03 2018 档案

PDB文件详解
摘要：PDB文件详解 已有 5937 次阅读 2009-12-23 21:29 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记 PDB文件详解 已有 5937 次阅读 2009-12-23 21:29 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记 PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的 阅读全文
posted @ 2018-03-31 23:19 Simyang
PDB文件的格式
摘要：PDB文件里面的信息有严格的格式的。 各行数据，如标识、原子名、原子序号、残基名称、残基序号等，不仅要按照严格的顺序书写，而且各项所占的空符串长度，及其所处的各行的位置都是严格规定的。 有关PDB文件的格式的全部说明可以在http://www.wwpdb.org/docs.html网站上查询。 对于 阅读全文
posted @ 2018-03-31 23:16 Simyang
Fluent压力
摘要：Pabs =Pstasta +PrefrefrefPgua =Patm +P refrefrefPtot =Pstasta +P dyn dynPdyn dyn=ρV2/2式中， Pabs 、Pstasta 、Pdyn dyn、Ptot 、Pgua 、Patm 和 Prefrefref分别表示绝对压 阅读全文
posted @ 2018-03-31 22:03 Simyang 阅读(1299) 评论(0) 推荐(0)
验证案例10：T型管流量分配
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posted @ 2018-03-31 21:54 Simyang
VMD中实现原子的数值着色方法
摘要：本文的操作是在VMD 1.8.6中进行。 想作出下面的图吗？ 想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性（能量、位移、破坏程度等等）进行着色吗？ 那就阅读本文吧！ 只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。 一、准备数据文件 1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多 阅读全文
posted @ 2018-03-28 14:03 Simyang
LAMMPS常用建模方法总结
摘要：内部建模 内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。 相关命令主要有4个： lattice：定义晶格类型； region：定义模拟盒子的大小； create_box：创建模拟盒子； create_atoms：在模拟盒子中创建原子。 当然，创建模型不仅限 阅读全文
posted @ 2018-03-28 14:01 Simyang
LAMMPS Data Format
摘要：LAMMPS Data Format Return to top-level of LAMMPS documentation This file describes the format of the data file read into LAMMPS with the "read data" c 阅读全文
posted @ 2018-03-28 13:55 Simyang
分子动力学中步长的选取
摘要：一般来说，时间步长应该设为分子运动的最小振动周期的1/10 左右为宜。在化学分子中振动周期最短的是碳氢键的伸缩振动，其特征振动频率大约是3000cm-1，其振动周期大约是10fs。所以通常的分子动力学时间步长最高不能高于1fs。 http://blogold.chinaunix.net/u2/857 阅读全文
posted @ 2018-03-28 13:52 Simyang
lammps的data文件格式
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posted @ 2018-03-28 13:50 Simyang