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 发表于: Wed May 19, 2004 4:23 am 发表主题: |
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也谈一下俺的看法。偶是CE的原来，现在也想转到BME来。新老板就 让做了三个topic的survey。一个是fuzzy logic在分析DNA Microarray 数据时的应用；一个是proteomics中的并行优化算法；一个是pathway network的拓扑和非线性动力学分析。我看了300多篇文章和几本书。由于本身不是学生物的，很多东西都是囫囵吞枣，很多东西都看不懂。不过偶老婆是协和毕业的，这也加剧了偶的惰性，一个问题问n遍。下面这是说些自己的看法，希望能有所帮助。
偶觉得上面一同志说的对，搞生物信息学算法是最重要的，并且现在搞生物信息学重点要学好一下几点：
1。统计学，其实更重要的是数据挖掘技术和相关算法
2。统计学也使AI焕发了第2春，所以统计学（数理统计）是必须要掌握的。另外，鉴于AI在生物信息学中的应用，所以诸如fuzzy logic、神经网络、机器学习之类的都要掌握。（国内都有影印版的书）
3。并行优化算法。因为DNA Microarray，特别是蛋白质组学要涉及到海量的数据，所以并行算法是很重要的。另外，这里的优化算法和统计学又有些关系。
4。非线性动力学。当然最好的书就是Cornell的那个叫Steven H. Strogatz的家伙写的书了。国内还没有影印的。偶计划这几天扫描一本，奉献给大家。
其实现在最hot的就是systems biology。其数学基础就是非线性动力学。这样，如果你数学基础不好的话，就去学ODE（常微分方程）和数值分析吧。不过现在有资料表明偏微分方程也有应用了。
现在比较热的是用systems biology的方法研究通路网络的非线性动力学特性。前两年研究通路网络的拓扑属性，基本上认为是scale-free结构，即小世界网络，（Steven H. Strogatz这老头也很牛的）但是谁知道呢，万一你研究认为是其他网络结构，说不定你也可以发文章到science,nature呢。至于非线性动力学，虽然不是什么新东东，但是现在火的一塌糊涂。文章多的是。我把它们归纳为研究三种通路：genetic regulatory pathway, metabolic pathway, 和singal pathway。
说实话，本人认为如果原来单纯学生物的转向生物信息学，确实不容易，因为要学的东西太多了，特别是数学和算法的东西。特别是现在的systems biology。我写完survey后让我老婆及其同学看看，结果多数都说看不懂了。也不知道是我写的不好，还是他们看不懂......
罗里八索写了一堆，希望大家能给于批评。 | |
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