无忧书房

摘要： 本文是基于SHAPIT2和SHAPEIT4的，先介绍SHAPEIT2的算法原理，然后简单介绍了一下SHAPEIT4更新的部分。文中介绍主要集中在算法部分，比较简介，具体内容请看参考文献。 [SHAPEIT2的参考文献为：a linear complexity phasing method for t 阅读全文

摘要： 在linux进行文件操作时，会遇到一类文件是以"-"开头的。 例如我们想要进入名称为-126943579的文件时，我们无法直接使用cd -126943579命令来进入该文件。 那我们应该怎样来操作这一类的文件呢？其实只要加一个相对路径就行了，也就是在文件名加一个"./"就行了。 同样是这个例子，如此 阅读全文

摘要： svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其help信息(cluster and prune a BEDPE file by position based on allele frequency)可以看出，它是对BEDPE文件内的变异进行聚类和修剪的。 zcat 阅读全文

摘要： svtools具有不同的子命令以实现不同的功能，其中一个就是lmerge。根据其帮助文档(merge LUMPY calls inside a single file from svtools lsort)可以看出，它是在lsort之后对一个vcf文件内的变异进行合并的，但只是知道它的功能而不知道它 阅读全文

摘要： PBS（Protable Batch System）是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。 阅读全文

摘要： 一、ls -rt ls的功能是列出指定路径下的所有文件，但是有时候文件太多，不方便查找哪些是新生成的文件时，可以使用ls -t或ls -rt命令。 ls -t ls -rt 那是什么意思呢？这里-t就是按照时间顺序排列的意思，这个时候最后生成的文件就会出现在列表的上边，原来的文件在下边，即按照生成时 阅读全文

摘要： linux中不免经常使用echo进行输出，或输出到屏幕，或输出到文件。但是使用的时候会发现，在想要输出一些需要转义的字符时，例如\t等，它却原样不动的输出了。 使用man命令查看echo的帮助文档，会发现有一个-e参数，和对应的-E参数，它俩决定是按照转义进行输出还是按照原样进行输出。在echo输出 阅读全文

摘要： 有时候需要输出一个文件夹下的文件名及所以绝对路径，在网上找到是这个命令 ls | sed "s:^:`pwd`/:" 看命令不难理解，先是ls列出所有文件名，再使用管道符进行后续操作。在管道符之后，是使用sed进行一个替换，^是指字符串开头的意思，`pwd`是指执行pwd的结果，即当前目录的绝对路径 阅读全文

摘要： svtools - Comprehensive utilities to explore structural variations in genomes svtools不仅是一个工具，更因为它带有许多子命令而形成一套工具，旨在帮助生物信息工作者构建和探索群体水平的结构变异召回信息。它能够在成千上万 阅读全文

摘要： 三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台，所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 （1）10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要说明的是，单细胞测序和Bulk RN 阅读全文