2015年9月17日

如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

摘要： 用 python 实现如下: 1 #!/usr/bin/python 2 # Complementing DNA 3 4 my_dna = "ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT" 5 # 由于python 区分大小写，所以先... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:39 OA_maque 阅读(3761) 评论(0) 推荐(0)

将给定序列翻译成蛋白质序列

摘要： 利用 dictionary 可以将给定的cDNA序列翻译成蛋白序列 1 #!/bin/python 2 # Dictionary protein translation 3 4 my_dna = open("/home/maque/my_dna.txt").read().replace('\n',... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:11 OA_maque 阅读(1021) 评论(0) 推荐(0)

统计给定序列的AT-content ，并设置小数点位数

摘要： 习题来源： Python for Biologists： A complete programming course for beginner 1 #!/bin/python 2 # calculate the AT content of a DNA seq 3 4 def get_at_cont... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 19:18 OA_maque 阅读(274) 评论(0) 推荐(0)

如何在一序列中寻找E-BOX 元件，并将其变为小写

摘要： 给定一个序列，寻找所有的E-BOX motif (CNNTTG) , 并且将其变为小写， 用 python 实现如下： 1 #!/bin/python 2 # Date: 2015.8.01 3 # Author: 4 """ Search E-box motif(CNNTTG) in a DNA... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 18:42 OA_maque 阅读(866) 评论(0) 推荐(0)

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