Simyang

2018年4月8日

摘要：关于Green-Kubo方法模拟水的粘度求问有没有大神用lammps做过水的模拟？我现在改编了一下manual里面计算液氩粘度的那个算例，来模拟水的粘度，300k下得到的结果是0.2mPa.s，查得的标准值是0.8mPa.s，请路过的大神帮忙看一下是哪里出了问题，多谢！ in文件贴在下面，data 阅读全文

posted @ 2018-04-08 09:47 Simyang 阅读(2125) 评论(0) 推荐(0)

Lammps 关于初始化速度的分布问题

摘要：我也觉得这个地方很绕，lammps中给出的是满足高斯分布，然而很多地方都说原子的初始速度符合波尔兹曼分布，不理解啊。？高斯分布只是实空间下三个方向的分量，两个分布其实等价； FRENKEL的书上写道，在一定温度下的速度是满足玻尔兹曼分布的，但为什么在初始化的时候给的是满足高斯分布的随机数呢？其实，阅读全文

posted @ 2018-04-08 09:15 Simyang 阅读(1466) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月7日

LAMMPS-special bonds

摘要：新手们总是会困惑，LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中，使用全原子力场，基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面，这个参数特别重要，对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说，稍有不慎，会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣，对模阅读全文

posted @ 2018-04-07 20:47 Simyang 阅读(1004) 评论(0) 推荐(0)

DL_POLY的安装问题

摘要： DL_PLOY的安装步骤及注意问题：这里所说的安装是指在Linux或Mac下安装首先，下载官网的安装包，解压后，找到build文件夹下，发现会有四个Makefile文件，基本上如果并行运算只需要选择Makefile_MPI文件即可，注意：一般推荐这个，因为即使是你做串行运算也可以，然而如果选择了阅读全文

posted @ 2018-04-07 17:23 Simyang 阅读(564) 评论(0) 推荐(0)

关于fix shake以及compute命令的应用问题

摘要：我最近写了一个关于超临界水的in文件，里面用到了fix shake命令，但运行的时候一直报错ERROR: Invalid fix style，我对照manuel检查了命令格式，没有发现问题，禁了fix shake后运行又出现ERROR: Invalid compute style，都没查出问题在哪里阅读全文

posted @ 2018-04-07 16:38 Simyang 阅读(3321) 评论(0) 推荐(0)

CO2 势能模型里面的 ε 的单位理解

摘要：问下，文献中关于CO2 势能模型里面 ε = Depth of LJ potential 的单位K 是什么意思？ manual 里面解释的ε 是 energy units 要是写pair_coeff 时，单位还用转化吗，我用的real单位谢谢答：这里有误，正确的应该是ε/kB（K），kB是玻尔阅读全文

posted @ 2018-04-07 16:11 Simyang 阅读(1486) 评论(0) 推荐(0)

gaussian 虚原子(dummy atom)

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posted @ 2018-04-07 14:29 Simyang 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

2018年3月31日

PDB文件的格式

摘要： PDB文件里面的信息有严格的格式的。各行数据，如标识、原子名、原子序号、残基名称、残基序号等，不仅要按照严格的顺序书写，而且各项所占的空符串长度，及其所处的各行的位置都是严格规定的。有关PDB文件的格式的全部说明可以在http://www.wwpdb.org/docs.html网站上查询。对于阅读全文

posted @ 2018-03-31 23:16 Simyang 阅读(3639) 评论(0) 推荐(0)

Fluent压力

摘要： Pabs =Pstasta +PrefrefrefPgua =Patm +P refrefrefPtot =Pstasta +P dyn dynPdyn dyn=ρV2/2式中， Pabs 、Pstasta 、Pdyn dyn、Ptot 、Pgua 、Patm 和 Prefrefref分别表示绝对压阅读全文

posted @ 2018-03-31 22:03 Simyang 阅读(1293) 评论(0) 推荐(0)

验证案例10：T型管流量分配

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posted @ 2018-03-31 21:54 Simyang 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

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