R画图——分屏

最近项目需求，用R画了一个九宫格的图，第一次画，将简化后的脚本呈现一下，不是有人说，既然做了，那就摆出来吧。

*中文行为说明：

 

args <- commandArgs(T)

调用命令行读取

file <- read.table(args[1])

以表格形式读取第一个文件

my_len = length(args)

计算总文件数

a <- t(file[1])

读取第一个文件第一列

#par(mfrow=c(3,3))

#绘制九宫格画布（3 x 3）

nm = args[1]

定义画布的标题

pdf (paste(nm, "all.pdf", sep = "."))

定义输出图片格式和文件名

split.screen(c(3,3))

绘制九宫格画布（3 x 3）

c <- matrix(0, ncol = 52)

定义一个新的数据c，由52个0组成的列

for (j in 1:7){

循环读取7个文件

        file <- read.table(args[j])

读取各个文件

        print (file)

打印文件检验读取是否正确

        b <- t(file[2])

取文件第二列作为b

        c = c + b

c为所有文件第二列的求和

        print (args[j])

输出当前读取文件名

 

        maxa = max(a)

获取a数组的最大值

        maxb = max(b)

获取b数组的最大值

        col_c=c("#66CDAA","#8E388E","#CDCD00","red","blue")

定义颜色

        sp <- spline (a, b, n=60, method = "natural")

绘制平滑曲线，n为生成差值的数量

#       split.screen(c(3,3))#, screen = j)

        screen(j)

定位于第j个画布

        par(mar=c(2,2,1,1))

定义画布边界

        nm = strsplit(args[j], split = ".xls")[[1]]

获取标题信息

        plot(a[2:51],b[2:51],type='l',col=col_c[1], lwd=1, xlab = " Distance  ()", ylab = "Frequence Number", main = nm[1], cex.lab=0.5, cex.axis = 0.5, cex.main = 0.5, xaxt = "n", yaxt ="n", tcl = 0.2)

画图

        axis(1, mgp = c(0, 0, 0), cex.axis = 0.5, xlab = "Stream Distance to TEs (1000bp windows)", tcl = 0.2)

调整X轴

        axis(2, mgp = c(0, 0, 0), cex.axis = 0.5, tcl = 0.2)

调整Y轴

        title(xlab = "Distance of  (1000bp windows)", ylab = "Frequence Number", line = 0.5, cex.lab=0.5,)

调整标题

}

 

screen(8)

par(mar=c(2,2,1,1))

plot(a[2:51],c[2:51],type='l',col=col_c[1], lwd=1, xlab = "Distance to  (1000bp windows)", ylab = "Frequence Number", main = "complete ", cex.lab=0.5, cex.axis = 0.5, cex.main = 0.5, xaxt = "n", yaxt ="n", tcl = 0.2)

画7组数据统计图

axis(1, mgp = c(0, 0, 0), cex.axis = 0.5, xlab = "Stream Distance to TEs (1000bp windows)", tcl = 0.2)

axis(2, mgp = c(0, 0, 0), cex.axis = 0.5, tcl = 0.2)

title(xlab = "Distance of CNE to genes (1000bp windows)", ylab = "Frequence Number", line = 0.5, cex.lab=0.5,)

 

dev.off()

完成

 

 

看起来很简单，对不对。其实未简化的脚本长一些，在每个小图中又绘制了多条曲线，第八幅图用来做图例和文本说明，第九幅图用来做另一类统计的曲线图（强迫症的缺陷）。

 

 

有兴趣的同学可以一起探讨（图片大小，刻度线调整，刻度值位置大小调整，标题调整，正则匹配，图注，注释，等等。我是个R小白。生物埋葬理科生，那就用各种语言把生物学生挖出来吧。）

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