R语言中的factor()函数可以把变量变为因子类型，默认是没有等级之分的（可以理解为无序分类变量nominal）！当然也可以通过添加参数ordered=T变成有序因子（等级资料，有序分类ordinal）。 二项logistic回归 因变量是二分类变量时，可以使用二项逻辑回归（binomial lo 阅读全文
posted @ 2023-03-28 13:42 医学和生信笔记 阅读(857) 评论(0) 推荐(0)
2023年2月25日
R语言cochran_armitage检验
摘要： Cochran Armitage检验是一种线性趋势检验，常用于自变量是有序分类变量，而因变量是二分类变量的资料，可以用来检验自变量和因变量存不存在线性趋势。 注意和Cochran-Mantel-Haenszel检验区分，CMH检验是研究两个分类变量之间关联性的一种检验方法。但有时数据除了我们研究的变 阅读全文
posted @ 2023-02-25 14:05 医学和生信笔记 阅读(173) 评论(0) 推荐(0)
2022年11月4日
R语言非参数检验多重比较
摘要： 之前介绍了多个样本均数的多重比较，今天说说kruskal-Wallis H检验后的多重比较，Friedman M检验后的多重比较。 也是和课本对照着来，孙振球，徐勇勇《医学统计学》第四版。 非参数检验后的多重比较，我们也是用这个宝藏R包：PMCMRplus。 kruskal-Wallis H检验及多 阅读全文
posted @ 2022-11-04 18:17 医学和生信笔记 阅读(860) 评论(0) 推荐(0)
R语言参数检验多重比较
摘要： 对于多个样本均数的多重比较，比较常用的是LSD-t，SNK，Dunnett，Tukey等，这些方法在之前的推文中介绍过。 但是之前介绍的是用不同的R包完成的，整洁一致性不够，其实这些都是可以通过多重比较的全能R包：PMCMRplus完成的。 下面我们展示下~ 还是使用课本例4-2的数据（孙振球，徐勇 阅读全文
posted @ 2022-11-04 18:16 医学和生信笔记 阅读(406) 评论(0) 推荐(0)
2022年11月3日
R语言多个变量同时进行t检验
摘要： 简介 虽然说是同时进行t检验，但是这是一种通用的方法，当然也可以同时进行方差分析、正态性检验、方差齐性检验、秩和检验等等。 在spss中进行这些检验时，不管有多少列变量，只要都选中，就可以一次全部进行检验，在R语言里当然也可以！ 主要是通过rstatix这个包完成，数据格式要求是长数据，或者说整洁数 阅读全文
posted @ 2022-11-03 13:03 医学和生信笔记 阅读(589) 评论(0) 推荐(0)
R语言“优雅”地进行医学统计分析
摘要： R语言tidy风格医学统计学 rstatix提供一个简单直观的管道友好的框架，与整洁的设计理念一致，用于执行基本的统计检验，包括t检验，Wilcoxon检验，方差分析，Kruskal-Wallis和相关性分析。每个分析的输出会自动转换成一个整洁的数据框架，以方便可视化。 附加功能可用于重塑，重新排序 阅读全文
posted @ 2022-11-03 13:01 医学和生信笔记 阅读(1060) 评论(0) 推荐(0)
2022年10月31日
R语言和医学统计学系列（12）：双变量回归与相关
摘要： 主要是演示两变量相关的内容。 两样本相关 使用课本例9-5的数据。 df <- data.frame( weight = c(43,74,51,58,50,65,54,57,67,69,80,48,38,85,54), kv = c(217.22,316.18,231.11,220.96,254.7 阅读全文
posted @ 2022-10-31 15:43 医学和生信笔记 阅读(92) 评论(0) 推荐(0)
R语言和医学统计学系列（13）：协方差分析
摘要： 今天继续学习使用R语言进行医学统计学分析，今天要学习的内容是协方差分析，还是使用课本中的例子。 我使用的课本是孙振球主编的《医学统计学》第4版，封面如下： 完全随机设计资料的协方差分析 使用课本例13-1的例子。 首先是读取数据，本次数据手动录入： df13_1 <- data.frame(x1=c 阅读全文
posted @ 2022-10-31 15:43 医学和生信笔记 阅读(224) 评论(0) 推荐(0)